入门天花板！小白不容错过的无实验套路！温州医科大学团队“单细胞+单基因+WGCNA”香的嘞！宝藏思路全程高能别眨眼睛！！

学术 2024-10-16 19:00 上海

嗨嗨嗨！小云我又来啦！家人们有什么困难放心大胆找小云！这不最近有人反映做免疫组化实验好痛苦，不知道有没有不做实验也可以发高分的方法，小云为此可是千辛万苦给大家带来这篇绝佳的高分文章！快来看看吧！

来自温州医科大学的江春辉团队，通过单细胞RNA测序、差异性分析、GO富集分析、加权基因共表达网络分析、PPI网络、免疫浸润分析以及基因调控网络分析等一系列方法，成功拿下5分+期刊！看到这么多方法肯定会有人说看的都头晕，别急！让小云带大家梳理梳理~

1、脓毒症的转录因子+RNA测序！在这篇文章中，作者先从GEO数据库进行数据采集，并通过单细胞RNA测序，进一步从数据集中获取脓毒症样本，丰富详细的样本大大增加了文章结果的可靠性！随后，为了得到各种条件下差异表达基因的交集，作者进行了差异表达分析。

2、GO富集分析+WGCNA+PPI网络！接下来，作者通过GO分析并结合WGCNA和PPI识别了其中关键的免疫相关中枢基因，并通过ROC曲线分析与ELISA验证了NLRC4在脓毒症中高表达的事实。环环相扣的研究方法并配上谨密的结果验证，小云认为这也是这篇文章能得到审稿人信赖的一方面哦！

3、单细胞RNA测序与基因调控网络分析！最后，作者还创新的使用单细胞RNA测序技术结合基因调控网络分析（GRN）分析进一步探究了脓毒症中转录因子活性和差异，完善了对脓毒症免疫应答机制的研究。如果在生信选题、实验分析上有疑问，欢迎扫码与小云联系！小云为您提供全方位的生信分析支持，助您轻松应对科研挑战！

定制生信分析

云服务器租赁

(加微信备注99领取试用)

题目：综合分析显示 NLRC4 是脓毒症发病机制中的潜在生物标志物

期刊：Genes & Immunity

影响因子：5.0

发表日期：2024年8月

研究背景

脓毒症是一种对感染的失调宿主反应，对全球公共卫生构成严重威胁，每年约有1900万人受影响，导致多达500万人死亡。因为脓毒症的早期诊断具有挑战性，因此迫切需要新型诊断方法。这篇文章旨在通过RNA测序等技术进行全面分析，突出利用基因本体（GO）分析、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、蛋白质相互作用分析等技术，鉴定NLRC4作为脓毒症的潜在生物标志物。除此之外还探讨了单细胞RNA测序数据，发现NLRC4在脓毒症中表达水平显著增加。通过对外周血中NLRC4的鉴定，为脓毒症的诊断和治疗提供了有价值的见解。

数据来源

数据集	数据来源	样本数量	用途
GSE134347	GEO数据库	298	WGCNA，PPI网络分析，免疫浸润量化
GSE65682	GEO数据库	760	基因表达验证
GSE28750	GEO数据库	41	基因表达验证
GSE167363	GEO数据库	12	单细胞RNA测序
验证队列	台州市恩泽医疗中心	80	基因表达验证

研究思路

主要结果

1.数据收集

作者从基因表达测序数据库GEO中下载了GSE134347、GSE65682和GSE28750的基因表达数据，而验证队列包括了40名脓毒症患者和40名健康个体。除此之外，作者通过单细胞RNA测序和10x Genomics技术，从GSE167363数据集中获取了10个脓毒症样本，其中包括5例新诊断的脓毒症患者、5例在诊断后6小时收集的样本，以及2例健康个体的样本（表1）。

表1：相关数据集

2.差异表达分析

作者使用GSE134347数据集，包括83个健康样本、59个非感染样本和156个脓毒症样本，进行了差异表达（DEGs）分析。结果显示，在脓毒症样本中与健康对照组相比，共有2843个DEGs，其中1204个上调基因和1639个下调基因。此外，在脓毒症样本与非感染组之间鉴定了172个DEGs，包括114个上调基因和58个下调基因。通过Venn图确定了这两个基因集之间的重叠DEGs，发现有161个与脓毒症相关的DEGs（图1）。

