基因检测引领乳腺癌诊疗全面进入分子时代 | 2024 SABCS

在临床专家、科研人员不懈努力下，靶向 PAM 通路药物取得了突破性进展。Capivasertib 是一款「first-in-class」的 AKT 抑制剂。III 期 CAPItello-291 研究显示，Capivasertib 联合氟维司群组相较氟维司群组可显著改善内分泌治疗经治的 HR+/HER2- 晚期乳腺癌患者的无进展生存期（PFS）（7.2 个月 vs 3.6 个月）^[3]、从随机化至第二次进展的时间（PFS2）（14.7 个月 vs 12.5 个月）和从随机化至首次开始后续化疗的时间（TFSC）（11.0 个月 vs 6.8 个月）^[4]。随着更多靶向 PAM 通路的药物研发和上市，乳腺癌诊疗格局将发生改变，进而走向基因检测指导的精准诊疗新时代。

PAM 通路主要包括 PI3K、AKT 和 mTOR 三个信号节点以及一个负调节因子 PTEN，其中 PI3K 位于 PAM 信号通路的上游，AKT 是关键中心节点，mTOR 则是 PI3K/AKT 的下游靶点^[5]。PI3K 接收来自致癌受体酪氨酸激酶（如 HER2 等）的信号而异常激活。激活的 PI3K 催化 PIP2 磷酸化为 PIP3，进而促进 AKT 和 PDK1 的募集和激活^[6]。AKT 和 mTOR 复合体的激活是 RTK 为基础的信号传导的关键结果^[6]。AKT 可减少细胞凋亡并促进增殖、上皮间质转化、侵袭、转移和血管生成，而 mTOR 是细胞生长的主要调节器^[6]。PTEN 作为 PI3K 信号传导的主要负调控因子，通过将 PIP3 去磷酸化为 PIP2，从而阻断 PAM 信号通路^[6]。

PAM 信号通路促进肿瘤生长、增殖

PIK3CA 突变、PTEN 缺失或突变、AKT1 突变等是 PAM 通路异常激活的关键驱动因素^[7]。数据显示，超过 50% 的乳腺癌患者存在由一个或多个基因变异导致的 PAM 通路异常激活^[8]。其中，PIK3CA 基因突变的在中国乳腺癌患者中发生率约为 30%～40%^[9]。相比之下，AKT1 激活突变率和 PTEN 失活变异率较低，分别为 3% 和 5%，但在中国患者中，AKT1 激活突变率相对较高，大约为 6%^[7,10]。既往研究证实，PIK3CA/AKT1/PTEN 突变与乳腺癌疾病进展、死亡风险更高，无复发生存率及无病生存率显著降低相关^[11]。对 HR+/HER2- 乳腺癌患者而言，PAM 信号通路是内分泌耐药、CDK4/抑制剂耐药的潜在机制^[12]。

正因 PAM 通路在乳腺癌诊疗中的地位日益重要，2024 圣安东尼奥乳腺癌大会（SABCS）公布了多项研究，探索乳腺癌 PAM 通路检测方案、预后预测以及真实世界应用情况。

P2-03-16：Prevalence of PIK3CA/AKT1/PTEN and other genomic alterations in primary and recurrent tumor tissue：exploratory analysis from the Phase 3 CAPItello-291 clinical trial

原发性和复发性肿瘤组织中 PIK3CA/AKT1/PTEN 和其他基因组变异的发生率：来自 III 期 CAPItello-291 临床试验的探索性分析^[13]

摘要号：SESS-1630 

SESS-1630 壁报

CAPItello-291 研究要求入组患者进行 NGS 检测，其中 48% 患者存在 PIK3CA/AKT1/PTEN 突变。本研究是基于 CAPItello-291 研究的探索性分析，旨在评估原发性与复发性乳腺癌组织样本中 PIK3CA/AKT1/PTEN 突变的发生率。共 381 例原发性样本，156 例复发性样本，57 例无效样本。总体上原发性样本和复发性样本的 PIK3CA/AKT1/PTEN 突变发生率为 50.9% vs 46.2%（P = 0.39），无明显差异。按照基因分类后，原发性样本和继发性样本发生 PIK3CA 突变（36.2% vs 30.8%，P = 0.27）、AKT1 突变（5.5% vs 6.4%，P = 0.84）、PTEN 突变（6.0% vs 6.4%，P = 0.94）、PIK3CA 与 AKT1 共突变（0.8% vs 0，P = 0.56），PIK3CA 与 PTEN 共突变（2.4% vs 2.6%，P = 1.00）的概率均无统计学差异。

