本套课程聚焦于细菌和真菌的扩增子测序，使用16S rRNA基因、18S rRNA基因及ITS序列等测序数据基于QIIME2等软件进行微生物菌群多样性、组间差异等分析。课程不仅教授扩增子的分析流程和实操部分，还包含理论指导和结果解读。整套分析流程经过Docker封装后，能够直接在个人电脑的Windows系统或Linux系统中使用，非常适合零基础或未系统接触全套分析的研究人员学习和自主挖掘数据。
（2）包含所有数据库和脚本代码：购买课程将同时获得一套完整的分析流程；
（3）封装的流程代码：可在Windows和Linux系统中直接使用；
（4）唯那生物生信系统盘（选购）：流程和数据库已预装，可单独购买，即插即用；
（2）完整的分析流程+R脚本+示例数据+示例结果；
（3）扩增子分析全套流程代码和数据库，可实现从测序数据到论文图表的分析结果。
物种组成柱状图
物种组成热图
层级聚类树结构图
LEfSe分析结果图
α多样性指数差异分析
PLS-DA分析结果图
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（1）微生物菌群研究能做什么？
（2）微生物菌群研究方法？
（3）扩增子测序扩增区域选择
（4）菌群研究文章案例分享
（1）扩增子分析环境概述
（2）在Windows系统中上安装Linux子系统
（3）在Windows系统上安装Docker
（4）加载并使用课程提供Docker镜像
（1）在Linux服务器上安装Docker
（2）加载并使用课程提供Docker镜像
（1）QIIME2分析流程概述
（2）数据导入为QIIME2格式
（3）使用QIIME2去噪和聚类ASV/OTU
（4）物种分类和分类学分析
（5）特征过滤
（6）进化树构建和导出
（1）分析流程使用方法及注意事项
（2）分析实战：基于原始数据生成特征表和代表序列
（3）结果解读
（1）实战操作：对数据进行抽平、筛选、过滤
（2）实战操作：不同聚类水平的统计
（3）聚类特征表的结果解读
（1）实战操作：按照样本或分组统计物种丰度
（2）实战操作：自定义标准筛选优势物种
（3）实战操作：基于优势物种绘制堆积柱状图
（4）物种组成分析和分析图的结果解读
（1）实战操作：基于优势物种绘制热图
（2）物种组成热图结果解读
（1）实战操作：组间样本物种组成水平的韦恩图和花瓣图绘制
（2）组间共有、特有物种的特征结果解读
（1）实战操作：样本间物种丰度差异分析数据整理
（2）实战操作：差异柱状图绘制
（3）物种差异柱状图结果解读
（1）LEfSe分析的原理和样本数据要求
（2）实战操作：使用LEfSe分析差异物种和绘制结果图
（3）LEfSe分析结果图表解读
（1）不同α多样性指数的生物学意义和选用指南
（2）实战操作：各样本α多样性指数的计算
（3）实战操作：基于α多样性指数绘制各样本箱线图
（4）实战操作：α多样性指数的组间差异分析和差异图绘制
（5）关于α多样性指数分析各类结果的解读
（1）稀释曲线和物种积累曲线的生物学意义
（2）实战操作：稀释曲线和物种积累曲线可视化绘制
（3）结果解读：如何评估测序量和样本量的饱和度
（1）实战操作：多样本间层级聚类树分析和可视化
（2）结果解读：如何基于层级聚类树评估样本间微生物菌群组成相似性
（1）实战操作：基于菌群丰度数据分析样本间PCA并可视化
（2）结果解读：PCA分析的生物学意义、参数选择和异常样本筛选
（1）实战操作：基于菌群丰度分析样本间PCoA并可视化
（2）实战操作：基于菌群丰度分析样本间NMDS并可视化
（3）实战操作：使用ANOSIM分析验证组间相似性
（4）结果解读：PCoA、NMDS、ANOSIM分析的生物学意义、参数选择、组间相似性评估
（1）实战操作：基于菌群丰度数据分析样本间PLS-DA并可视化
（2）结果解读：PLS-DA分析的生物学意义、参数选择、组间相似性评估
（1）基于PICRUSt2功能预测原理和所需数据库
（2）实战操作：使用PICRUSt2进行功能预测和可视化
（3）PICRUSt2功能预测的结果解读和结果应用