图2：脓毒症、健康和非感染性样本之间差异表达基因(DEGs)的鉴定

3.GO富集与共识聚类分析

为了探究样本中鉴定的DEGs的潜在功能，作者进行了GO富集分析。结果显示，在脓毒症中上调基因主要与髓样白细胞激活、炎症反应调节、对细菌的防御反应以及对细菌来源分子的反应相关，下调基因与单核细胞分化、免疫反应激活和T细胞分化相关（图2C）。为针对免疫相关基因进行了进一步的研究，通过Immprot和InnateDB数据库的交集与GSE134347数据集进行了共识聚类分析。结果显示，基于免疫基因表达，所有样本可分为两个簇，其中簇2主要由脓毒症和非感染组组成，表明健康个体中免疫相关基因的激活状态可以区分脓毒症和非感染组与健康个体（图2E）。

图2：失调基因维恩图与聚类矩阵。

4.WGCNA和蛋白质相互作用（PPI）网络分析

为了鉴定与脓毒症相关的关键免疫相关枢纽基因，作者使用了WGCNA分析GSE134347数据集中的免疫相关基因，以识别与脓毒症相关的关键模块。结果显示，棕色模块与脓毒症之间存在强烈正相关，而蓝色模块表现出高度负相关（图3C）。随后作者利用棕色模块的基因进行蛋白质相互作用（PPI）网络分析，在WGCNA分析中确定了与脓毒症高度相关的基因后，构建了包含这些基因的PPI网络。结果发现MAP2K6和NLRC4是与脓毒症高度相关的两个免疫相关基因（图3E）。

图3：使用WGCNA和PPI网络鉴定与败血症相关的关键免疫相关中心基因

5. ROC曲线分析与ELISA验证

为了进一步调查了在脓毒症中选择的关键免疫相关基因的表达模式，作者进行了ROC曲线分析，评估NLRC4和MAP2K6作为脓毒症生物标志物的诊断潜力。结果表明，NLRC4和MAP2K6在将脓毒症与健康或非感染个体区分开具有较高的AUC值，暗示它们作为脓毒症诊断生物标志物的潜力（图4C-D）。通过ELISA检测血清样本，发现NLRC4在脓毒症患者的外周血中浓度显著高于健康受试者，而MAP2K6则没有显示出统计学差异（图4E）。

图4：ROC曲线与ELISA结果图

6.免疫浸润分析

作者利用R中的CIBERSORT算法计算了选择基因MAP2K6和NLRC4与各种免疫细胞类型之间的Spearman相关系数和p值。分析结果显示，在巨噬细胞M0、中性粒细胞、静止NK细胞、CD4记忆性静止T细胞和CD8 T细胞的浸润中存在显著差异（图5）。

图5：CIBERSORT分析结果图

7.单细胞RNA测序与基因调控网络分析

作者最后利用单细胞RNA测序技术探究脓毒症中细胞的表达模式。结果显示，NLRC4在中性粒细胞和单核细胞中表达显著，并在其他细胞类型中表达较少。除此之外，作者进行了基因调控网络分析，结果在不同组和细胞类型之间观察到了明显的转录因子分离，特别是在红细胞和中性粒细胞中表现出最显著的组间差异。而通过功能富集分析发现M4、M6和M10与免疫应答过程显著相关（图6）。

图6：转录因子的主要细胞类型的UMAP可视化图

文章小结

作者先是从GEO数据库中采集数据并通过差异表达（DEGs）分析进行预处理，随后利用基因富集（GO）分析、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、蛋白质相互作用分析等方法，鉴定出NLRC4作为脓毒症的潜在生物标志物。除此之外，作者还探讨了单细胞RNA测序数据并进行基因调控网络分析，发现了NLRC4在脓毒症中表达水平显著增加与脓毒症相关的免疫转录标志物。作者通过一系列精彩的分析，发现可以通过对外周血中NLRC4的鉴定，为脓毒症的诊断和治疗提供参考，将结果与实践相结合使得文章大大受到审稿人的青睐。看完这篇精彩的研究，是否对RNA测序与网络分析相关研究有了更深的认识？小云认为，这篇5分+的RNA测序生信适合广大生信初学者学习借鉴！差异表达分析+ WGCNA+单细胞测序的思路虽然并不罕见，但该思路在2024年仍有冲击5分+期刊的可能！而小云这里更有专业的生信团队为您排忧解难！在生信课题设计、生物信息学分析方面有疑问的同学欢迎扫码联系小云！

