现在每天来小云这里咨询孟德尔随机化的小伙伴依然很多，孟德尔随机化的发文态势依旧火热，越来越多有生信基础的宝子纷纷开始自学孟德尔随机化，为此小云也专门为大家上线了相关的自学课题，感兴趣的可以点击购买哦：今天，小云还有一个福利共享给大家。近日，重庆医科大学潘建波教授团队开发了DMRdb（疾病中心孟德尔随机化数据库；http://www.inbirg.com/DMRdb/）。该数据库提供全面的MR分析结果，允许用户查询因果疾病、基因、蛋白质、CpG位点和代谢物，还提供rsID转换和全表型关联研究（PheWAS）分析等功能。ps：MR目前仍处于发文红利期，最重要的是各个方向都能覆盖，无论你是哪个科室都可以用！想通过MR发文的小伙伴欢迎来找小云定制分析~另外，如果你的电脑存在跑代码卡顿的问题，也可以联系小云试用稳定高速服务器，瞬间让分析顺畅无比！定制生信分析
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题目：DMRdb：一个以疾病为中心的孟德尔随机化数据库，用于系统评估疾病与基因、蛋白质、CpG位点、代谢物和其他疾病的因果关系杂志：Nucleic Acids Research 关注公众号，后台发送“123”可以直接获取原文PDF，文献编号：241016
探索疾病与基因、蛋白质、CpG位点、代谢物和其他疾病之间的因果关系是生命科学的基础。然而，目前还缺乏使用MR分析的大规模研究。该研究介绍了一个以疾病为中心的MR数据库——DMRdb，旨在系统地评估疾病与基因、蛋白质、CpG位点、代谢物和其他疾病的因果关系。(i)来自公共来源的6640项高质量疾病全基因组关联研究（GWASs）；(ii)来自MR分析的4970多亿个结果，涉及6640个疾病GWAS数据集、16238个表达数量性状位点（eQTLs）数据、2564个蛋白质数量性状位点（pQTLs）数据、12000个甲基化数量性状位点（meQTLs）数据和825个代谢物数据；(iii)来自1223个与MR分析相关的文献来源的380多万个因果关系对。在“数据收集和管理”阶段，从FinnGen、GWAS Catalog、MRC IEU和UK Biobank等来源筛选和标准化了6640个高质量的GWAS数据集。在“数据处理管道”阶段，SNP经过严格的过滤，然后进行MR和敏感性分析。该过程产生了超过4.97亿个结果，其中包括4300万个疾病MR结果，2900万个pQTL-疾病MR结果，2.67亿个eQTL-疾病MR结果，1.42亿个mQTL-疾病MR结果和1600万个代谢物疾病MR结果。此外，从1223篇与MR分析相关的文献中收集了超过38万对因果关系。在“数据库建设”阶段，开发了一个用户友好的在线数据库，用户可以查询、搜索和下载所有结果。 DMRdb允许轻松访问有关疾病相关GWAS数据和MR分析结果的丰富信息。这些接口包括搜索、浏览和下载数据的一系列功能。使用MR获得基因预测的2型糖尿病（T2D）状态对冠心病风险影响的无混淆估计。使用遗传变异作为IV来推断因果关系。![]()
暴露：疾病GWAS ID: DGWAS-5576(性状：T2D；样本量：655 666)。![]()
结局：疾病GWAS ID: DGWAS-5735(特征：冠心病；样本量：19427)。![]()
在搜索页面上输入曝光ID和结果ID。![]()
选择所有可用的MR方法。![]()
点击“提交”按钮查询结果。MR分析结果表明，基因预测的T2D状态增加了发生冠心病的风险。反向MR分析没有观察到统计学上显著的关联。进一步的验证强化了T2D对冠心病有负面影响的结论。通过该数据分析的结果与一篇题为“A Mendelian randomization study of the effect of type 2 diabetes on coronary heart disease” （ID: DMR363300926）的文章的结果一致。DMRdb支持广泛的研究活动，包括元分析；疾病之间的关联研究；遗传机制的阐明；识别危险因素、生物标志物和治疗靶点；并对功能实验进行指导。想通过孟德尔随机化来完成KPI的朋友，或者手头有资源但没时间整合的朋友，赶紧联系小云吧！我这边随时待命，万事俱备，就差你啦！