原发性样本和继发性样本发生 PIK3CA/AKT1/PTEN 突变的比例和 P 值

相较原发性样本，继发性样本中 ESR1（5% vs 17%，P ≤ 0.001）、BRCA2（5% vs 11%，P = 0.01）、GATA3（17% vs 24%，P = 0.04）、CDKN2A（2% vs 6%，P = 0.02）、SMAD4（1% vs 4%，P = 0.04）突变发生率显著更高。在 PIK3CA/AKT1/PTEN 突变的样本中， ESR1、CDKN2A 发生率更高；非 PIK3CA/AKT1/PTEN 突变样本中，GATA3、ESR1 发生率显著更高。在比较 PIK3CA/AKT1/PTEN 突变与非突变队列时，突变队列中 CDH1、MAP3K1、TBX3、CBFB 和 BCL6 突变更多，而非突变队列与细胞周期相关的基因突变更多，如 GATA3、CCND1 和 MYC。

原发性样本和继发性样本中基因突变富集情况

这一探索性分析结果揭示了原发性或复发性疾病中基因突变情况。总体而言，CAPItello-291 研究中原发性或复发性疾病发生 PIK3CA/AKT1/PTEN 突变的概率相当。这与它们在 HR+/HER2- 乳腺癌中作为致癌驱动因素的作用一致。复发性组织富含 ESR1、BRCA2、GATA3、CDKN2A 和 SMAD4 变异，提示这些基因变异在驱动疾病复发中的潜在作用。PIK3CA/AKT1/PTEN 突变队列中，CDH1、MAP3K1、TBX3、CBFB 和 BCL6 突变发生率高，非变异队列中与内分泌治疗和 CDK4/6 抑制剂耐药性相关的细胞周期相关基因的改变发生率高。这一结果为明确基因突变与疾病进展关联提供了证据，并对未来临床研究、用药治疗提供基因层面的指导。

P1-01-19：Predicting response to capivasertib in AKT1 mutant advanced breast cancer

预测 AKT1 突变晚期乳腺癌使用 Capivasertib 的缓解情况^[14]

摘要号：SESS-2273

SESS-2273 壁报

PAM 信号通路的异常激活是乳腺癌发生、发展的重要机制。而 AKT1 突变是 PAM 信号通路异常激活的关键驱动因素之一，在乳腺癌中发生率约为 4%。而 AKT1 突变主要致癌基因突变是 E17K。 本研究纳入 plasmaMATCH 研究、FAKTION 研究以及 ABC-BIO 研究的样本，对 AKT1 突变的转移性乳腺癌进行了基因组和转录组分析，旨在识别对 Capivasertib 应答良好的因素。本研究共纳入 39 个 存在 AKT1 突变的样本，对其 FFPE 样本进行全外显子组测序（WES）、Truseq RNA 测序，对血液样本进行 ctDNA 检测。

在 DNA 测序中，33 例样本再次确认为 AKT1 突变（FFPE 样本及 ctDNA 检测结果均为 AKT1 突变），其中 E17K 突变发生率为 76%，L52R 突变发生率为 12%，E49K、L52R + C77F、L52R + E375K、S129L、 Q79K 发生率均为 3%。对 AKT1 突变类型进行分析，显示存在等位基因不平衡（杂合性缺失和/或扩增）队列的中位 PFS 为 13.08 个月，而无等位基因不平衡队列的中位 PFS 为 3.19 个月，这种差异具有统计学意义。由此可见，等位基因不平衡（杂合性缺失和/或扩增）是影响 Capivasertib 应答的重要因素。

等位基因不平衡对 Capivasertib 应答的影响

对 31 例在 WES 中确认 AKT1 突变的样本进行 RNA 测序，发现等位基因不平衡队列中 AKT1 突变、ESR1 突变的表达更高。等位基因不平衡队列中，ER 信号降低，而 PI3K-AKT-mTOR 信号升高。对 plasmaMATCH 研究样本进行 ctDNA 检测，其中 16/24（67%）患者存在克隆显性 AKT1 突变。克隆显性突变患者的中位 PFS 为 10.2 个月，亚克隆突变患者为 3.2 个月（HR 3.1，95% CI 0.9～10.5，P = 0.014，log-rank 检验）。

这项研究为 Capivasertib 在 AKT1 突变乳腺癌患者的临床应用提供了指导。在 AKT1 突变的乳腺癌中，出现等位基因不平衡（杂合性缺失和/或扩增）可增加突变基因表达，导致突变转录本的表达增加。AKT1 等位基因不平衡和/或克隆显性 AKT1 突变是接受 Capivasertib 治疗的患者 PFS 显著增加的预后因素。

P4-12-06：Real-world clinical practice PIK3CA mutation testing patterns in patients with hormone receptor–positive（HR+），human epidermal growth factor receptor 2–negative（HER2+）metastatic breast cancer（mBC）

真实世界中，HR+/HER2- 转移性乳腺癌 PIK3CA 突变检测模式^[15]

摘要号：SESS-1877

SESS-1877 壁报

鉴于靶向 PAM 通路的药物出现，HR+/HER2- 转移性乳腺癌迎来了新的治疗选择。因而，PIK3CA、AKT1、PTEN 基因突变成为指导这项治疗的关键标志物。本研究探索了美国真实世界中 PIK3CA 检测的模式及尚未被满足的临床需求。研究共纳入 7,018 例 PIK3CA 突变的患者。在首次检测时，88% 患者选择 NGS，8% 患者选择 PCR，4% 患者选择其他检测方法。在第二次/后续检测时，92% 患者选择 NGS。在接受 NGS 的患者中，首次检测中分别有 37% 和 63% 的患者进行液体活检和组织活检，第二次/后续检测中有 55% 和 45% 的患者进行液体活检和组织活检。

