第一章:肺炎克雷伯菌的研究概论
课时1:肺炎克雷伯菌物种复合体(KpSC)介绍
(1)什么是肺炎克雷伯菌物种复合体;
(2)肺炎克雷伯菌与其它KpSC成员之间的差异;
(3)如何区分肺炎克雷伯菌物种复合体成员。
课时2:肺炎克雷伯菌的病理类型和鉴别方法
(1)什么是hvKp与cKp;
(2)hvKp与cKp的临床特征差异;
(3)hvKp与cKp的鉴别方法;
课时3:肺炎克雷伯菌的流行现状
(1)肺炎克雷伯菌的定殖与感染;
(2)肺炎克雷伯菌耐药与毒力的流行性表现;
(3)碳青霉烯耐药高毒力肺炎克雷伯菌的典型研究案例。
第二章:肺炎克雷伯菌的毒力研究
课时4:肺炎克雷伯菌的毒力因子总览
(1)病原菌的致病性概述;
(2)毒力因子的种类及主要作用;
(3)肺炎克雷伯菌中常见的毒力因子及其与可移动元件的关系;
(4)肺炎克雷伯菌中毒力因子的研究热点及方法;
课时5:荚膜多糖(CPS)的主要生物学功能及合成基因簇
(1)荚膜多糖的结构;
(2)荚膜多糖的主要生物学功能;
(3)荚膜多糖的致病机制;
(4)荚膜多糖合成相关基因;
(5)荚膜多糖的合成调控;
(6)荚膜多糖与血清型的关系;
课时6:脂多糖(LPS)的主要生物学功能及合成基因簇
(1)脂多糖的概念及其结构特征;
(2)脂多糖的主要生物学功能和致病性;
(3)脂多糖合成的相关基因及基因簇;
(4)脂多糖的合成过程及转移途径;
(5)脂多糖的调控作用;
(6)脂多糖与血清型的关系;
课时7:铁载体与毒力的关系及合成基因簇
(1)铁载体的概念及生物学意义;
(2)铁载体的类型;
(3)肺炎克雷伯菌中常见的铁载体及合成基因簇;
(4)铁载体的调控机制;
(5)铁载体介导的药物传递;
课时8:菌毛的类型及其与毒力的关系
(1)菌毛的概念-如何区分fimbriae和plii;
(2)fimbriae的类型;
(3)肺炎克雷伯菌的常见fimbriae及其对毒力的影响;
(4)type 1 fimbriae和type 3 fimbriae的遗传基础和调控机制;
课时9:肺炎克雷伯菌的其它毒力因子
(1)Colibactin的毒力及其基因簇;
(2)AcrAB外排泵介导抗生素耐药性和毒力;
(3)T6SS-PLD1和Tle1KP介导的毒力;
(4)Allantoin代谢与毒力的关系;
(5)外膜囊泡参与毒力传递;
课时10:肺炎克雷伯菌的毒力质粒KPVP
(1)肺炎克雷伯菌毒力质粒分类;
(2)KpVP-1型质粒解析;
(3)KpVP-2型质粒解析;
(4)KpVP的移动性及其与耐药基因的重组;
课时11:毒力因子预测实战—以肺炎克雷伯菌为例
(1)常用分析方法介绍;
(2)VFDB预测实战;
(3)VFDB数据库使用;
(4)VRprofile预测实战;
课时12:毒力质粒和毒力簇的分析方法概述
(1)表型实验确定菌株的毒力水平和毒力因子的影响;
(2)特征性热图分析毒力因子与菌株的内在联系;
(3)比较基因组圈图展示毒力基因的基因组分布;
(4)比较基因簇分析毒力基因簇的组成和演变;
课时13:肺炎克雷伯菌毒力研究的一般思路及案例分享
(1)肺炎克雷伯菌毒力的一般分析思路;
(2)肺炎克雷伯菌毒力因子的流行性研究;
(3)肺炎克雷伯菌毒力与耐药表型的共存;
(4)肺炎克雷伯菌毒力差异表型样本的比较分析;
课时14:肺炎克雷伯菌毒力检测常用的实验方法
(1)毒力菌株的表型特征;
(2)常用实验方法及其检测对象;
(3)不同实验方法的适用场景或优劣;
(4)实验方法与组学方法的有效结合;
课时15:细菌黏液表型检测—拉丝试验与沉降试验
(1)细菌黏液的表型及其鉴定方法;
(2)拉丝试验的操作方法;
(3)沉降试验的操作方法;
(4)拉丝试验和沉降试验结果展示;
课时16:细菌荚膜产量检测—糖醛酸定量实验
(1)荚膜多糖与肺炎克雷伯菌毒力的关系;
(2)糖醛酸的提取和定量检测方法;
(3)糖醛酸的定量检测结果展示;
课时17:细菌致病杀伤能力检测—小鼠感染试验
(1)小鼠作为检测病原菌感染的模式生物;
(2)小鼠感染模型建立;
