“水刊”天花板，国人霸榜，无版面费！且看广州中医药大学利用中药名方+网药+机器学习+分子对接，干湿结合轻松拿下！

学术 2024-10-11 19:00 上海

今天，小云带来一本名副其实的国人神刊International Immunopharmacology（IF：4.8；中科院2区TOP），国人发文量一直处于霸榜状态！审稿速度非常快，大多1-3个月就能接收，无任何预警风险！可选择传统订阅模式发表，无版面费。最重要的是，中稿率高达82%，简直可以闭眼投！宝子们赶紧拿出小本本记下来，硕博毕业就投它了~

今天，小云带来一篇近期发表在该杂志上的中药方向的文章。目前的中药热度不降反升，前不久出台的《国家自然科学基金“十四五”发展规划》中明确提出“加强中医药理论和技术的创新性研究””” “到2025年，完善基础研究成果向临床转化机制，实现若干重大疾病诊疗核心技术突破，取得传统中医药在疾病防治基础研究中的突破””，足以体现目前国家对中医药发展的重视，所以跟着大方向走就肯定不会错！

这篇文章利用网络药理学和机器学习相结合，筛选出清热活血方改善动脉粥样硬化的潜在治疗靶点，并结合动物实验进行了验证，增强实验结果的可靠性。最后利用分子对接，验证清热活血方与核心靶基因的相关性。网络药理学结合生信分析，再加一点简单动物实验，简单套路就能轻松复现一篇二区文章。心动的宝子速来call小云，一起get更多发文秘诀吧！

定制生信分析

云服务器租赁

(加微信备注99领取试用)

题目：通过生物信息学、机器学习和实验验证综合分析清热活血方治疗动脉粥样硬化作用机制

发表时间：2024年8月

研究背景

动脉粥样硬化（AS）引发冠心病、心肌梗死和脑卒中等多种心血管疾病。目前治疗策略主要集中在降脂和抗血小板治疗上。然而，依旧有五分之一的患者面临AS带来的健康和生命威胁。

临床研究表明清热活血方（QRHXF）可以显著改善动脉粥样硬化患者症状及预后，然而其具体的作用机制仍不明确。

研究思路

主要结果

网络药理学分析

通过检索TCMSP数据库、ETCM数据库和HERB数据库，获得321种有效成分。从SwissTargetPrediction和Batman TCM数据库检索有效靶点，汇总和去重复后共得到691个预测目标。从GeneCards数据库中检索到5178个AS相关靶点。将药物有效成分靶点与疾病靶点取交集，得到QRHXF作用于AS的靶点共计675个。

通过STRING数据库得到675个靶点之间的交互关系，根据网络拓扑分析确定了几个主要靶点包括COL1A1、CCR7、AKT1、IL-6、TNF、ALB、TP53、KLF4、SUMO1。

151个核心靶点与166种活性成分匹配，利用Cytoscape 3.7.1绘制活性成分与协同作用靶点之间的关系网络并进行分析。

此外，对151个基因进行了功能和通路分析。

GSE100927中分析DEGs和WGCNA

AS与正常样本的差异分析显示共有475个DEGs，在WGCNA分析中，洋红色模块与AS基因的正相关程度最高。

将DEGs和WGCNA关键基因去交集，获得16个共同基因，并对16个基因进行了功能富集分析。

对共同基因采用LASSO回归算法，结果显示COL1A1、CCR7、TNF、CD36、DPP4、SKY、 C3、APOE、BDNF、CXCR4等10个基因是QRHXF治疗AS的潜在候选基因。

QRHXF治疗可以调节APOE^-/- AS模型小鼠的脂质水平并稳定斑块

通过建立ApoE^-/-小鼠AS模型，观察清热活血方的抗AS作用。清热活血方能显著降低AS小鼠的斑块面积及血管内脂含量，并显著提高AS小鼠中胶原纤维含量。

图3 清热活血方显著改善AS小鼠脂代谢水平和斑块沉积

转录组学检测筛选出两个关键基因

为了进一步探索QRHXF治疗AS的潜在候选基因，我们以高脂饲料喂养APOE^-/-小鼠形成AS模型，并用QRHXF干预AS模型APOE^-/-小鼠。分别对对照组、模型组和QRHXF组小鼠主动脉进行转录组测序。对照组与模型组670个差异表达基因；模型组和给药组小鼠之间发现有2494个基因发生显著改变。通过进一步和LASSO回归分析结果取交集，筛选出两个关键基因COL1A1和CCR7。

单基因GSEA分析

为了进一步研究COL1A1和CCR7基因在AS中作用，对这两个基因进行单基因GSEA分析。结果显示，COL1A1和CCR7基因均显著调节“趋化因子信号通路”、“NOD样受体信号通路”、“细胞粘附分子”、“吞噬小体”、“溶酶体”、“T细胞受体信号通路”等（图5A-B）。