定制生信分析

云服务器租赁

热点推荐

代码合集（点击查看）

http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAwNjE0MDY3MQ==&mid=2650807351&idx=1&sn=02fbd5b4647d973173e1ff5a227e01ce

云生信学生物信息学

专注生信10余年，原创文章数千篇；公号资料免费领，寻求服务找小云；长期学习加关注，生信干货更不停。

这不就是你们一直在找的“ABCD”设计思路吗？国自然黑马“糖酵解”联合“m6A修饰+乙酰化”，王炸组合发文就是容易！慕了慕了~

浙江大学研究团队发文有高招！“单细胞+空转+巨噬细胞”这个“王牌套路” 学会，发它个10篇，普通青椒/医生晋升的路这不就通了吗！

这对热点“搭子”错过悔一年！搭配上机器学习+预后模型，一区SCI近在咫尺，临床医生们还在等啥？

孟德尔随机化就应该这样用，不仅更容易中还能发高分！

这泼天的富贵还是轮到网络毒理学了！西交大附属医院团队发大招：网毒+机器学习联手拿Q1，这波热度一定得蹭上！

样本量爆棚？分析深度加码？选对服务器，省心科研无忧！

不是吹牛，是真牛！1图发10分+JAMA子刊？！NHANES数据库解锁科研新玩法！临床人速来，0实验复现=躺赢！

江山代有才人出！本科生发Molecular Cancer（IF27.7）！一起观摩基于11,093例样本的多组学如何登上顶刊！

远离F刊，发文没烦恼！孟德尔随机化又一波梦幻联动登顶一区12.5分！MR+蛋白组学+代谢组学强势三重奏！

生信分析结果用qPCR或WB验证不出来，我该怎么办？

从临床到生信：医生们 “躺平式” 发文新打法，干湿结合的侧重点该如何把握？

不愧是顶流！乳酸化一登场，9分+轻松到手！无需测序，盛京医院团队仅凭单细胞公共数据+空间转录组+少量实验，顺利拿下一区Top！

Q1/IF 12.5，四川大学华西医院团队也太有实力了！研究受到多个基金支持，靠挖掘SEER数据库就能做到？

样本量爆棚？分析深度加码？选对服务器，省心科研无忧！

年底KPI神器，单细胞+巨噬细胞！新疆医科大学团队教你零成本高效发文，热点拉满，强势助攻！抓紧上车，轻松冲刺!

十投九中+纯生信友好=神刊！复旦肿瘤医院李大卫团队2区6分模板文，单细胞数据挖掘+乳酸化修饰，科研人错过血亏！

几乎不退稿的“毕业神刊”再上大分！山西医科大学：“国自然前三”的发文和中标利器“线粒体”+经典预后思路，2个月拿下纯生信好文！

赢麻了！高分文章“流量密码”！用别人的数据，发自己的文章！孟德尔随机化只会越来越火！

IF21.7，机器学习开挂了！传统分析模型OUT，新风险分层模型IN！2024年顶刊带你玩转数据分析，临床想发高分看这篇就够了！

万没想到，院士坐镇的1区也能水？录用率高达75%，要发得赶紧！附一篇浙大团队的范文，代谢组+机器学习，思路简单而有效！

这篇Nature Communications真的很适合临床人读！顶级非肿瘤纯生信数据库+机器学习+多组学，不愧是高分助推器

立即行动！租赁服务器，享受额外好礼

竟然还能这么用？网络药理学反其道而行拿下11+Top期刊！中国医学科学院肖然团队这篇干湿结合文，创新满满，同门都快馋哭了！

分子对接还能这样做？不要小瞧了分子对接与分子动力学模拟之间的羁绊!

