TRF安装
# 克隆 TRF 的 GitHub 仓库：
git clone https://github.com/Benson-Genomics-Lab/TRF.gitcd TRF# 执行编译
mkdir buildcd build../configure
make# 编译完成后可执行文件储存在path/to/build/src/trf 路径下
# 添加环境变量（此时位于build文件夹下）
export PATH=$PWD/src/:$PATHTRF用法
# 查看帮助信息
trf -h# 识别 DNA 序列中重复序列
trf test_seqs.fasta 2 5 7 80 10 50 2000trf：运行 Tandem Repeats Finder。
test_seqs.fasta：输入文件，包含待分析的 DNA 序列，此处为 TRF/t 下测试文件。
2 5 7 80 10 50 2000：这些通常是 trf 的参数，指示算法如何处理输入文件。具体参数的意义可能取决于 trf 的版本，常见的参数解释如下：
2：最小重复单位的长度（可能是二聚体）。
5：允许的最小重复次数。
7：允许的最大间隔。
80：允许的误差百分比。
10：允许的最小重复的长度。
50：允许的最大长度。
2000：搜索的最大长度。
# 添加可选参数，以优化输出结果
trf test_seqs.fasta 2 5 7 80 10 50 2000 -f -d -m-f: 该参数将输出每一串联重复序列两侧200bp 的侧翼序列，输出到比对文件中，以便更好地理解重复序列的上下文。
-d: 该参数将产生一个屏蔽文件，记录了与列表文件一样的信息，及比对信息，可用于后续程序的处理
-m: 输出一个 masked sequence file，即将重复序列掩盖或屏蔽的序列文件，通常用于后续分析，以避免在其他分析中重复考虑这些序列。
