【文献推送】Nucleic Acids Res:早期iPSC重编程中,Dux激活MET网络,Brg1作为乳酸化读取器参与

健康   2025-01-23 06:03   上海  


研究背景

诱导多能干细胞(iPSCs)重编程过程涉及几个关键事件,包括间充质-上皮转化(MET)、多能基因的激活、代谢重编程和表观遗传重塑。尽管这些事件复杂地相互作用并相互影响,但调节重编程网络的具体机制仍不清楚。Dux是一个已知在从胚胎干细胞(ESC)转变为2C-like ESC(2CLC)过程中促进全能性的因子,在iPSC重编程背景下尚未得到广泛研究。表观遗传调控涵盖了各种关键机制,其中组蛋白翻译后修饰(PTM)具有重要意义。已证实乳酸直接通过乳酰化修饰组蛋白H3上18位点赖氨酸(H3K18la)在染色体水平上调节基因表达,其中大量经典的组蛋白乳酰化修饰酶已经被确认,其中包括p300,其作为一种乳酰基转移酶负责组蛋白乳酰化;经典的HDAC1-3和SIRT1-3促进组蛋白赖氨酸去乳酰化,特别是H3K18和H4K5的减少,被认为可有效地“擦除”赖氨酸乳酰化作用。然而,关于乳酰化的“读取器”仍未见于文献报道。

本研究证实,由Dux过表达引起的H3K18la修饰控制了代谢-H3K18la-MET网络,通过代谢转换和通过其C端招募p300来增强iPSC重编程的效率。此外,研究人员对H3K18la免疫沉淀实验的蛋白质组学分析发现,在重编程过程中特异地招募了Brg1,在与多能性和上皮连接相关基因的启动子上同时富集H3K18la和Brg1。总之,本研究聚焦于Dux诱导的H3K18la在早期重编程过程中的重要作用,并突出了其作为强力触发器的功能。此外,本项研究的亮点在于首次揭示了Brg1与H3K18la的结合,表明其作为组蛋白乳酰化读取器的作用,于2024年在Nucleic Acids Research期刊发表题为“Dux activates metabolism-lactylation-MET network during early iPSC reprogramming with Brg1 as the histone lactylation reader”的研究论文。



Dux通过促进OGS并利用其C端来招募p300,促进了H3K18la水平的增加。随后,Brg1与富集在MET相关基因启动子上的H3K18la相互作用,充当乳酰化的“读取器”,促进重编程过程。


研究结果
Dux通过代谢重塑促进iPSC的重编程效率

Dux可降低整个基因组的DNA甲基化程度并招募p300增强乙酰化,但由于Dux表达时间过长会诱导细胞凋亡,因此Dux是否能有效促进iPSC的重新编程仍不确定。Dux表达的精确剂量和时机被证实对调控发育过程至关重要。为此,研究人员采用逆转录病毒策略创建iPSC并利用慢病毒系统在重编程特定时段过表达Dux。结果显示,第2-4天(D2-D4)过表达Dux显著增加了重新编程效率,iPSC克隆表现出正常的多能性标记物表达增加,表明Dux在早期重编程阶段对iPSC的产生产生积极影响。随后,通过对非重编程状态(MEFs)、早期重编程状态(D4)和完全重编程状态(iPSCs)的基因表达模式进行了检查,应用RNA-seq和Fuzzy c-means算法筛选出基因簇6(包含4936个基因)在整个重编程过程中呈现一致增加,并根据KEGG分析主要指向代谢途径;随后发现糖酵解相关基因在Dux过表达时主要上调,qPCR结果也证实这一点,预示Dux可能通过调节糖酵解代谢途径促进重编程。接下来,研究人员对乳酸分泌、乳酸脱氢酶活性和细胞外酸化速率(ECAR)进行检测,结果显示,Dux过表达可导致上述OGS途径相关水平的明显升高。已知OGS促进H3K18la的增加,而蛋白质免疫印记(WB)结果也证实重编程过程中H3K18la表达逐渐增加,且每个时间点Dux过表达后荧光强度明显增高。随后,研究人员四个时间节点进行CUT&Tag检测,发现整个重编程过程中基因组上的H3K18la富集逐渐增加且Dux促进这一富集。此外,研究人员通过构建缺少C端结构域的Dux突变体,证实Dux的C端促进H3K18la。这些结果表明iPSC的重编程过程中Dux可通过增加OGS及其C端结构域促进H3K18la水平的增加。


