Loupe Browser是Visium HD数据探索的一大利器，空转的数据分析离不开病理区域注释和选择目标区域进行针对性的分析，本次推文就指导各位老师使用Loupe Browser在Visium HD数据中圈选目标区域并展开差异分析。
软件版本：Loupe Browser 8.0.0
数据类型：10x Visium HD
圈选目标区域主要依赖顶部工具栏的选择工具（图1），将鼠标切换到自由选择（Freehand selection）后，就可以在起点处使用鼠标左键点选不松手，沿着目标区域轮廓画线，到终点处松开鼠标左键，完成一个区域的选择。区域选择完成后，软件会自动跳出弹框让您给所选区域进行命名和分组。具体的操作见视频1。
图1
学会了如何圈选一个区域后，我们就要进阶了。
1. 圈选另一个区域加入同组同名的类中，就会将新的区域和旧的区域的细胞合在一起（ROI）。
2. 圈选另一个区域加入同组不同名的类中，就会将新的区域视为另一个类（ROI2）。
3. 点亮目标类后，通过橡皮擦和笔刷可以对点亮的目标类进行精细调整，去除或增加bins。
4. 当我们有多个区域，就可以对这些区域进行差异分析。
详见视频2
图2
视频2
差异分析的结果展现在下方面板，主要是差异分析结果表格和差异基因表达热图这两个结果，右侧的⚙️按钮可以切换各种观察维度来查看差异分析结果，如只看上调基因、过滤低表达的差异基因、查看基因表达水平等等。表格内支持切换排序和挑选感兴趣的基因加入Features板块进行该基因空间表达情况的查看。详见视频3。
图3
视频3
高级筛选（Advanced Selection）板块可以结合Clusters板块中的分类和指定基因表达水平进行多种组合的筛选，通过右侧的Save barcodes将目标bins保存到一个新的类。
图4
最后，如果想要保存当前的操作，记得一定要点保存哦。
图5
14种比对算法在哺乳动物全基因组亚硫酸氢盐测序DNA甲基化分析中的基准测试
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