分子对接和PCR验证

分子对接结果显示，清热活血方中的11个活性成分与COL1A1/CCR7靶点能很好结合，从而进一步证实了清热活血方可显著改善AS。

从小鼠主动脉斑块组织中提取mRNA进行RT-qPCR实验，结果显示，模型组主动脉COL1A1表达水平显著高于对照组，QRHXF组主动脉COL1A1表达水平显著高于模型组。

文章小结

这是一篇典型的“生信+轻实验”文章，通过经典的筛选标志物的生信思路，筛选出关键靶点，再加上动物实验验证，简单易复现。小伙伴们抓住中医药的风口，快快行动起来吧！分析上的问题可以找小云，坐等各位光临！

定制生信分析

云服务器租赁

热点推荐

代码合集（点击查看）

http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAwNjE0MDY3MQ==&mid=2650807090&idx=1&sn=c9827e77178235d70139925b75648817

云生信学生物信息学

专注生信10余年，原创文章数千篇；公号资料免费领，寻求服务找小云；长期学习加关注，生信干货更不停。

这不就是你们一直在找的“ABCD”设计思路吗？国自然黑马“糖酵解”联合“m6A修饰+乙酰化”，王炸组合发文就是容易！慕了慕了~

浙江大学研究团队发文有高招！“单细胞+空转+巨噬细胞”这个“王牌套路” 学会，发它个10篇，普通青椒/医生晋升的路这不就通了吗！

这对热点“搭子”错过悔一年！搭配上机器学习+预后模型，一区SCI近在咫尺，临床医生们还在等啥？

孟德尔随机化就应该这样用，不仅更容易中还能发高分！

这泼天的富贵还是轮到网络毒理学了！西交大附属医院团队发大招：网毒+机器学习联手拿Q1，这波热度一定得蹭上！

样本量爆棚？分析深度加码？选对服务器，省心科研无忧！

不是吹牛，是真牛！1图发10分+JAMA子刊？！NHANES数据库解锁科研新玩法！临床人速来，0实验复现=躺赢！

江山代有才人出！本科生发Molecular Cancer（IF27.7）！一起观摩基于11,093例样本的多组学如何登上顶刊！

远离F刊，发文没烦恼！孟德尔随机化又一波梦幻联动登顶一区12.5分！MR+蛋白组学+代谢组学强势三重奏！

生信分析结果用qPCR或WB验证不出来，我该怎么办？

从临床到生信：医生们 “躺平式” 发文新打法，干湿结合的侧重点该如何把握？

不愧是顶流！乳酸化一登场，9分+轻松到手！无需测序，盛京医院团队仅凭单细胞公共数据+空间转录组+少量实验，顺利拿下一区Top！

Q1/IF 12.5，四川大学华西医院团队也太有实力了！研究受到多个基金支持，靠挖掘SEER数据库就能做到？

样本量爆棚？分析深度加码？选对服务器，省心科研无忧！

年底KPI神器，单细胞+巨噬细胞！新疆医科大学团队教你零成本高效发文，热点拉满，强势助攻！抓紧上车，轻松冲刺!

十投九中+纯生信友好=神刊！复旦肿瘤医院李大卫团队2区6分模板文，单细胞数据挖掘+乳酸化修饰，科研人错过血亏！

几乎不退稿的“毕业神刊”再上大分！山西医科大学：“国自然前三”的发文和中标利器“线粒体”+经典预后思路，2个月拿下纯生信好文！

赢麻了！高分文章“流量密码”！用别人的数据，发自己的文章！孟德尔随机化只会越来越火！

IF21.7，机器学习开挂了！传统分析模型OUT，新风险分层模型IN！2024年顶刊带你玩转数据分析，临床想发高分看这篇就够了！

万没想到，院士坐镇的1区也能水？录用率高达75%，要发得赶紧！附一篇浙大团队的范文，代谢组+机器学习，思路简单而有效！

这篇Nature Communications真的很适合临床人读！顶级非肿瘤纯生信数据库+机器学习+多组学，不愧是高分助推器

立即行动！租赁服务器，享受额外好礼

竟然还能这么用？网络药理学反其道而行拿下11+Top期刊！中国医学科学院肖然团队这篇干湿结合文，创新满满，同门都快馋哭了！

分子对接还能这样做？不要小瞧了分子对接与分子动力学模拟之间的羁绊!