(3)动物感染模型致死实验的数据处理;
(4)小鼠感染模型毒力检测的示例;
课时18:细菌致病杀伤能力检测—大蜡螟幼虫感染试验
(1)大蜡螟作为检测病原菌感染的模式生物;
(2)大蜡螟幼虫感染模型建立;
(3)大蜡螟幼虫感染试验图像参考;
(4)大蜡螟幼虫感染模型毒力检测的示例;
课时19:细菌群体感应相关—生物膜形成试验
(1)生物膜的概念及其形成过程;
(2)生物膜形成试验方法;
(3)肺炎克雷伯菌生物膜形成试验的案例;
课时20:细菌抗免疫杀伤能力检测—中性粒细胞试验
(1)中性粒细胞的作用及与肺克毒力的关系;
(2)中性粒细胞的提取分离;
(3)中性粒细胞吞噬试验操作流程
(4)中性粒细胞杀菌试验操作流程;
(5)肺炎克雷伯菌中性粒细胞试验的案例;
课时21:分子遗传学—突变体构建
(1)基因突变简介;
(2)突变体的构建方法介绍;
(3)肺炎克雷伯菌突变体实验案例。
第三章:肺炎克雷伯菌的耐药研究
课时22:微生物耐药的原理及基础介绍
(1)微生物耐药性的产生;
(2)微生物的抗菌药物耐药机制;
(3)微生物耐药性的转移和流行传播机制;
(4)具有严重危害的耐药细菌或真菌;
(5)常见的抗菌药物分类及其作用方式;
(6)抗菌药物与微生物耐药性的关系;
课时23:抗菌药物作用机制及其特征基因解析
(1)抗菌药物的作用机制及其耐药机制总览;
(2)灭活酶与钝化酶对细菌耐药的影响;
(3)主动外排系统对细菌耐药的影响;
(4)靶位点改变对细菌耐药的影响;
(5)细胞膜通透性改变对细菌耐药的影响;
(6)双组分调控系统对细菌耐药的影响;
(7)群体感应对细菌耐药的影响;
(8)异质性耐药对细菌耐药的影响;
(9)细菌耐药性及其特征耐药基因的对应关系
课时24:肺炎克雷伯菌耐药分析思路
(1)肺炎克雷伯菌耐药分析的一般思路;
(2)肺炎克雷伯菌耐药的流行病学研究;
(3)肺炎克雷伯菌耐药基因的遗传变异与进化分析;
课时25:抗菌药物敏感性试验介绍
(1)抗菌药物敏感性试验的参考标准;
(2)抗菌药物敏感性试验方法介绍;
(3)不同实验方法的比较;
(4)微生物多重耐药的含义;
课时26:耐药基因预测实操演练及结果解读
(1)常用的耐药基因预测方法介绍;
(2)Resfinder的使用方法及预测结果解读;
(3)CARD的使用方法及预测结果解读。
第四章:肺炎克雷伯菌的可移动元件研究
课时27:水平基因转移(HGT)与可移动元件概述
(1)可移动遗传元件与水平基因转移的概念;
(2)可移动遗传元件的分类;
(3)水平基因转移的方式;
(4)水平基因转移与可移动遗传元件的关联;
(5)可移动遗传元件预测方法;
(6)课程涉及的软件和网站;
课时28:质粒基本特征及其生信研究方法介绍
(1)质粒的概念;
(2)质粒的复制;
(3)质粒的特性;
(4)质粒的分型;
(5)质粒数据库及生信工具;
课时29:基因组岛(GI)与整合性接合元件(ICE)特征介绍
(1)基因组岛的概念与起源;
(2)基因组岛的分类及结构特点;
(3)基因组岛的环出与整合;
(4)整合性接合元件的概念及分类;
(5)整合性接合元件的结构特征;
(6)特殊的整合性接合元件-ICEkp;
课时30:前噬菌体的基本特征及在基因组上的整合与切除
(1)噬菌体的概念及组成结构;
(2)噬菌体的生命周期;
(3)前噬菌体的概念及存在形式;
(4)前噬菌体的插入整合方式;
(5)肺炎克雷伯菌前噬菌体的结果展示;
课时31:CRISPR-Cas系统的基本特征及作用机制
(1)CRISPR-Cas的概念和组成;
(2)CRISPR-Cas的分类;
(3)CRISPR-Cas的作用机制;
(4)CRISPR-Cas的研究意义;
(5)肺炎克雷伯菌的CRISPR-Cas研究;
课时32:插入序列与转座子的结构特征及判定方法
(1)插入序列和转座子的概念及结构特征;
(2)转座子的分类;
(3)插入序列、转座子与耐药基因的关联;
(4)肺炎克雷伯菌的常见转座子;
课时33:整合子(Integron)的基本特征及作用方式
