这篇Nature Communications真的很适合临床人读！顶级非肿瘤纯生信数据库+机器学习+多组学，不愧是高分助推器

学术 2024-10-19 10:01 上海

从功利的角度来看，基础实验上手难，周期长，成本高，风险大。

而临床研究则是数据为王，各种花式统计方法可以学，但是却巧妇难于无米之炊。

因此，各种公共数据库则是财富密码（限制你发文的原因，如果是缺经费，缺团队，缺样本，那确实是客观原因；但是现在公共数据库对大家都开放，再被上述因素所限，就有点守着宝藏而不自知，属实有些可惜）

谈到临床数据库，肿瘤领域不论是生信分析还是临床研究，都是不胜枚举独领风骚，而非肿瘤则显得一贫如洗，两袖清风，三阳开泰，四。。。

非肿瘤研究的小伙伴们都有意见了，那今天就给大家隆重介绍一下这个可用于非肿瘤生信分析的数据库—UK Biobank（简称UKB）。该数据库包含50万名英国志愿者的详细健康数据，也囊括了各种非肿瘤疾病，面向全球研究者开放共享。Pubmed检索发现使用该数据库发表的学术论文已经高达11092项，其中不乏医学顶级期刊 NEJM，Lancet、JAMA及其子刊。

为了给大家示例，小云选取了一篇发表于NC的研究，作者采用可解释机器学习技术，基于UKB的临床数据，融合基因组、蛋白组、代谢组信息，识别预测亚组骨关节炎风险标志物，对临床实践具有显著意义。

优秀的食材是美味和营养的基础，“数据”才是科研的基本资源。公共数据库显著拉平了研究者之间的信息壁垒，对于科研起步阶段的小伙伴是重要助力，大家切勿错过哦，快快行动！如果有想法，但是思路或者技术受限，可以滴滴小云！

定制生信分析

云服务器租赁

(加微信备注99领取试用)

题目：使用可解释的机器学习对骨关节炎亚组的预测性风险生物标志物进行数据驱动识别

杂志：Nature Communications

影响因子：14.7

发表时间：2024年4月

研究背景

骨关节炎(OA)生物学机制复杂，驱动因素尚不清楚。作者利用UKB数据库中的多组学数据，通过机器学习模型中筛选生物标志物，并识别具有不同风险概况的亚组。

数据来源

UK Biobank

研究结果

OA研究人群

研究者从UKB中筛选出103,086名骨关节炎（OA）患者，同时选取了67,772的非OA对照组。作者旨在评估OA确诊后5年内的风险生物标志物，以识别高危个体，并为老龄化社会中的预防策略提供科学依据。

风险模型构建

在OA研究和验证队列确定后，作者将多源纵向患者数据，集成至XGBoost模型。利用可解释AI框架，分析人群、精确度和个性化层面的OA风险标志物。

从5年多模式临床数据预测OA

整合回顾性临床数据至XGBoost模型，以预测5年内OA风险（Clin模型），其交叉验证ROC-AUC得分为0.72。研究还评估了Clin模型在预测不同关节OA亚型（手臂、足部、髋、膝或脊柱）的效能，ROC-AUC介于0.67至0.73。基础模型仅考虑年龄、性别、BMI，预测OA的ROC-AUC为0.67。通过计算SHAP值，揭示了年龄和较高BMI为OA风险的主要预测因素。

OA的精确亚组

Clin模型揭示了OA生物和环境风险因素在个体间存在差异。研究者通过分析不同风险标志物的SHAP值，将患者分为14个亚组。最终，通过模型中前六个特征的平均值来描述每个聚类，同时使用原始数据来展示聚类间的差异，从而构建了具有不同生物标志物特征的OA风险预测模型。

多组学OA风险生物标志物

在探究OA的分子风险标志物时，研究者将遗传学（ClinSNP、ClinWGPRS、ClinGRS、ClinPath）、代谢组学（ClinMet）和蛋白质组学（ClinPro）数据与临床特征整合，以构建临床预测模型（Clin模型）。这些多组学数据预测性能稳定。敏感性分析显示，特定组学亚群的预测性能也未受影响。

文章小结

本研究利用UKB数据库的多组学数据，通过机器学习方法筛选了标记物，为临床和基础研究提供参考。能发到顶刊，一方面，机器学习+多组学，是当前热门的分析方法，但是另一方面，也不能缺了UKB的数据呀。所以，小伙伴们不要再受限于样本和经费了，公共数据就是这么香了！如果小伙伴对数据库的了解和分析还不够，还想深入了解或者复现的小伙伴们，就扫码滴滴小云吧~

