今天首先为大家简单介绍一本毕业神刊:《Journal of Translational Medicine》,该刊接收纯生信文章,对于生信相关的研究持开放、积极的态度~并且有一定的发表量,且年发文量稳定。对于包含少量实验验证的生信研究,期刊更加青睐。值得一提的是,该刊审稿速度相对较快,平均2.33月,简直香!称为毕业神刊也是实至名归!感兴趣的朋友速收藏!
接着为大家介绍下科研圈的“宠儿”——线粒体,其相关研究是近年来高分文章的焦点之一。2023年的国自然中标热点中,线粒体荣登榜首第3位,中标数量高达566项,展现了线粒体方向在国科金中的火爆程度。
最后为大家分享1篇《Journal of Translational Medicine》上发表的线粒体相关纯生信分析文献。文章以热榜“线粒体”为研究切入点,思路行云流水,差异基因,富集分析,共识聚类,机器学习,免疫浸润,超级典型的非肿瘤疾病诊断模型+外部验证,可复现性很高!2个月接收,可以说有手就会!所以生信发文难不难,取决于你的选题新不新,独不独特,当然具备一定的生信分析能力也是必要的,这两点小云都可以帮到你,有需要的直接扫码了解吧!
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风湿性关节炎(Rheumatoid Arthritis,RA)是一种自身免疫性疾病,其特点是不可预测的病情发作和对可用治疗方案反应的巨大变异性。目前,RA患者的优化分层不足可能是导致当前治疗方案效果不佳的一个因素。线粒体功能障碍被认为与RA的发展有关,线粒体环境失衡在RA的病理中起着重要作用。此外,线粒体代谢和免疫炎症是RA的重要发病机制,但它们在RA中的相互作用尚未被充分探索。本研究旨在利用线粒体基因的分子特征来阐明RA的分子特征,并据此构建并验证一个RA的诊断框架,为临床精准治疗和RA患者的早期诊断提供参考。通过R包“limma”筛选类风湿关节炎(RA)和健康对照(HC)组之间的MDEGs。在GSE110169数据集中,总共鉴定出118个MDEGs,并使用Spearman相关分析探究了前30个基因之间的关系。GO富集分析发现MDEGs主要在线粒体包膜、线粒体基质和线粒体组织等方面显著富集;KEGG分析发现这些基因在辅因子生物合成和脂肪酸代谢方面显著富集。(A-B)RA患者与HC人群差异表达基因火山图和热图;(D-E)118个差异表达线粒体基因的GO和KEGG富集分析。使用R包“ConsensusClusterPlus”进行共识聚类分析,发现k=3时,聚类结果最稳健。主成分分析清晰地展示了三个亚群之间的分离,热图展示了三个亚型中不同表达基因。 (B)共识聚类累积分布函数(CDF),k = 2–6,可以完整描述真实随机变量的概率分布;(C)k = 2–6时CDF Delta面积曲线的相对变化;(D)MDEGs表达谱的主成分分析显示了聚类的稳定性和可靠性;(E)118个MDEGs RNA调控因子在三个簇中的分布。随后,选择在三个亚型的交叉点上存在的88个基因进行亚型研究,结果表明,基于外周血中线粒体相关基因对RA患者进行分层是有效的。 (C)共识聚类累积分布函数(CDF),k = 2–6,可以完整描述真实随机变量的概率分布;(D)k = 2–6时CDF Delta面积曲线的相对变化; (E)MDEG表达谱的主成分分析显示了聚类的稳定性和可靠性;(F)88个MDEGs RNA调控子在三个簇中的分布。接着筛选RA的关键MDEGs,在88个MDEGs的基础上,利用LASSO和SVM 2种算法鉴定出了5个重叠基因(BCL2A1、MTHFD2、LYRM2、FASTKD3和ACACA)。随后在训练集(GSE110169)和测试集(GSE93272)对诊断效果进行了验证,发现这些模型都表现出了卓越的预测性能。(E)测试集中的RF、glm和SVM的ROC曲线。最后利用CIBERSORT分析了5个生物标志物(BCL2A1、MTHFD2、LYRM2、FASTKD3和ACACA)与免疫细胞之间的相关性。发现BCL2A1与Tregs、记忆B细胞和M2巨噬细胞呈显著负相关,FASTKD3与Treg和M2巨噬细胞呈显著负相关,LYRM2与Tregs、中性粒细胞和M2巨噬细胞呈显著负相关,MTHFD2与Tregs、中性粒细胞和M2巨噬细胞呈显著负相关。 综上,文章紧抓近年来国自然的发文利器——线粒体,整合了多个免费数据集及数据库,利用机器学习进行疾病分型并构建诊断模型。妥妥的用别人的数据,发自己的文章!整篇文章简单清晰、每一步都丝滑接入,可以说是很经典的思路了。0实验2个月就接收,性价比也很高啦,可复现性又很强,所以朋友们,抓紧复现吧!灵光乍现,但没有下文?没关系,你来提供idea,我提供优质服务,主打就是一个满意!感兴趣的伙伴快快扫码联系噢!DOI: 10.1186/s12967-023-04426-7