【毕业论文系列】蛋白质分析常用数据库介绍
学术
科学
2024-10-28 09:46
上海
功能基因特征分析通常需要使用到各种不同的蛋白质生信分析工具或网站，它们不仅可以帮助我们进一步理解蛋白质的结构和功能，生成的图片很多也可以直接放在毕业论文和发表文章中，符合实际的需要，以下我们整理了一些可能会用到的数据库网站。
1、PDB（Protein data bank）是一个包含大量蛋白质、DNA 和 RNA结构数据的综合性资源库，其开放获取的门户网站RCSB.org目前提供了来自PDB数据库通过X晶体衍射，核磁共振和冷冻电镜等实验手段确定的3D结构和来源于AlphaFold数据库和ModelArchive的计算结构模型（CSM）。该网站常用于下载蛋白质的pdb文件，查看其三维结构。2、Uniprot是一个较为全面的蛋白质序列和功能信息资源库，由UniProt KB、Proteomes、UniRef和UniPac四部分组成。其中经常用到的UniProt KB包括Swiss-Prot和TrEMBL，分别代表手工注释和机器自动注释的蛋白数据库。该网站可以通过关键词搜索特定蛋白，查看蛋白的序列、功能描述、亚细胞定位、三维结构等，也可以基于BLAST比对的方式进行基因组的蛋白注释。网址：https://www.uniprot.org/![]()
3、Expasy是瑞士一个集成了超过160项蛋白质组学、基因组学数据库或软件工具的综合分析平台，功能强大多样。比如它既可以检索蛋白（Uniprot/Swiss-Prot）、脂质（SwissLipids）、基因表达模式（Bgee）等信息，也可用于翻译核酸序列（Translate），进行同源建模（Swiss-Model），识别和绘制蛋白互作网络（String），辅助药物设计（SwissDrugDesign）等。网址：https://www.expasy.org/![]()
4、DTU Health Tech的生物信息学服务（Bioinformatic Services）提供了基因检索和剪接位点（Gene finding and splice sites）、基因组流行病学（Genomic epidemiology）、免疫学特征（Immunological features）、蛋白质的翻译后修饰（Post-translational modifications of proteins）蛋白质功能和结构（Protein function and structure）、蛋白质分选（Protein sorting）以及其它类型的生物信息学分析工具。其蛋白质领域的TMHMM、SignalP等都受到广泛使用。网址：https://services.healthtech.dtu.dk/5、CDD 数据库是由NCBI提供的保守结构域蛋白鉴定资源库，由大量已注释结构域和全长蛋白多序列比对模型组成，是蛋白质结构域分析最常用的工具之一。其检索工具CD-Search和Batch CD-Search分别适用于单个蛋白和多蛋白的结构域注释，SPARCLE可通过亚家族结构域对蛋白质进行功能分类 ，CDART可查找含有相同结构域的蛋白质。网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml课程《细菌与真菌功能基因结构特征分析实战》主要针对于细菌、真菌、质粒及部分病毒的功能基因在单基因水平的各类分析做的系列研究。课程包含了各类调控基因、酶基因、跨膜蛋白基因等关键基因的结构分析、理化性质特征分析、启动子区域分析和正反向序列格式转换实操等内容。学习本套课程有助于挖掘特定功能基因发挥生物学作用的内在原因，并为进一步做功能突变、蛋白活性改造等提供靶位点依据。主要内容：
（1）基因的基础特征分析及启动子预测教学；
（2）基因序列转换方法介绍和实操讲解；
（3）蛋白质理化性质、亲疏水性、信号肽、跨膜结构域实操讲解；
（4）蛋白质二级结构、三级结构、结构域在线预测及结果解读；
（5）三维结构演示软件PyMOL的安装和使用教程。
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