定制生信分析

云服务器租赁

热点推荐

代码合集（点击查看）

http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAwNjE0MDY3MQ==&mid=2650807568&idx=2&sn=97c309545b8b312e10c9a01a017944ed

云生信学生物信息学

专注生信10余年，原创文章数千篇；公号资料免费领，寻求服务找小云；长期学习加关注，生信干货更不停。

这不就是你们一直在找的“ABCD”设计思路吗？国自然黑马“糖酵解”联合“m6A修饰+乙酰化”，王炸组合发文就是容易！慕了慕了~

浙江大学研究团队发文有高招！“单细胞+空转+巨噬细胞”这个“王牌套路” 学会，发它个10篇，普通青椒/医生晋升的路这不就通了吗！

这对热点“搭子”错过悔一年！搭配上机器学习+预后模型，一区SCI近在咫尺，临床医生们还在等啥？

孟德尔随机化就应该这样用，不仅更容易中还能发高分！

这泼天的富贵还是轮到网络毒理学了！西交大附属医院团队发大招：网毒+机器学习联手拿Q1，这波热度一定得蹭上！

样本量爆棚？分析深度加码？选对服务器，省心科研无忧！

不是吹牛，是真牛！1图发10分+JAMA子刊？！NHANES数据库解锁科研新玩法！临床人速来，0实验复现=躺赢！

江山代有才人出！本科生发Molecular Cancer（IF27.7）！一起观摩基于11,093例样本的多组学如何登上顶刊！

远离F刊，发文没烦恼！孟德尔随机化又一波梦幻联动登顶一区12.5分！MR+蛋白组学+代谢组学强势三重奏！

生信分析结果用qPCR或WB验证不出来，我该怎么办？

从临床到生信：医生们 “躺平式” 发文新打法，干湿结合的侧重点该如何把握？

不愧是顶流！乳酸化一登场，9分+轻松到手！无需测序，盛京医院团队仅凭单细胞公共数据+空间转录组+少量实验，顺利拿下一区Top！

Q1/IF 12.5，四川大学华西医院团队也太有实力了！研究受到多个基金支持，靠挖掘SEER数据库就能做到？

样本量爆棚？分析深度加码？选对服务器，省心科研无忧！

年底KPI神器，单细胞+巨噬细胞！新疆医科大学团队教你零成本高效发文，热点拉满，强势助攻！抓紧上车，轻松冲刺!

十投九中+纯生信友好=神刊！复旦肿瘤医院李大卫团队2区6分模板文，单细胞数据挖掘+乳酸化修饰，科研人错过血亏！

几乎不退稿的“毕业神刊”再上大分！山西医科大学：“国自然前三”的发文和中标利器“线粒体”+经典预后思路，2个月拿下纯生信好文！

赢麻了！高分文章“流量密码”！用别人的数据，发自己的文章！孟德尔随机化只会越来越火！

IF21.7，机器学习开挂了！传统分析模型OUT，新风险分层模型IN！2024年顶刊带你玩转数据分析，临床想发高分看这篇就够了！

万没想到，院士坐镇的1区也能水？录用率高达75%，要发得赶紧！附一篇浙大团队的范文，代谢组+机器学习，思路简单而有效！

这篇Nature Communications真的很适合临床人读！顶级非肿瘤纯生信数据库+机器学习+多组学，不愧是高分助推器

立即行动！租赁服务器，享受额外好礼

竟然还能这么用？网络药理学反其道而行拿下11+Top期刊！中国医学科学院肖然团队这篇干湿结合文，创新满满，同门都快馋哭了！

分子对接还能这样做？不要小瞧了分子对接与分子动力学模拟之间的羁绊!

