BUSCO 评估的原理:
软件根据 OrthoDB 数据库，构建了几个大的进化分支的单拷贝基因集。使用hmmsearch进行比对，将拼接结果预测得到的基因集与该基因集进行比较，根据比对上的比例、完整性，来评价拼接结果的准确性和完整性。也就是比对上已知基因集的基因越多，说明拼接的结果越好。
软件安装
# conda安装
conda create -n busco -yconda activate buscoconda install -c bioconda -c conda-forge busco=5.8.0 -y
# 若使用conda安装失败，可使用mamba进行安装,
conda install mamba -ymamba install -c bioconda -c conda-forge busco=5.8.0 -y
# 验证安装
busco --helpbusco --version# 显示所有可用数据集
busco --list-datasets# 下载数据库文件
busco --download all# 常见参数
用法:
busco -i [SEQUENCE_FILE] -l [LINEAGE] -o [OUTPUT_NAME] -m [MODE] [其他选项]可选参数：
# busco使用
方法一：直接在命令中设定参数【需设置的参数较少时】
# 基因组
busco -i genome.fna -c 8 -m geno -f --out test_eukaryota --auto-lineage-euk -l path/to/busco/lineages/eukaryota_odb10busco：这是执行 BUSCO 工具的命令，软件安装路径：/mnt/Software_using/miniconda3/envs/busco/bin/busco
-i genome.fna：指定输入文件为 genome.fna，这是待评估的基因组序列文件。
-c 8：指定使用 8 个 CPU 核心来加速评估过程，提高运行效率。
-m geno：指定评估模式为 geno，这表示对基因组进行评估，用于寻找基因组中的基因。
-f：强制运行模式，用于覆盖已有的输出文件。
--out test_eukaryota：指定输出文件或目录前缀为 test_eukaryota，这是存储评估结果的位置。
-l path/to/busco/lineages/eukaryota_odb10：指定物种进化枝数据集文件的本地路径
busco -i /path/to/canu_removedup.fa -r -o canu_remdup --out_path /path/to/busco --lineage_dataset /path/to/arthropoda_odb10 -m geno -c 32 -f --offline-i /path/to/genome.fa：输入文件路径。
-r：表示重新运行 BUSCO 分析，会覆盖以前的结果。
-o canu_remdup：指定输出文件的前缀名，即分析结果会保存为以 canu_remdup 开头的文件。
--out_path /path/to/busco：设置 BUSCO 输出文件的保存路径。
--lineage_dataset /path/to/arthropoda_odb10：指定物种进化枝（lineage）的数据集文件路径。在这里选择的是节肢动物数据库 arthropoda_odb10，适用于分析节肢动物基因组。
-m geno：指定分析模式为基因组模式（geno），适用于基因组数据。
-c 32：指定使用 32 个线程进行分析，以提高计算速度。
-f：强制覆盖已有的输出文件。
--offline：使用离线模式，避免从网上下载数据。
busco -i /path/to/canu_removedup.fa -r -o canu_remdup_augus --out_path /path/to/busco --lineage_dataset /path/to/arthropoda_odb10 -m geno -c 32 -f --offline --augustus--augustus：启用 Augustus 基因预测软件来提升基因预测准确性。Augustus 是一种基因结构预测工具，与 BUSCO 一起使用可以提高基因注释的质量。
# 转录组
run_BUSCO.py -i /longest_isoform.fasta -l ./odb10/ -o HCZX_OUTPUT -m tran -c 48run_BUSCO.py -i [组装的文件.fasta] -l [数据库文件夹] -o [输出文件名] -m [评估模式] [其他一些选项]
-i 输入文件
-l BUSCO的数据库文件
-o 输出的文件名的后缀以及文件夹的名称
-m 分析类型（genome、transcriptome、proteins）
--cpu 线程数
方法二：在设置文件中给出参数【需设置的参数较多时】
# 配置文件见软件安装路径config文件夹，直接复制一份到工作目录，修改使用即可，删除配置文件中 “;” ，并修改所需参数的值
busco --config config.ini# 结果解读
程序运行结果在short_summary**.txt文件中
C:96.9%[S:96.4%,D:0.5%],F:0.7%,M:2.4%,n:1706
C: 96.9%：表示在总 BUSCO 基因组中的完整 BUSCO 基因数所占比例是 96.9%。该值表示输入的基因组序列中有 96.9% 的基因是完整的。
S: 96.4%：其中 96.4% 的 BUSCO 基因是单拷贝基因（single-copy），即没有重复，基因组序列中仅存在一次。
D: 0.5%：其中 0.5% 的 BUSCO 基因是重复基因（duplicated），即在基因组序列中有多个拷贝。
F: 0.7%：表示有 0.7% 的 BUSCO 基因是碎片化的（fragmented），即部分基因不完整。
M: 2.4%：表示有 2.4% 的 BUSCO 基因缺失（missing），即基因组序列中未找到这些基因。
n: 1706：表示使用的 BUSCO 基因组数据库中的 BUSCO 基因总数是 1706 个。
1653 Complete BUSCOs (C)：在基因组中检测到 1653 个完整的 BUSCO 基因。
1645 Complete and single-copy BUSCOs (S)：在完整 BUSCO 基因中，1645 个是单拷贝的基因。
8 Complete and duplicated BUSCOs (D)：在完整 BUSCO 基因中，有 8 个是重复的基因。
12 Fragmented BUSCOs (F)：在基因组中检测到 12 个 BUSCO 基因是碎片化的，说明这些基因并不完整。
41 Missing BUSCOs (M)：有 41 个 BUSCO 基因在基因组中未检测到。
总结：
从结果来看：