(1)整合子的概念及其组成;
(2)整合子的分类;
(3)整合子的边界;
(4)基因盒的捕获和整合;
(5)基因盒的表达;
(6)肺炎克雷伯菌中的整合子研究;
课时34:接合质粒的基本元件、转移机制及判定方法
(1)接合质粒的组成结构;
(2)接合转移的原理;
(3)影响接合转移效率的因素;
(4)如何确认质粒是否具有接合性转移能力;
(5)接合转移研究的文献示例;
课时35:基因重组介导的非接合元件的转移
(1)重组的概念及与转移的关系;
(2)重组的类型——同源重组/位点特异性重组;
(3)重组的三种形式——整合、切除、倒位;
(4)多重组事件的发生;
(5)重组在非接合元件转移中的应用;
课时36:可移动质粒的诱动转移机制
(1)引言-质粒的移动性;
(2)诱动的概念及其意义;
(3)可移动质粒的诱动转移方式;
(4)可移动质粒水平基因转移的结果;
(5)肺炎克雷伯菌中的诱动转移报道;
课时37:整合性接合元件的接合转移和诱动机制
(1)ICE、IME和CIME的介绍;
(2)ICE和IME的整合方式;
(3)T4SS-type ICE的接合转移机制;
(4)IME的诱动转移机制;
(5)ICE-IME的协同转移结果;
(6)CIME的整合及转移方式;
课时38:肺炎克雷伯菌耐药毒力基因的传播特点
(1)肺炎克雷伯菌耐药基因的传播特点;
(2)可移动元件介导耐药基因传播;
(3)blaKPC基因传播与转座子的相关性;
(4)blaNDM基因传播与转座子的相关性;
(5)肺炎克雷伯菌毒力基因的传播特点;
(6)【案例】blaNDM-5基因的种间转移/毒力基因的特殊转移方式;
课时39:hv-CRKp和CR-hvKp的产生机制
(1)什么是hv-CRKp和CR-hvKp;
(2)hv-CRKp如何获得高毒性;
(3)CR-hvKp如何获得碳青霉烯耐药;
(4)比较hv-CRKp与CR-hvKp的形成;
(5)hv-CRKp、CR-hvKp的判断方法;
(6)肺炎克雷伯菌多重耐药与毒力共存现象;
课时40:微生物可移动遗传元件的研究思路
(1)可移动遗传元件的一般研究思路;
(2)可移动遗传元件的转移机制研究;
(3)可移动遗传元件的进化分析;
(4)可移动遗传元件分析需要注意的问题;
课时41:接合性质粒的预测方法及实战
(1)质粒及ICE接合性的预测网站;
(2)oriTfinder使用教程;
(3)oriTfinder预测结果解读;
(4)oriDB数据库介绍;
(5)oriTfinder应用实例;
课时42:基因组岛预测方法及实战
(1)基因组岛的预测方法;
(2)Islandviewer使用教程;
(3)Islandviewer预测结果解读;
课时43:整合性接合元件预测方法及实战
(1)整合性接合元件的预测方法;
(2)ICEberg的基本情况;
(3)ICEO的介绍;
(4)ICEfinder使用教程;
(5)ICEfinder预测结果解读;
课时44:前噬菌体预测方法及实战
(1)前噬菌体的预测方法;
(2)PHASTER使用教程;
(3)PHASTER预测结果解读;
课时45:CRISPR-Cas系统预测
(1)CRISPR-Cas系统分类;
(2)CRISPR-Cas常用分析软件;
(3)CRISPR-CasFinder工作原理;
(4)CRISPR-CasFinder本地版安装、使用及结果解读;
课时46:插入序列与转座子预测方法及实战
(1)ISfinder软件介绍;
(2)ISfinder使用指南;
(3)MGEfinder软件介绍;
(4)MGEfinder使用指南;
课时47:整合子(Integron)预测
(1)Integron Finder软件介绍;
(2)Integron Finder网站在线操作;
(3)Integron Finder本地版安装及使用;
(4)Integron Finder结果解读。
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