IF12.5，50天接受？！SEER数据库真有这么神！华科协和团队用数据库玩出学术新高度，0实验思路，赶紧码住！

浙江大学研究团队发文有高招！“单细胞+空转+巨噬细胞”这个“王牌套路” 学会，发它个10篇，普通青椒/医生晋升的路这不就通了吗！

新鲜出炉的烫手SCI！瑞金医院毕宇芳&王卫庆&郑捷等团队：MR+Cox比例风险模型+前瞻性队列拿下11分cell子刊，含金量够

单细胞又发了NC！代码公开！中南大学湘雅医院团队最新力作：成纤维细胞出马，没有“空转”助力的单细胞也能发光发热！

这个思路能发7+，我做梦都不敢想！掌握西安交大团队的这篇单基因分析套路，你的第一篇SCI就到手了！

实验无趣？转生信！揭秘师弟如何租大容量天狼云服务器翻盘科研生

入门天花板！小白不容错过的无实验套路！温州医科大学团队“单细胞+单基因+WGCNA”香的嘞！宝藏思路全程高能别眨眼睛！！

IF:16.6震撼登场！重庆医科大学：孟德尔随机化数据库——DMRdb，专治不会MR的你！傻瓜式操作，分析不再求人！

生信分析结果用qPCR或WB验证不出来，我该怎么办？

代码公开！复旦大学冯建峰团队“高分收割机”，挖掘UKB数据库，基于机器学习的预后模型构建，这样做还怕发不了高分？

强者从不抱怨环境！郑大史长河团队结合UKBB+多基因风险评分+表型关联+双样本孟德尔随机化拿下1区！

IF：11.4！双1区顶刊中的“水刊”，巨好投！青岛农大张西峰团队：铁元素切入，多组学加持，4个月拿下！这波操作赢麻了！

实验无趣？转生信！揭秘师弟如何租大容量天狼云服务器翻盘科研生

临床医生首选科研福利！“铁死亡”果然威武！南方医科大学团队“机器学习+预后模型”，0实验搞定5分！本科生都能行！

“单基因研究”费钱？那是你还不懂生信套路！天津医大团队这波“单基因+单细胞”的操作绝了，省钱又省事！拓展一下就是一篇国自然！

分高不卷，这才是临床科研该有的样子！李兰娟院士团队都在用的NHANES数据库“老树开新花”~发文就是这么简单！

IF 16.7！高质量、综合GBD数据库炸裂登场！武大中南医院&湖北医科大襄阳医院携手，3图3表拿下高分，简直美滋滋~

论如何不错过明年国自然！中性粒细胞陷阱会带你突出重围！哈医大李永利团队“NETs +单细胞”干湿结合完爆9分+Q1牛刊！

卷出天际的免疫微环境如何杀出重围？“单基因”分析联合“多组学”教你一招制敌！

西湖大学这也太有钱！1000多个样本的蛋白质组测序构建中国EOC蛋白质组图谱，膜拜大佬！

赢麻了！高分文章“流量密码”！用别人的数据，发自己的文章！孟德尔随机化只会越来越火！

单细胞在此，恭迎各位天命人！单细胞分析遇上肿瘤转移直接“封神”，6分+纯生信模板思路这不就来了，拿去复现！

AI在诺奖上杀疯了，不出意外，这本AI、机器学习为主的12+神刊IF将大涨！北协和陈有信团队最近这篇深度学习+影像组学值得一学！

中山大学林华亮团队赢麻了！孟德尔随机化高分发文根本没有瓶颈，仅凭3图2表0实验，喜获10分+！

分类

时事

民生

政务

教育

文化

科技

财富

体娱

健康

情感

旅行

百科

职场

楼市

企业

乐活

学术

汽车

时尚

创业

美食

幽默

美体

文摘

原创标签

时事社会财经军事教育体育科技汽车科学房产搞笑综艺明星音乐动漫游戏时尚健康旅游美食生活摄影宠物职场育儿情感小说曲艺文化历史三农文学娱乐电影视频图片新闻宗教电视剧纪录片广告创意壁纸头像心灵鸡汤星座命理教育培训艺术文化金融财经健康医疗美妆时尚餐饮美食母婴育儿社会新闻工业农业时事政治星座占卜幽默笑话独立短篇连载作品文化历史科技互联网

发布位置

广东北京山东江苏河南浙江山西福建河北上海四川陕西湖南安徽湖北内蒙古江西云南广西甘肃辽宁黑龙江贵州新疆重庆吉林天津海南青海宁夏西藏香港澳门台湾美国加拿大澳大利亚日本新加坡英国西班牙新西兰韩国泰国法国德国意大利缅甸菲律宾马来西亚越南荷兰柬埔寨俄罗斯巴西智利卢森堡芬兰瑞典比利时瑞士土耳其斐济挪威朝鲜尼日利亚阿根廷匈牙利爱尔兰印度老挝葡萄牙乌克兰印度尼西亚哈萨克斯坦塔吉克斯坦希腊南非蒙古奥地利肯尼亚加纳丹麦津巴布韦埃及坦桑尼亚捷克阿联酋安哥拉