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(一)发票及增值税方面的处理
1.开票方的行政处理
(1)一般虚开发票情形的处理。
《中华人民共和国增值税暂行条例》第1条规定：“在中华人民共和国境内销售货物或者加工、修理修配劳务(以下简称劳务),销售服务、无形资产、不动产以及进口货物的单位和个人，为增值税的纳税人，应当依照本条例缴纳增值税”。可见，增值税纳税义务的发生是以“销售货物或者加工、修理修配劳务(以下简称劳务),销售服务、无形资产、不动产以及进口货物”行为的发生为最基本的前提。在查处虚开发票案件中，大量以虚开发票牟取非法利益为目的，没有真实生产经营业务，本质上并没有增值税应税行为的发生，因此不产生相应的增值税纳税义务。对此类企业的行政处理，建议按照《中华人民共和国发票管理办法》第37条（国务院2023.7.20修订为第35条）规定处理，并出具《已证实虚开通知单》附相关证据材料，发往下游受票企业所在地税务机关依法处理。涉嫌犯罪的，移送公安机关。
(2)特殊虚开发票情形的税务处理。对虚开发票不以卖票牟利为目的，而是以融资、上市等为目的的企业，在没有真实生产经营业务的情况下，开具的发票已申报纳税且未造成税款损失的对开、环开发票等行为，因违反了发票管理的相关规定，按照《中华人民共和国发票管理办法》第37条（国务院2023.7.20修订为第35条）规定处理。涉嫌犯罪的，移送公安机关。
2.受票方的行政处理
(1)恶意接受虚开发票。
如果受票方接受的虚开增值税专用发票是其主动联系开票方或中间人开具，或虽不是其主动联系，但有证据表明受票方知道或者应当知道发票是伪造、变造、非法取得而受让，则可以认定受票方属于恶意接受虚开发票。按取得发票的目的，区分4种情形依法处理。
①受票方取得虚开发票的目的是为了继续对外虚开发票牟利的，按照上述一般虚开发票情形进行处理。
②受票方取得虚开发票的目的是为了骗取出口退税的，按照《中华人民共和国税收征收管理法》第66条规定处理。涉嫌犯罪的，移送公安机关。
③受票方取得虚开发票的目的是为了偷税的，如果有证据表明受票方存在虚开发票所对应的真实业务，按照《中华人民共和国税收征收管理法》第63条规定处理，在追缴税款的同时从轻处罚；如果有证据表明受票方不存在虚开发票所对应的真实业务，在按照《中华人民共和国税收征收管理法》第63条规定追缴税款的同时从重处罚。涉嫌犯罪的，移送公安机关。
④受票方取得虚开发票的目的不属前三种情形的，则按照《中华人民共和国发票管理办法》第37条规定进行处理。涉嫌犯罪的，移送公安机关。
(2)善意接受虚开发票。
如纳税人不知道或者不应当知道取得的发票是伪造、变造、非法取得而受让的，受票方既不存在“让他人为自己虚开”,也不存在偷税、骗税的主观故意，不能对其给予处罚。《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》(国税发〔2000〕187号)即是符合以上法理的相关具体文件规定，并且规定了相关补救措施，即纳税人善意取得虚开的增值税专用发票，如能重新取得合法、有效的专用发票，准许其抵扣进项税款或者出口退税。《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开增值税专用发票已抵扣税款加收滞纳金问题的批复》(国税函〔2007〕1240号)规定，纳税人善意取得虚开的增值税专用发票被依法追缴已抵扣税款，不加收滞纳金。
3.走逃(失联)企业涉嫌虚开增值税专用发票的行政处理
按照《国家税务总局关于走逃(失联)企业涉嫌虚开增值税专用发票检查问题的通知》(税总发〔2016〕172号)执行。
4.规范《已证实虚开通知单》出具与受托处理
