如何设计一款优秀的NK Engager药物?

文摘   2024-10-25 14:03  

前言:之前的一篇写了NK细胞结合器(NK Cell Engagers,NKCE)激活靶点的选择。靶点决定了NK细胞活化的强度、持久性及被激活的NK细胞亚群。(感兴趣的读者可以查看《下一代杀手锏,NK细胞结合器!》)
但NKCE在临床的最终目标是具有功能强效和生产使用方便,这两个方面都受到NKCE药物分子结构的影响。

以下,我们讨论在药物设计的角度,影响NKCE功能和生产的几个关键考量。

01

免疫突触

NK和肿瘤细胞间形成免疫突触(Immune synapse,IS)是NK清除肿瘤细胞的前提。NKCE进入体内后,可以接NK和靶细胞,促进IS的形成,随后通过受体结合,触发发NK细胞的激活,最终裂解肿瘤细胞。

突触间隙具有一定的空间限制,大多数生理性IS的突触距离约为10-30 nm。超过此大小的分子从无法进入突触间隙,那就更谈不上诱导IS的形成。
因此,NKCE的大小对于稳定IS形成至关重要。例如,与CD19比,CD20在细胞表面突出程度较低,在构建靶向CD19和CD20的NKCE时可能需不同设计,即使两种抗原均在相同B细胞上表达并均募集NK细胞。
单克隆抗体的直径约为10nm,非常适合IS的大小。然而,在NKCE设计中会添加多个功能片段,从而实现多特异性或多价,这不可避免地会增加药物分子的大小,因此在设计中需要综合考量分子大小的限制。
此外,在IS的形成的早期阶段,NK受体的高效聚集对于IS形成和NK活化至关重要。在设计上,增强抗体的化合价可以通过增加亲和力来潜在地改善靶标结合。
肿瘤细胞表面抗原的下调是免疫逃逸的机制,如MM细胞中BCMA的下调。脱落的BCMA成为可溶性抗原,甚至能与膜结合的BCMA竞争结合NKCE并降低其功效。

02

NKCE的分子设计

目前,NKCE的分子设计通常参考T细胞接合器(TCE),毕竟二者的底层逻辑一致,而且TCE在临床的使用更加成熟。
据分子结构,NKCE大致可分片段化和IgG型两大类。由于片段结构没有Fc,通常比IgG形式更小。

2.1片段分子设计
大多片段结构基于IgG的重链(H)和轻链(L)可变(V)区设计,并且通常不涉及抗体的恒定区。不同V区之间通过Linker链接(通常是VH和VL)形成scFv,并构建NKCE。

在片段分子设计中,如何保证片段NKCE分子正确的包装和折叠尤为重要。这中间,两个V区间的Linker决定配对的成功与否。
少于10个氨基酸的Linker通常不允许V区旋转和折叠,导致链间配对。研究表明,scFv的Linker应至少3.5nm,才能允许两个V区正确组装成scFv。
典型的Linker是柔性和亲水的,可最大限度减少胞内蛋白折叠过程中的结构干扰。在实践中,药物设计有几种Linker比较常用,如(G4S/G3S)n、218s或HMA。

其中(G4S)n最常用,因为它具有高柔韧性、低免疫原性以及丝氨酸残基可以增强溶解度的特点。此外,218s的蛋白水解稳定性更高,聚集减少,而HMA则表现出较低免疫原性。
除了Linker外,次级键(如,二硫键)对成功组装片段型NKCE也至关重要。在三体形式中,重链和轻链之间的二硫键促进了配对。此外,在结构域间引入二硫键有助于工程化IgG的结构稳定。
2.2改造的IgG形式

改造的IgG形式NKCE保留了Fc区,因此分在大小比片段形式要大。此类NKCE的典型工程方法包括改变IgG骨架的一个臂的特异性,或将抗原识别部分(scFv 或 Fab)添加到基础IgG的N端或C端。
根据修饰的位置,改造的IgG,可进一步细分为不对称和对称类型。

