临床医生首选科研福利!“铁死亡”果然威武!南方医科大学团队“机器学习+预后模型”,0实验搞定5分!本科生都能行!

学术   2024-10-14 19:00   上海  
科研/临床两手抓,绝非易事。小云的思路分享,并非能将各位临床小伙伴们都培养成科研大咖(当然,也不排除读者里有未来的“院士”~)。但是让大家能赶上最新的发文思路,科研不掉队,就是小的努力目标!
利用研究热点结合机器学习方法来构建临床预后模型,可谓是最适合临床医生做的课题。既有基础理论(科研热点),又有临床意义(预后模型),研究方法还能抓眼球(机器学习),而且不需要实验,可谓一举多得。
接下来,就到小今天要分享的这篇文章了。小塔也不得不感慨,现在的小孩哥真的是越来越牛了!连本科生也能参与到5分SCI文章了,而且3个月就接收
这是一篇南方医科大学团队发表在《GENES AND IMMUNITY》(5分)上的,题为“Identification of the ferroptosis‐related gene signature and the associated regulation axis in lung cancer and rheumatoid arthritis”的文章,该文有大概有如下特点:
1,选题采用铁死亡这棵常青树:铁死亡距离首次提出已经12年了,但是热度依然不减。而且其作用一直在深挖,目前拓展到各种肿瘤/非肿瘤疾病。根据目前的发文数据可以合理推测,铁死亡依然能再继续发展下去。
2,双疾病选题:作者以肺癌和风湿性关节炎两种疾病为研究对象,有效利用双疾病来提高文章的创新性;
3,多数据库整合挖掘和机器学习方法的应用:作者选用了多个公共数据库的数据,并使用CIBERSORT算法和miRNet数据库,对疾病和免疫相关性做了分析。运用了ROC曲线分析评估FRDEGs的诊断潜力,并通过独立数据集验证FRDEGs。    
ps:综上,“研究热点”+“机器学习”+“预后模型”,本来就是非常优秀的三板斧;再加上双疾病的背景,难怪能本科生都能3个月拿下5分了。小伙伴们也快快行动吧!如果思路或者技术受限,可以滴滴小哦!

定制生信分析

云服务器租赁

(加微信备注99领取试用)

题目:在肺癌和风湿性关节炎中鉴定与铁死亡相关的基因特征及关联调控轴
杂志:GENES AND IMMUNITY
影响因子:IF=5.0
发表时间:2024年07月29日
研究背景
肺癌和风湿性关节炎(RA)之间的高死亡率与系统性炎症有关,铁死亡相关基因可能在其中发挥作用。尽管RA患者的肺癌风险已知较高,但两者在分子层面的联系,特别是铁死亡的机制,仍需深入研究。
研究思路
作者通过公共数据库对比RA与肺腺癌(LUAD)的基因表达,识别铁死亡相关基因(FRDEGs),构建mRNA-miRNA网络,并运用CIBERSORT等技术评估免疫细胞浸润。通过TCGA数据和外部验证,分析FRDEGs的临床表达差异及其预后意义。    
数据来源

 

主要结果 

1.从 LUAD和RA中筛选出5个常见的FRDEGs
作者在两种疾病中,共鉴定出与铁死亡相关的共有差异表达基因。通过主成分分析验证了数据的一致性,并在RA中发现777个差异基因,在LUAD中发现3400个。通过热图和火山图展示结果,最终筛选出5个关键的铁死亡相关基因,为理解两种疾病间的关系提供了分子证据。
图1 归一化表达式矩阵与主成分分析    
图2 RA和LUAD中FRDEGs的筛选
2.FRDEGs与mRNA-miRNA调控网络的共表达
研究者探究了RA与LUAD中铁死亡相关基因的共表达模式,并构建了mRNA-miRNA网络。发现VLDLR与某些基因负相关,而FANCD2与HELLS等基因正相关。通过miRNet和Cytoscape,预测并分析了491个miRNA对这些关键基因的调控作用,为揭示两种疾病间的分子联系提供了新视角。
图3 FRDEG的相关性分析
3.基因集富集分析
作者通过基因集富集分析(GSEA)对铁死亡相关的差异表达基因(FRDEGs)进行了分析,有五条通路在LUAD和RA中都是共有的。    
图4 LUAD和RA的共同通路
4.FRDEGs 在临床实践中的意义
作者通过ROC曲线分析确认了FANCD2、HELLS、RRM2、G6PD和VLDLR在风湿性关节炎(RA)和肺腺癌(LUAD)诊断中的有效性,特别是在LUAD中,这些基因的表达水平与疾病的严重程度和预后紧密相关。利用TCGA数据库,研究揭示了这些基因在LUAD患者的淋巴结转移和远处转移中的表达水平显著升高,并在吸烟者和不同性别的患者中表现出表达差异。生存分析显示,这些基因的高表达与LUAD患者较差的生存率相关,而在RA患者的急性炎症期,这些基因的表达水平也有所增加,突显了它们作为潜在生物标志物的重要性。    
图7 FRDEGs在临床实践中的意义    

文章小结

综上,本文属于非常典型的“研究热点”+“预后模型”,其中又结合了“机器学习”和“双疾病”两个加分项,自然可以3个月轻松斩获5分文章了,而且还属于0实验,性价比MAX。如果你也对机器学习、细胞死亡感兴趣,或是想要复现这篇文章,欢迎来后台滴滴小哦~

定制生信分析


云服务器租赁

热点推荐

孟德尔随机化

临床公共数据分析

单细胞测序

肿瘤免疫与微环境

机器学习

单基因分析

生信云服务器

代码合集(点击查看)

培训班系列(点击查看)

云生信学生物信息学
专注生信10余年,原创文章数千篇; 公号资料免费领,寻求服务找小云; 长期学习加关注,生信干货更不停。
 最新文章