对委托方税务机关已出具《已证实虚开通知单》及其附列证据的，受托方税务机关应当尽责调查取证，并根据取得的证据作出处理。但经过调查，取得的证据虽然不能证明受托协查企业有让他人为自己虚开的主观故意、但又不完全符合善意取得的条件，对受票方是否可暂按照《中华人民共和国增值税暂行条例》第9条“纳税人购进货物、劳务、服务、无形资产、不动产，取得的增值税扣税凭证不符合法律、行政法规或者国务院税务主管部门有关规定的，其进项税额不得从销项税额中抵扣”的规定处理，在查处工作中存在很大争议。《已证实虚开通知单》属于异地税务机关之间的协查文书，仅供税务机关内部使用，作为案件检查线索而非证据，不能未经调查核实直接凭此作出处理。对经过调查无法核实相关情况的，应与委托方税务机关协商解决。
需要特别说明的是，按照《国家税务总局关于进一步改进和规范税收违法案件协查工作的通知》(税总发〔2017〕26号)要求，委托方发起委托协查时，将协查要求和取得的协查要素证据资料以《委托协查情况表》形式，通过协查系统中“附件”随同《税收违法案件协查函》一并发出。因此，本着高效负责的原则，委托方税务机关应严格执行国家税务总局的规定，在对外出具《已证实虚开通知单》的同时，必须将有关证据资料一并发出。
(二)企业所得税方面的处理
对虚开发票受票方企业所得税的税务处理，国家税务总局出台的《企业所得税税前扣除凭证管理办法》(国家税务总局公告2018年第28号)对此作出了十分明确、详细的规定。在处理时应按照《企业所得税税前扣除凭证管理办法》第12条至第17条的规定执行。
第12条规定：“企业取得私自印制、伪造、变造、作废、开票方非法取得、虚开、填写不规范等不符合规定的发票(以下简称“不合规发票”),以及取得不符合国家法律、法规等相关规定的其他外部凭证(以下简称“不合规其他外部凭证”),不得作为税前扣除凭证。”
第13条规定：“企业应当取得而未取得发票、其他外部凭证或者取得不合规发票、不合规其他外部凭证的，若支出真实且已实际发生，应当在当年度汇算清缴期结束前，要求对方补开、换开发票、其他外部凭证。补开、换开后的发票、其他外部凭证符合规定的，可以作为税前扣除凭证。”
第14条规定：“企业在补开、换开发票、其他外部凭证过程中，因对方注销、撤销、依法被吊销营业执照、被税务机关认定为非正常户等特殊原因无法补开、换开发票、其他外部凭证的，可凭以下资料证实支出真实性后，其支出允许税前扣除：
“(一)无法补开、换开发票、其他外部凭证原因的证明资料(包括工商注销、机构撤销、列入非正常经营户、破产公告等证明资料):
“(二)相关业务活动的合同或者协议；
“(三)采用非现金方式支付的付款凭证；“(四)货物运输的证明资料；
“(五)货物入库、出库内部凭证；
“(六)企业会计核算记录以及其他资料。
“前款第一项至第三项为必备资料。”
第15条规定：“汇算清缴期结束后，税务机关发现企业应当取得而未取得发票、其他外部凭证或者取得不合规发票、不合规其他外部凭证并且告知企业的，企业应当自被告知之日起60日内补开、换开符合规定的发票、其他外部凭证。其中，因对方特殊原因无法补开、换开发票、其他外部凭证的，企业应当按照本办法第十四条的规定，自被告知之日起60日内提供可以证实其支出真实性的相关资料。”
第16条规定：“企业在规定的期限未能补开、换开符合规定的发票、其他外部凭证，并且未能按照本办法第十四条的规定提供相关资料证实其支出真实性的，相应支出不得在发生年度税前扣除。”
第17条规定：“除发生本办法第十五条规定的情形外，企业以前年度应当取得而未取得发票、其他外部凭证，且相应支出在该年度没有税前扣除的，在以后年度取得符合规定的发票、其他外部凭证或者按照本办法第十四条的规定提供可以证实其支出真实性的相关资料，相应支出可以追补至该支出发生年度税前扣除，但追补年限不得超过五年。”
