菌群多样性研究之生物学重复设置的作用和推荐数量
学术
科学
2024-10-10 08:29
上海
在生态学、医学和农学等领域中，菌群多样性已成为研究热点。然而，要确保研究结果的准确性和可重复性，合理设计实验中的生物学重复数量至关重要。
生物学重复是指样本重复，也就是每次测量/采样都基于不同个体。比如在一项研究中对照组和实验组各有5只小鼠，采集每一只小鼠粪便样本进行测序，每一份样本代表一只小鼠，则每个组别中各有5个生物学重复。如果是将来源于同一只小鼠的样本进行5次测序，此时的重复叫做技术重复，目的是确保技术操作本身不引入误差，仅能代表某一个个体。
设置生物学重复主要有以下几个作用：
2.增强结果的可靠性：测序的样本越多，越能够降低背景差异，从而增加结果可信度；3.检测离群样本：异常样本的存在，会严重影响测序结果的准确性，通过后续信息分析可以发现异常样本，将其排除。
常见研究场景推荐生物学重复数量
一般情况下，自然环境中（比如土壤，根系，植物等）及模式动物（比如大鼠，小鼠等）建议每组至少5个生物学重复，一般推荐10个生物学重复；若是人类肠道，粪便等样品，由于个体之间差别较大（比如环境，饮食，遗传条件，健康状态等影响），建议加大取样量，每组不少于30个生物学重复（取样少，可能会导致组内差异大于组间差异则项目无意义）。
Tips：
1）如果将多个样本混在一起建库测序，多个样本则变成了一个样本，仍是无生物学重复的。2）一般建议多做生物学重复，若是遇到个体之间差别较大的情况可以选择剔除个别样本，避免后期样本数量不够，后期补送重复性不好的情况发生。课程《微生物菌群研究必修课：从深入理解到灵活应用》立足于帮助微生物菌群多样性和宏基因组测序研究的科研人员深入理解微生物组学研究的方案设计、分析原理，课程还提供了关键结果的解读、异常结果的处理方案等，以此来指导科研人员灵活使用结果文件或对结果文件做合理的后续加工处理。本套课程作为微生物菌群多样性和宏基因组测序研究的入门课，可以引导科研人员快速梳理结果数据，实用性强，具有很高的含金量。主要内容：
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（2）深入浅出读懂α、β多样性：理解背后原理，学会灵活使用，避免误区。
（3）异常样本的识别与处理：如何判断和找出异常样本？如何合理处理异常样本？
（4）多组学关联分析与网络分析：提炼与升华，让文章和结果数据展示出更大的价值。
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