微生物菌群研究的测序方法该如何选择?

学术   科学   2024-09-23 09:34   上海  

1、微生物菌群研究能做什么

微生物菌群是特定环境中存在的微生物的集合,这些微生物包括细菌、古细菌、低等或高等真核生物和病毒。

菌群研究应用场景:

  • 医学领域:疾病与人体微生物间关系,如代谢类疾病、消化类疾病、自身免疫性疾病、肿瘤癌症、神经类疾病及其他疾病等;

  • 畜牧领域:肠道、瘤胃等微生物群落与动物繁殖、生长发育、营养健康、免疫和疾病治疗等的互作关系;

  • 农业领域:根际微生物与植物互作、农业耕作/施肥处理与土壤微生物群落等;

  • 环境领域:某一特定环境(雾霾、沙尘等污染环境,住宅、商场等生活环境)的微生物群落组成,有机肥发酵处理、污水治理、石油降解、水体及海洋环境等微生物群落分布和组成等;

  • 生物能源:特殊功能的菌株、基因挖掘、工程菌的开发;

  • 特殊极端环境:极端环境条件下的微生物类群研究。


2、微生物菌群研究方法

1)扩增子测序

扩增子测序是一种通过扩增特定基因或区域的DNA序列来研究微生物群落组成的方法。包含细菌16S rDNA、真菌ITS、真核生物18S rDNA及功能基因测序等扩增子测序。

通过扩增子测序可以快速、高通量地获得微生物群落的组成信息,从而了解微生物的多样性和相对丰度。

2)宏基因组测序

宏基因组测序是指对整个微生物群落的基因组进行测序,能够揭示微生物群落的遗传信息、功能潜力和互作关系。

相比于扩增子测序,宏基因组测序提供了更全面的信息,包括未知物种和功能基因。


3、何时选择扩增子?何时选择宏基因组?

  • 若仅需了解样本中细菌/真菌的多样性与群落构成,且对分类水平要求较低(不要求到种),选择扩增子测序即可满足要求;

  • 若想获得环境样本中全部微生物(细菌、真菌和病毒)的详细基因信息,或除微生物物种层面外,还需要进一步进行功能分析,可直接选择宏基因组测序;

  • 当样本量比较大时,出于成本考虑,建议先用扩增子测序对多重复或者大样本量进行筛选,剔除离群样本后,选择结果一致性较好的样本进行宏基因组测序,由浅入深,将研究深度扩展到更精细的物种(种)和功能层面。


4、扩增子和宏基因组整合分析思路

1)群落结构对比:

将扩增子的分类信息与宏基因组的分类信息进行对比,以验证分类的一致性。

2. 功能注释整合:

扩增子数据中的物种分类结果与宏基因组功能注释结合,确定哪些物种与哪些功能基因相关。

3. 共现网络分析:

通过共现分析,构建微生物群落中物种与功能基因的关系网络。

4. 差异分析:

比较不同样本或条件下的扩增子和宏基因组数据,找出显著变化的物种和功能基因。

整合分析的结果可以帮助解释以下问题:

  • 哪些物种在某些功能代谢路径中起主要作用?

  • 不同环境条件下,微生物群落的结构和功能如何变化?

  • 物种共现关系与功能基因共现关系是否存在相关性?


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