IF12.5，50天接受？！SEER数据库真有这么神！华科协和团队用数据库玩出学术新高度，0实验思路，赶紧码住！

浙江大学研究团队发文有高招！“单细胞+空转+巨噬细胞”这个“王牌套路” 学会，发它个10篇，普通青椒/医生晋升的路这不就通了吗！

新鲜出炉的烫手SCI！瑞金医院毕宇芳&王卫庆&郑捷等团队：MR+Cox比例风险模型+前瞻性队列拿下11分cell子刊，含金量够

单细胞又发了NC！代码公开！中南大学湘雅医院团队最新力作：成纤维细胞出马，没有“空转”助力的单细胞也能发光发热！

这个思路能发7+，我做梦都不敢想！掌握西安交大团队的这篇单基因分析套路，你的第一篇SCI就到手了！

实验无趣？转生信！揭秘师弟如何租大容量天狼云服务器翻盘科研生

入门天花板！小白不容错过的无实验套路！温州医科大学团队“单细胞+单基因+WGCNA”香的嘞！宝藏思路全程高能别眨眼睛！！

IF:16.6震撼登场！重庆医科大学：孟德尔随机化数据库——DMRdb，专治不会MR的你！傻瓜式操作，分析不再求人！

生信分析结果用qPCR或WB验证不出来，我该怎么办？

代码公开！复旦大学冯建峰团队“高分收割机”，挖掘UKB数据库，基于机器学习的预后模型构建，这样做还怕发不了高分？

强者从不抱怨环境！郑大史长河团队结合UKBB+多基因风险评分+表型关联+双样本孟德尔随机化拿下1区！

IF：11.4！双1区顶刊中的“水刊”，巨好投！青岛农大张西峰团队：铁元素切入，多组学加持，4个月拿下！这波操作赢麻了！

实验无趣？转生信！揭秘师弟如何租大容量天狼云服务器翻盘科研生

临床医生首选科研福利！“铁死亡”果然威武！南方医科大学团队“机器学习+预后模型”，0实验搞定5分！本科生都能行！

“单基因研究”费钱？那是你还不懂生信套路！天津医大团队这波“单基因+单细胞”的操作绝了，省钱又省事！拓展一下就是一篇国自然！

分高不卷，这才是临床科研该有的样子！李兰娟院士团队都在用的NHANES数据库“老树开新花”~发文就是这么简单！

IF 16.7！高质量、综合GBD数据库炸裂登场！武大中南医院&湖北医科大襄阳医院携手，3图3表拿下高分，简直美滋滋~

论如何不错过明年国自然！中性粒细胞陷阱会带你突出重围！哈医大李永利团队“NETs +单细胞”干湿结合完爆9分+Q1牛刊！

卷出天际的免疫微环境如何杀出重围？“单基因”分析联合“多组学”教你一招制敌！

西湖大学这也太有钱！1000多个样本的蛋白质组测序构建中国EOC蛋白质组图谱，膜拜大佬！

赢麻了！高分文章“流量密码”！用别人的数据，发自己的文章！孟德尔随机化只会越来越火！

单细胞在此，恭迎各位天命人！单细胞分析遇上肿瘤转移直接“封神”，6分+纯生信模板思路这不就来了，拿去复现！

AI在诺奖上杀疯了，不出意外，这本AI、机器学习为主的12+神刊IF将大涨！北协和陈有信团队最近这篇深度学习+影像组学值得一学！

中山大学林华亮团队赢麻了！孟德尔随机化高分发文根本没有瓶颈，仅凭3图2表0实验，喜获10分+！

分类

时事

民生

政务

教育

文化

科技

财富

体娱

健康

情感

旅行

百科

职场

楼市

企业

乐活

学术

汽车

时尚

创业

美食

幽默

美体

文摘

原创标签

时事社会财经军事教育体育科技汽车科学房产搞笑综艺明星音乐动漫游戏时尚健康旅游美食生活摄影宠物职场育儿情感小说曲艺文化历史三农文学娱乐电影视频图片新闻宗教电视剧纪录片广告创意壁纸头像心灵鸡汤星座命理教育培训艺术文化金融财经健康医疗美妆时尚餐饮美食母婴育儿社会新闻工业农业时事政治星座占卜幽默笑话独立短篇连载作品文化历史科技互联网

发布位置

广东北京山东江苏河南浙江山西福建河北上海四川陕西湖南安徽湖北内蒙古江西云南广西甘肃辽宁黑龙江贵州新疆重庆吉林天津海南青海宁夏西藏香港澳门台湾美国加拿大澳大利亚日本新加坡英国西班牙新西兰韩国泰国法国德国意大利缅甸菲律宾马来西亚越南荷兰柬埔寨俄罗斯巴西智利卢森堡芬兰瑞典比利时瑞士土耳其斐济挪威朝鲜尼日利亚阿根廷匈牙利爱尔兰印度老挝葡萄牙乌克兰印度尼西亚哈萨克斯坦塔吉克斯坦希腊南非蒙古奥地利肯尼亚加纳丹麦津巴布韦埃及坦桑尼亚捷克阿联酋安哥拉