图1. Dux通过代谢重塑促进iPSC重编程效率


H3K18乳酰化修饰影响iPSC重编程效率

为了验证H3K18la对iPSC重编程效率的影响,研究人员使用了一组包括DCA、草氨酸钠、鱼滕酮和Nala的小分子药物,通过影响OGS来调节H3K18la;另一组包括iP300w和TSA的小分子药物可通过调节组蛋白乳酰化酶p300和组蛋白去乳酰化酶HDAC来调节H3K18la。免疫荧光和WB分析表明,DCA、草氨酸钠和iP300w导致H3K18la水平降低,而应用Nala、鱼滕酮和TSA增加了H3K18la水平。随后,研究人员在不同时间间隔内应用这些调节剂处理细胞,并在D10对AP+克隆数量进行定量,结果显示在重编程初始阶段(D0-D2和D2-D4)AP+克隆数量变化显著——降低H3K18la水平导致AP+克隆数量减少,反之使用Nala和鱼滕酮上调H3K18la显著增加了早期重编程阶段AP+克隆数量。表明H3K18la在iPSC重编程过程的早期阶段中发挥关键作用,证实调节OGS和组蛋白乳酰化修饰酶影响H3K18la,并且最终影响iPSC重编程效率。为了进一步评估重编程早期H3K18la调节对其效率的影响,研究人员设计了两组对比实验——第一组包括糖酵解负调节因子DCA和草酸钠,同时添加TSA以增强H3K18la修饰水平;第二组为糖酵解正调节因子,包括Nala和鱼藤酮,并使用iP300w降低H3K18la修饰水平。结果证实,当用DCA或草酸钠处理以降低细胞H3K18la水平时,TSA无法恢复H3K18la修饰水平;而Nala和鱼藤酮能够逆转由iP300w引起的H3K18la减少,且AP+克隆的数量与H3K18la水平表现一致,强调了H3K18la在早期重编程中的重要作用。随后,通过对H3K18la富集的CUT&Tag分析,发现在多能性基因的启动子上存在一致的H3K18la富集模式,且在重编程过程中,H3K18la在多能性基因启动子上逐渐累积,iPSCs中观察到显著富集。接下来,对与位点富集有关的ChIP-qPCR分析显示,整个重编程过程中,与多能性相关基因启动子上逐渐累积H3K18la,接着应用Nala后,在Oct4和Sall4启动子上的H3K18la富集上调,而应用DCA则表现为下调。综上证实,重编程早期阶段通过酶途径和OGS促进H3K18la在多能性相关基因中富集。


图2. 在重编程过程中,H3K18la的动态变化受到组蛋白修饰酶和糖酵解底物的调节


H3K18la促进间充质-上皮转化(MET)

鉴于MET在iPSC的早期重编程中的关键作用,为了验证H3K18la是否通过促进MET来促进早期重编程,研究团队应用慢病毒转染的pHAGE2-TetOminiCMV-OSKM质粒,观察到重编程过程中类似成纤维细胞的细胞逐渐转变成铺砌石样的外观。重编程D0-D4将H3K18la调节剂应用于细胞,可观察到参与MET的细胞数量间发生相应变化。此外,用DCA、草氨酸钠和iP300w可使E-细胞粘附蛋白下调(E-细胞粘附蛋白表达增加代表MET),且当与H3K18la调节因子一起使用时,E-细胞粘附蛋白的表达水平与H3K18la的水平大致一致。生信分析结果显示在ESCs中与上皮相关的基因位置H3K18la存在显著富集。随后,该团队比较了重编程过程中H3K18la的CUT&Tag数据,发现其与上皮相关的基因上的逐渐积累,至iPSC阶段,H3K18la表现出显著富集;与间充质相关的基因位点未显著富集。接下来,研究人员通过ChIP-qPCR实验证实,H3K18la在与上皮相关基因的启动子上逐渐积累;而应用H3K18la调节因子Nala增强了与上皮相关基因中H3K18la的富集,应用DCA导致这些特定位点上H3K18la的富集减少,表明H3K18la修饰通过促进细胞MET来提高重编程效率。


图3. H3K18la促进间质-上皮转化


Dux通过促进H3K18la在上皮相关基因上的富集,促进重编程过程中H3K18la的动态变化

Dux在重编程D2-D4阶段增加H3K18la水平;应用DCA下调H3K18la,Dux无法逆转这一过程,但Dux恢复了在iP300w存在下的H3K18la水平,AP+克隆表现出相似趋势。WB结果显示,DCA和iP300w降低了E-细胞黏附蛋白水平,而Dux能够逆转iP300w对E-细胞黏附蛋白的影响,但对DCA对E-细胞黏附蛋白的下调无效,证实Dux主要通过上调p300而不是通过促进OGS增加H3K18la修饰。随后,研究人员发现Dux下游基因Zscan4簇和上皮相关基因Cdh1和Cldn4上调,推测Dux通过H3K18la促进了MET。ChIP-qPCR分析显示,Dux过表达引起的H3K18la富集略微增加;DCA的应用导致了与多潜能和上皮连接相关基因上H3K18la富集的减少,而Dux过表达成功恢复了H3K18la的富集水平。此外,研究团队还发现,在重编程早期,与H3K27ac相比,上皮相关基因上H3K18la的富集呈现出明显的变,这表明H3K18la在调节多潜能和上皮相关基因,尤其是在重编程的早期阶段中扮演着独特的角色。