不对称IgG形式的NKCE在蛋白质折叠中面对更多挑战。主要是生产过程中的同源二聚化及轻重链错配。目前,已有多种技术来克服这些问题。
对称的IgG形式可轻松规避不对称IgG固有的链配对问题,从而可能降低生产成本。然而,对称IgG如果想实现多特异性时,它们的大小要比不对称形式大得多。
还有,抗原识别部分(Fab 或者scFv)的选择也会显著影响NKCEs的功能。尽管Fab在轻重链正确配对方面存在挑战,但它在功能上比scFv更有效。

2.3其他形式

纳米抗体,也称VHH,是NKCE构建中非常好用的一个结构模块。与scFv/Fab不同,纳米抗体仅使用重链即可实现特异性抗原结合。因此,纳米抗体可规避配对和折叠,使其成为NKCE设计的重要选择。
最近出现了一种称为Affibody的新型抗原识别分子其结构是大小约为7 kDa的三螺旋亚结构,这也是NKCE设计中的备选结构选择

03

影响NKCE功能的其他因素

除了分子机构设计对NKCE功能有直接影响外,在NKCE开发中还应考虑其他因素,如组织浸润、持久性,这些因素可显著影响NKCE的疗效。

目前大多临床前的NKCE都是片段化的结构,它们分子量较小(50-100 kDa),因此具有出色的组织浸润特性和极低的免疫原性。然而,由于肾脏清除和降解,这些小尺寸的NKCE通常缺乏体内持久性,需要频繁输注以维持有效的药物水平(复杂的给药步骤设计也是医生比较头疼的),这将增加治疗费用和患者的依从性。
因此,需要既定策略延长这些小尺寸NKCE的半衰期。这些方法也是药物设计中常用的办法。如与血清蛋白结合或融合(半衰期2-4周),或将它们与Fc偶联。将小尺寸NKCE连接到化学聚乙二醇(PEG)上,也可以延长半衰期。将片段结构的NKCE进行多聚化以增加其大小也是一种解决方案,如,AFM13是二聚化两个V结构域来构建的。
改造后的IgG形式NKCE通常具有更大分子量,常超150 kDa。虽然较大尺寸会给组织渗透带来挑战,但Fc区可以显着增强它们的半衰期。

此外,Fc区域可以募集除了NK细胞外的免疫胞,诱发ADCC、补体依赖性细胞毒性(CDC)和抗体依赖性细胞吞噬作用(ADCP)等机制,从而增加对肿瘤细胞的杀伤。

改造IgG的多特异性常用具有不同抗原特异性的识别区添加到IgG蛋白C 端或N端。这不可避免地增加了其分子大小,使组织渗透更具挑战性,并可能增强免疫原性。
因此,平衡多特异性、组织渗透性和低免疫原性对于开发改造IgG形式的 NKCE至关重要。

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NKCE的生产制造

NKCE的生产系统选择也是一个重要因素,它决定了NKCE的产量和下游工艺的复杂性和成本。
最常采用两种宿主系统:细菌系统和哺乳动物系统。细菌系统通常用于产生片段化的NKCE,如linked-scFv 型 NKCE。改造的IgG主要在哺乳动物细胞(如CHO细胞)中生产,因为需要翻译后加工才能成功链配对。

细菌系统的特点是廉价、快速和大批量生产,但生产的蛋白质通常需要重新折叠。带有NKCE基因的表达质粒被转化到大肠杆菌,当细菌培养物达到高密度时,诱导NKCE表达,并通过包涵体产生NKCE蛋白。从细菌系统收集原始NKCE蛋白通常需要1-2 天,然后又需要2-3天进行复性和纯化。

在哺乳动物细胞系统(如HEK 293T 或 CHO细胞)中表达 NKCE 可以绕过复性,因为这些细胞可以通过上清分泌功正确折叠的NKCE。
然而,哺乳动物细胞系统的产量通常低于细菌系统的产量。通常,哺乳动物细胞与编码轻链或重链的表达载体共转染或转导。培养约6天后,收集上清液纯化NKCEs,然后分析链大小和配对。

本文参考文献还有几家在开发 NKCE 的公司资料都已上传星球~

胖猫的生命科学札记
洞察生物医药前沿技术聚焦全球范围内的生物医药新技术、新靶点、新疗法重点分享生物医药BD、项目管理等实战经验
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