1、微生物菌群研究能做什么
微生物菌群是特定环境中存在的微生物的集合,这些微生物包括细菌、古细菌、低等或高等真核生物和病毒。
菌群研究应用场景:
医学领域:疾病与人体微生物间关系,如代谢类疾病、消化类疾病、自身免疫性疾病、肿瘤癌症、神经类疾病及其他疾病等;
畜牧领域:肠道、瘤胃等微生物群落与动物繁殖、生长发育、营养健康、免疫和疾病治疗等的互作关系;
农业领域:根际微生物与植物互作、农业耕作/施肥处理与土壤微生物群落等;
环境领域:某一特定环境(雾霾、沙尘等污染环境,住宅、商场等生活环境)的微生物群落组成,有机肥发酵处理、污水治理、石油降解、水体及海洋环境等微生物群落分布和组成等;
生物能源:特殊功能的菌株、基因挖掘、工程菌的开发;
特殊极端环境:极端环境条件下的微生物类群研究。
2、微生物菌群研究方法
1)扩增子测序
扩增子测序是一种通过扩增特定基因或区域的DNA序列来研究微生物群落组成的方法。包含细菌16S rDNA、真菌ITS、真核生物18S rDNA及功能基因测序等扩增子测序。
通过扩增子测序可以快速、高通量地获得微生物群落的组成信息,从而了解微生物的多样性和相对丰度。
2)宏基因组测序
宏基因组测序是指对整个微生物群落的基因组进行测序,能够揭示微生物群落的遗传信息、功能潜力和互作关系。
相比于扩增子测序,宏基因组测序提供了更全面的信息,包括未知物种和功能基因。
3、何时选择扩增子?何时选择宏基因组?
若仅需了解样本中细菌/真菌的多样性与群落构成,且对分类水平要求较低(不要求到种),选择扩增子测序即可满足要求; 若想获得环境样本中全部微生物(细菌、真菌和病毒)的详细基因信息,或除微生物物种层面外,还需要进一步进行功能分析,可直接选择宏基因组测序; 当样本量比较大时,出于成本考虑,建议先用扩增子测序对多重复或者大样本量进行筛选,剔除离群样本后,选择结果一致性较好的样本进行宏基因组测序,由浅入深,将研究深度扩展到更精细的物种(种)和功能层面。
4、扩增子和宏基因组整合分析思路
1)群落结构对比:
将扩增子的分类信息与宏基因组的分类信息进行对比,以验证分类的一致性。
2. 功能注释整合:
扩增子数据中的物种分类结果与宏基因组功能注释结合,确定哪些物种与哪些功能基因相关。
3. 共现网络分析:
通过共现分析,构建微生物群落中物种与功能基因的关系网络。
4. 差异分析:
比较不同样本或条件下的扩增子和宏基因组数据,找出显著变化的物种和功能基因。
整合分析的结果可以帮助解释以下问题:
哪些物种在某些功能代谢路径中起主要作用?
不同环境条件下,微生物群落的结构和功能如何变化?
物种共现关系与功能基因共现关系是否存在相关性?
主要内容:
(1)选对方法选对路:如何选择合适的测序方法?典型文章的设计思路是怎样的?可以怎么整合各类数据使文章更具有科研价值?
(2)深入浅出读懂α、β多样性:理解背后原理,学会灵活使用,避免误区。
(3)异常样本的识别与处理:如何判断和找出异常样本?如何合理处理异常样本?
(4)多组学关联分析与网络分析:提炼与升华,让文章和结果数据展示出更大的价值。
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