在 2017-2018、2018-2020、2021-2023 队列中，在诊断为乳腺癌后的 24 个月内接受 PIK3CA 检测的比例分别为 23%、42%、51%，中位接受首次 PIK3CA 检测的时间分别为 52.9 个月、35.0 个月、23.0 个月。

乳腺癌诊断至进行 PIK3CA 检测的时间

2019 年后，真实世界临床实践中接受 PIK3CA 检测患者明显更多（HR 2.20，P < 0.0001）。其中，年龄 < 50 岁（HR 1.33，P < 0.0001）、50～65 岁（HR 1.36，P < 0.0001）患者接受 PIK3CA 检测较 ≥ 65 岁患者更多。相较初诊患者，复发患者接受检测明显更多（HR 1.28，P < 0.0001）。

在美国总体 HR+/HER2- 转移性乳腺癌患者中，43% 患者存在 PIK3CA 突变。在年龄 < 50 岁、50～65 岁、≥ 65 岁患者中，出现 PIK3CA 突变比例分别为 36%、44%、48%。这项研究提示，新型靶向药物的出现为 HR+/HER2- 转移性乳腺癌治疗提供了新的选择，美国 PIK3CA 检测的重要性越来越被重视，且检测时间也不断前移。鉴于 ≥ 65 岁患者出现 PIK3CA 突变比例较高，而患者检测率相对其他人群较低，未来还应加大患者教育，使更多 PIK3CA 突变患者从治疗中获益。

P1-05-27：Analytical comparison of tissue-based next-generation sequencing assays for the detection of PIK3CA，AKT1，and PTEN tumor alterations in breast cancer

基于组织的下一代测序（NGS）分析在乳腺癌 PIK3CA、AKT1 和 PTEN 基因突变检测的分析比较^[16]

摘要号：SESS-1867

SESS-1867 壁报

NGS 是 乳腺癌 PIK3CA、AKT1 和 PTEN 基因突变检测的重要工具。本研究分析了 AVENIO Tumor Tissue CGP、TruSight Oncology 500、oncoReveal Core LBx、Oncomine Comprehensive Assay v3、AmoyDx HANDLE Classic 和 SOPHiA ExtHRS 5种不同 NGS 对乳腺癌 PIK3CA、AKT1 和 PTEN 基因突变检测的准确性。以 AVENIO Tumor Tissue CGP 为参照检验方法，比较所有检测方法的阳性百分比一致性（PPA）、阴性百分比一致性（NPA）和总体百分比一致性（OPA）。

各个 NGS 检测方法的 PPA、NPA、OPA

结果显示，5 种 NGS 检测在 PIK3CA 突变、AKT1 突变检测方面表现出高度一致性，而在检测 PTEN 突变方面一致性较低，这可能与基因覆盖范围、检测复杂 PTEN 基因组变异（如大片段重排和拷贝数变异）能力的差异有关。这一研究结果为临床医生选择合适 NGS 检测产品，从而更好地筛选适合 Capivasertib 治疗乳腺癌患者提供了指导。期待未来更多研究验证中国市场上不同 NGS 分析产品在检测 PIK3CA/AKT1/PTEN 基因突变一致性，从而为患者提供可及性高、同质化、标准化的 NGS 检测产品选择。

随着 Capivasertib、Alpelisib 等靶向 PAM 通路的新药取得了突破性进展，为解决内分泌耐药、CDK4/6 抑制剂耐药等 HR+/HER2- 转移性乳腺癌治疗卡点提供了新的选择，未来乳腺癌将迎来全新的治疗局面。

本次 SABCS 的研究进展为临床进行 PIK3CA/PTEN/AKT1 突变检测方案选择提供了依据，并从基因组、转录组层面揭示了使用 Capivasertib 治疗的优势人群特征，为未来 Capivasertib 的临床应用提供了指导。从美国的真实世界临床实践情况来看，PIK3CA/PTEN/AKT1 突变检测已经逐渐受到重视，并作为 HR+/HER2- 转移性乳腺癌治疗的参考。这提示未来 PIK3CA/PTEN/AKT1 突变检测将会在 HR+/HER2- 转移性乳腺癌诊疗占据重要地位。

目前，中国 PIK3CA/PTEN/AKT1 突变检测还面临一致性、标准化的挑战。期待未来更多研究探索 PIK3CA/PTEN/AKT1 检测一致性，尽早为患者提供可及性高、标准化、同质化的检测方案。此外，鉴于靶向 PAM 通路的药物在乳腺癌领域的出色疗效和应用潜力，PIK3CA/PTEN/AKT1 突变检测的时机前移或许是未来的趋势。

内容策划：唐颖

内容审核：李婷

题图来源：丁香园创意团队

参考文献