IF12.5，50天接受？！SEER数据库真有这么神！华科协和团队用数据库玩出学术新高度，0实验思路，赶紧码住！

浙江大学研究团队发文有高招！“单细胞+空转+巨噬细胞”这个“王牌套路” 学会，发它个10篇，普通青椒/医生晋升的路这不就通了吗！

新鲜出炉的烫手SCI！瑞金医院毕宇芳&王卫庆&郑捷等团队：MR+Cox比例风险模型+前瞻性队列拿下11分cell子刊，含金量够

单细胞又发了NC！代码公开！中南大学湘雅医院团队最新力作：成纤维细胞出马，没有“空转”助力的单细胞也能发光发热！

这个思路能发7+，我做梦都不敢想！掌握西安交大团队的这篇单基因分析套路，你的第一篇SCI就到手了！

实验无趣？转生信！揭秘师弟如何租大容量天狼云服务器翻盘科研生

入门天花板！小白不容错过的无实验套路！温州医科大学团队“单细胞+单基因+WGCNA”香的嘞！宝藏思路全程高能别眨眼睛！！

IF:16.6震撼登场！重庆医科大学：孟德尔随机化数据库——DMRdb，专治不会MR的你！傻瓜式操作，分析不再求人！

生信分析结果用qPCR或WB验证不出来，我该怎么办？

代码公开！复旦大学冯建峰团队“高分收割机”，挖掘UKB数据库，基于机器学习的预后模型构建，这样做还怕发不了高分？

强者从不抱怨环境！郑大史长河团队结合UKBB+多基因风险评分+表型关联+双样本孟德尔随机化拿下1区！

IF：11.4！双1区顶刊中的“水刊”，巨好投！青岛农大张西峰团队：铁元素切入，多组学加持，4个月拿下！这波操作赢麻了！

实验无趣？转生信！揭秘师弟如何租大容量天狼云服务器翻盘科研生

临床医生首选科研福利！“铁死亡”果然威武！南方医科大学团队“机器学习+预后模型”，0实验搞定5分！本科生都能行！

“单基因研究”费钱？那是你还不懂生信套路！天津医大团队这波“单基因+单细胞”的操作绝了，省钱又省事！拓展一下就是一篇国自然！

分高不卷，这才是临床科研该有的样子！李兰娟院士团队都在用的NHANES数据库“老树开新花”~发文就是这么简单！

IF 16.7！高质量、综合GBD数据库炸裂登场！武大中南医院&湖北医科大襄阳医院携手，3图3表拿下高分，简直美滋滋~

论如何不错过明年国自然！中性粒细胞陷阱会带你突出重围！哈医大李永利团队“NETs +单细胞”干湿结合完爆9分+Q1牛刊！

卷出天际的免疫微环境如何杀出重围？“单基因”分析联合“多组学”教你一招制敌！

西湖大学这也太有钱！1000多个样本的蛋白质组测序构建中国EOC蛋白质组图谱，膜拜大佬！

赢麻了！高分文章“流量密码”！用别人的数据，发自己的文章！孟德尔随机化只会越来越火！

单细胞在此，恭迎各位天命人！单细胞分析遇上肿瘤转移直接“封神”，6分+纯生信模板思路这不就来了，拿去复现！

AI在诺奖上杀疯了，不出意外，这本AI、机器学习为主的12+神刊IF将大涨！北协和陈有信团队最近这篇深度学习+影像组学值得一学！

中山大学林华亮团队赢麻了！孟德尔随机化高分发文根本没有瓶颈，仅凭3图2表0实验，喜获10分+！

分类

时事

民生

政务

教育

文化

科技

财富

体娱

健康

情感

旅行

百科

职场

楼市

企业

乐活

学术

汽车

时尚

创业

美食

幽默

美体

文摘

原创标签

时事社会财经军事教育体育科技汽车科学房产搞笑综艺明星音乐动漫游戏时尚健康旅游美食生活摄影宠物职场育儿情感小说曲艺文化历史三农文学娱乐电影视频图片新闻宗教电视剧纪录片广告创意壁纸头像心灵鸡汤星座命理教育培训艺术文化金融财经健康医疗美妆时尚餐饮美食母婴育儿社会新闻工业农业时事政治星座占卜幽默笑话独立短篇连载作品文化历史科技互联网

发布位置

广东北京山东江苏河南浙江山西福建河北上海四川陕西湖南安徽湖北内蒙古江西云南广西甘肃辽宁黑龙江贵州新疆重庆吉林天津海南青海宁夏西藏香港澳门台湾美国加拿大澳大利亚日本新加坡英国西班牙新西兰韩国泰国法国德国意大利缅甸菲律宾马来西亚越南荷兰柬埔寨俄罗斯巴西智利卢森堡芬兰瑞典比利时瑞士土耳其斐济挪威朝鲜尼日利亚阿根廷匈牙利爱尔兰印度老挝葡萄牙乌克兰印度尼西亚哈萨克斯坦塔吉克斯坦希腊南非蒙古奥地利肯尼亚加纳丹麦津巴布韦埃及坦桑尼亚捷克阿联酋安哥拉