图4. Dux在重编程过程中促进了H3K18la的动态变化


H3K18la在MEF和iPSC中具有不同的结合蛋白

为了探索与H3K18la相互作用的蛋白质,研究人员利用免疫共沉淀(Co-IP)结合4D-FastDIA LC-MS/MS分析,随后通过主成分分析和差异蛋白筛选,识别出在iPSC中强度超过MEF两倍的975个蛋白质(Q4组),并进行分子功能分析,得知这些蛋白主要参与RNA/DNA结合,染色质结合和组蛋白结合,而且H3K18la倾向于与在iPSC中含有螺旋酶保守C-末端结构域、DEAD/DEAH螺旋酶和SNF2相关结构域的蛋白质特异结合。SWI/SNF复合物,也称为Brg1/Brm相关因子(BAF),被发现于ESC中携带(esBAF)。已知Brg1作为BAF复合物的酶活亚单位,在BAF复合物的功能中起关键作用,且Brg1含有的溴结构域通过其与乙酰化组蛋白或转录因子结合进而与染色质相互作用,因此研究人员假设H3K18la作为Brg1结合的潜在位点。为了验证这一假设,研究人员对MEF和iPSC之间Brg1蛋白的差异水平,及在两种类型中H3K18la的结合进行探索,发现两者Brg1蛋白水平没有显著差异,但Co-IP显示H3K18la与iPSC中Brg1之间存在显著关联,而在MEF中不存在。接下来,实验团队通过分子对接实验,验证未修饰的H3蛋白H3K19与Brg1蛋白的N端区域形成九个不同的氢键相互作用对,携带修饰的H3蛋白(H3K19la)在同一结合位置与Brg1形成了13个不同的氢键相互作用对,表明Brg1和K19修饰的H3蛋白之间存在更强的结合力。鉴于Brg1参与乙酰化以及乳酰化与乙酰化之间的相似性,因此推测Brg1可能充当H3K18la的“读取器”。


图5. H3K18la在早期重编程中与染色质重塑复合物Brg1发生相互作用


Brg1在早期重编程中作为H3K18la的读取器发挥作用

现有数据表明,MEF和ESC之间在多能基因和上皮基因的Brg1富集存在明显差异,在间充质相关基因方面没有显著差异。通过ChIP-qPCR发现Brg1与多能基因和上皮基因(包括Oct4、Sall4、Cdh1、Cldn3、Cldn4和Epcam)的重编程过程相关联。随后,研究团队通过WB,验证在重编程早期阶段,Brg1 OE导致H3K18la水平增加,Brg1 KO导致H3K18la水平降低。然而,在与H3K18la调节剂或Dux OE相关的Brg1方面未观察到显著变化。此外,Brg1 OE可以增加AP+克隆数量,即iPSC重编程效率的增强;相反,Brg1 KO导致在iPSC重编程过程中AP +克隆形成减少。虽然Dux OE不会改变Brg1水平,但ChIP结果显示,Dux OE促进Brg1在与多能性和上皮连接相关基因上的积累。类似地,H3K18la对Brg1蛋白水平的影响微乎其微,但其在调节Brg1富集方面发挥了关键作用。虽然在多能相关基因上没有检测到显著差异,但发现H3K18la在上皮相关基因上的Brg1积累受H3K18la调控,并可通过Dux OE逆转DCA对Brg1的富集作用。这些发现揭示了Brg1的双重功能,既是H3K18la的调节剂又是H3K18la的读取器。


图6. Brg1在早期重编程中作为H3K18la的读取器发挥作用


研究小结
此项研究证实,短暂的Dux过表达通过提高H3K18la水平增强了iPSC重编程效率。该研究在重编程的早期阶段建立了OGS、组蛋白乳酰化和MET之间的联系,强调了H3K18la在成功重编程中的关键作用。具体来说,Dux通过促进OGS并利用其C端来招募p300,促进了H3K18la水平的增加。随后,Brg1与富集在MET相关基因启动子上的H3K18la相互作用,充当乳酰化的读取器,促进重编程过程。本研究首次证实Brg1作为组蛋白乳酰化读取器发挥相应作用。


述评    

本篇文献深入探究了Dux在诱导多能干细胞(iPSC)早期重编程阶段的核心作用,揭示了其促进重编程效率的新机制。研究团队通过一系列精心设计的实验,不仅证实了Dux过表达在重编程早期能显著提升iPSC的生成效率,还进一步剖析了这一作用的潜在机制。

