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今天首先为大家简单介绍一本毕业神刊：《Journal of Translational Medicine》，该刊接收纯生信文章，对于生信相关的研究持开放、积极的态度~并且有一定的发表量，且年发文量稳定。对于包含少量实验验证的生信研究，期刊更加青睐。值得一提的是，该刊审稿速度相对较快，平均2.33月，简直香！称为毕业神刊也是实至名归！感兴趣的朋友速收藏！
接着为大家介绍下科研圈的“宠儿”——线粒体，其相关研究是近年来高分文章的焦点之一。2023年的国自然中标热点中，线粒体荣登榜首第3位，中标数量高达566项，展现了线粒体方向在国科金中的火爆程度。
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最后为大家分享1篇《Journal of Translational Medicine》上发表的线粒体相关纯生信分析文献。文章以热榜“线粒体”为研究切入点，思路行云流水，差异基因，富集分析，共识聚类，机器学习，免疫浸润，超级典型的非肿瘤疾病诊断模型+外部验证，可复现性很高！2个月接收，可以说有手就会！所以生信发文难不难，取决于你的选题新不新，独不独特，当然具备一定的生信分析能力也是必要的，这两点小云都可以帮到你，有需要的直接扫码了解吧！
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风湿性关节炎（Rheumatoid Arthritis，RA）是一种自身免疫性疾病，其特点是不可预测的病情发作和对可用治疗方案反应的巨大变异性。目前，RA患者的优化分层不足可能是导致当前治疗方案效果不佳的一个因素。线粒体功能障碍被认为与RA的发展有关，线粒体环境失衡在RA的病理中起着重要作用。此外，线粒体代谢和免疫炎症是RA的重要发病机制，但它们在RA中的相互作用尚未被充分探索。本研究旨在利用线粒体基因的分子特征来阐明RA的分子特征，并据此构建并验证一个RA的诊断框架，为临床精准治疗和RA患者的早期诊断提供参考。通过R包“limma”筛选类风湿关节炎（RA）和健康对照（HC）组之间的MDEGs。在GSE110169数据集中，总共鉴定出118个MDEGs，并使用Spearman相关分析探究了前30个基因之间的关系。GO富集分析发现MDEGs主要在线粒体包膜、线粒体基质和线粒体组织等方面显著富集；KEGG分析发现这些基因在辅因子生物合成和脂肪酸代谢方面显著富集。(A-B)RA患者与HC人群差异表达基因火山图和热图；(D-E)118个差异表达线粒体基因的GO和KEGG富集分析。使用R包“ConsensusClusterPlus”进行共识聚类分析，发现k=3时，聚类结果最稳健。主成分分析清晰地展示了三个亚群之间的分离，热图展示了三个亚型中不同表达基因。 (B)共识聚类累积分布函数(CDF)，k = 2–6，可以完整描述真实随机变量的概率分布；(C)k = 2–6时CDF Delta面积曲线的相对变化；(D)MDEGs表达谱的主成分分析显示了聚类的稳定性和可靠性；(E)118个MDEGs RNA调控因子在三个簇中的分布。随后，选择在三个亚型的交叉点上存在的88个基因进行亚型研究，结果表明，基于外周血中线粒体相关基因对RA患者进行分层是有效的。 (C)共识聚类累积分布函数(CDF)，k = 2–6，可以完整描述真实随机变量的概率分布；(D)k = 2–6时CDF Delta面积曲线的相对变化； (E)MDEG表达谱的主成分分析显示了聚类的稳定性和可靠性；(F)88个MDEGs RNA调控子在三个簇中的分布。接着筛选RA的关键MDEGs，在88个MDEGs的基础上，利用LASSO和SVM 2种算法鉴定出了5个重叠基因（BCL2A1、MTHFD2、LYRM2、FASTKD3和ACACA）。随后在训练集（GSE110169）和测试集（GSE93272）对诊断效果进行了验证，发现这些模型都表现出了卓越的预测性能。(E)测试集中的RF、glm和SVM的ROC曲线。最后利用CIBERSORT分析了5个生物标志物（BCL2A1、MTHFD2、LYRM2、FASTKD3和ACACA）与免疫细胞之间的相关性。发现BCL2A1与Tregs、记忆B细胞和M2巨噬细胞呈显著负相关，FASTKD3与Treg和M2巨噬细胞呈显著负相关，LYRM2与Tregs、中性粒细胞和M2巨噬细胞呈显著负相关，MTHFD2与Tregs、中性粒细胞和M2巨噬细胞呈显著负相关。 综上，文章紧抓近年来国自然的发文利器——线粒体，整合了多个免费数据集及数据库，利用机器学习进行疾病分型并构建诊断模型。妥妥的用别人的数据，发自己的文章！整篇文章简单清晰、每一步都丝滑接入，可以说是很经典的思路了。0实验2个月就接收，性价比也很高啦，可复现性又很强，所以朋友们，抓紧复现吧！灵光乍现，但没有下文？没关系，你来提供idea，我提供优质服务，主打就是一个满意！感兴趣的伙伴快快扫码联系噢！DOI: 10.1186/s12967-023-04426-7