利用RNA-seq技术结合KEGG分析和qPCR技术,研究人员发现Dux的这一促进作用与细胞代谢,特别是糖酵解代谢途径紧密相关。他们推测,Dux可能通过调节糖酵解代谢途径来加速重编程进程。随后的实验进一步证实了这一推测,显示Dux能够显著增强糖酵解相关基因的转录活性,并观察到氧化磷酸化向糖酵解的代谢转换(OGS)增强。更重要的是,Dux通过其C端结构域招募p300,进而促进组蛋白H3第18位赖氨酸的乳酰化修饰(H3K18la)及其在基因组上的富集,这一发现首次揭示了组蛋白乳酰化在iPSC重编程中的重要作用。

为了更深入地理解H3K18la在早期重编程中的作用,研究团队应用乳酰化调节剂来改变H3K18la的水平,并观察到在整个重编程过程中,特别是在初始阶段,促进H3K18la的增加能够显著提高AP+克隆的数量。同时,他们发现H3K18la在糖酵解和多能性基因上的富集也相应增加。此外,研究人员还观察到,在整个重编程过程中,与多能性相关基因的启动子上H3K18la逐渐累积,这进一步证明了H3K18la在重编程初始阶段的关键作用。

随后,研究团队进一步证实了H3K18la通过促进间充质-上皮转化(MET)来加速重编程进程。在此基础上,他们得出了结论:Dux通过促进OGS、招募p300增加H3K18la水平,进而促进MET,最终提高iPSC重编程效率。

本研究的另一大亮点在于,研究人员首次发现了H3K18la促进MET进而促进iPSC重编程的关键因子——Brg1。Brg1是一种被称为乳酰化修饰读取器的蛋白质,通过识别并结合H3K18la,在多能性相关基因及上皮相关基因的启动子区域富集,从而调控这些基因的表达。此外,研究还证实,Brg1与多能性和上皮连接相关基因上的积累受Dux及H3K18la的调控。更为有趣的是,敲除Brg1会导致H3K18la水平增加,而Brg1过表达则会降低H3K18la水平,这表明Brg1不仅作为H3K18la的读取器,还具有乳酰化修饰调节器的双重功能。

综上所述,本研究不仅揭示了Dux在iPSC重编程中的关键作用及其机制,还首次发现了H3K18la和Brg1在这一过程中的重要作用,为理解iPSC重编程的复杂机制提供了新的视角和潜在的靶点。

思考与启发:

关于组蛋白乳酰化读取器Reader的定义,目前学术界尚未达成共识。就本研究而言,结果显示,Brg1 OE能够增加H3K18la的水平,而Brg1 KO则降低其水平,这与Brg1作为乳酰化调节剂的功能密切相关。然而,Brg1究竟是通过影响OGS来发挥促进作用,还是作为乳酰化酶直接促进乳酰化,抑或两者兼具,本文并未进行进一步的验证。简而言之,本研究尚未明确Brg1与组蛋白乳酰化酶在功能上的差异,这一点仍有待商榷。此外,我们是否可以提出这样一个假设:作为表观修饰的书写器Writer和读取器Reader,在结构或功能上可能存在某种交叉,使得一种蛋白在作为Writer的同时,也能行使Reader的功能,或者反之?这些猜想都亟待未来的研究来验证。

已知组蛋白H3的某些位点存在单甲基化及三甲基化等复杂的表观遗传修饰,那么,我们是否可以进一步推测,组蛋白的各亚型及各位点也可能存在单乳酰化或多乳酰化等更为复杂的修饰形式?例如,在某个关键基因的转录过程中,不同位点的乳酰化修饰可能分别作用于增强子区域或启动子区域,从而产生协同或牵制作用,以实现更为精细的调控。这一猜想是否值得通过进一步的实验来验证呢?

已知Dux在ESC(胚胎干细胞)向2CLC(可能是指某种特定细胞类型,但具体含义需根据上下文确定)转化过程中,对全能性相关过程发挥关键作用。同时,ESC与肿瘤细胞都倾向于采用有氧糖酵解作为能量代谢方式。基于这些信息,我们可以合理推测,有氧糖酵解可能会增加组蛋白相关位点的乳酰化修饰,即ESC与肿瘤细胞中都存在广泛的组蛋白乳酰化修饰。那么,是否存在某种机制,能够诱导肿瘤细胞通过调控组蛋白某些亚基及位点的乳酰化修饰(包括乳酰化和去乳酰化过程),从而向ESC转化?如果这一假设成立,那么它无疑将为临床肿瘤治疗提供新的思路或可能性。


编译:李航兵

审校:周宇/朱敏敏
本文内容来源于上海市第一人民医院围术期器官保护科研组,版权归原作者所有

编辑:柴若兰

审校:陈小星

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