在单细胞研究的浪潮中，细胞间的通讯分析一直是研究的热点和难点。目前基于单细胞数据的细胞通讯分析工具有很多，比如CellPhoneDB、Nichenet、CellChat等，其中CellChat由于丰富的分析结果和直观的图表展示，近几年非常受科学研究者的喜欢。CellChat不仅考虑了已知的配体受体复合物的组成，包括配体和受体的多聚复合物，还涵盖了可溶性激动剂、拮抗剂、共刺激和共抑制膜结合受体等多种辅助因子类型。
联川单细胞星云平台继CellphoneDB细胞互作，又推出了基于CellChat的细胞互作分析及调图工具。该分析有以下优势：
1.操作简便：一键分析数据集中来自不同样本分组的多个数据，并可以针对不同组进行两两差异比较；
2.分析内容丰富：一键分析几乎涵盖了CellChat所有的功能绘图；
3.详细的报告解释：CellChat包含的结果比较多，一键分析配套对应的分析报告，让您快速了解各部分分析图表的含义；
4.图形调整功能：可通过基于一键分析的结果随意调整感兴趣Source,Target细胞群及感兴趣的通路，以及颜色设置等多种图形的多种功能。
话不多说，让我们来看下该如何进行该部分的数据分析吧：
1.打开联川单细胞星云云平台（https://www.omicstudio.cn/cell），点击运行对应的数据条目；
2.找到CellChat分析页面；
3.在参数调整页面进行调整，可以根据需要上传细胞注释文件或者样本分组文件，其中细胞注释文件可以选择基于cluster的结果或者基于单个细胞ID的自定义上传。无论是自定义上传还是基于cluster的上传，都可以正常上传样本分组文件。CellChat一般建议一个样本或一组样本放在一起分析，不同组别的样本不建议直接放到一起分析。因此，对于有生物学重复的样本建议您上传对应的分组文件；
4.具体的参数调整，根据您上传的细胞类型及细胞分组信息，会自动更新相关的信息，您根据实际的需要进行分析及数据的筛选，如果有部分细胞类型不是您想分析的，您还可以点击【细胞筛选】进行筛选（该按钮仅仅用于筛选数据）。
5.以上设置完成后，点击“开始分析”按钮，会跳出下方的提醒，告知您任务已成功投递，您可以在空白区域关闭该页面，继续在星云中进行其他的数据挖掘。
数据分析完成后，您会收到对应的分析成功的邮件，您可以再次登录到联川单细胞星云，在【细胞通讯_CellChat】的结果下载页面进行相关数据的下载或者删除。您可以点击查看CellChat分析的示例报告：https://www.omicstudio.cn/doc/1451
由于CellChat可视化展示形式非常多样化，且可以根据研究目的切换不同的细胞类型或者通路进行图形的展示，因此我们同时上线了多功能化的图片调整功能。
1.细胞互作网络图
可以根据需要设置感兴趣的source/target细胞群，图中细胞类型展示的颜色，展示的大小，绘图标题，字体大小，图片宽高等多种参数，可以根据需要自由选择。
2.配受体可视化
配受体可视化，可以展示两种不同的绘图方式，气泡图或者弦图：
如果得到的配受体对比较多，您还可以根据需要进行绘图配受体对的筛选。筛选的方式也比较个性化，既可以基于指定通路进行筛选又可以基于具体的配受体对进行筛选。
3.信号通路可视化
信号通路可视化，可展示层次图，圈图，弦图，热图等多种形式，也可以自由设置感兴趣的source/target细胞群，细胞群的颜色等。
4.细胞通讯角色可视化
细胞通讯角色可视化热图，可以自由选择想展示的通路信息，热图的颜色，细胞展示的颜色，字体大小等多种功能。
5.细胞通讯模式可视化
细胞通讯模式可视化可以进行气泡图以及桑基图的绘制，可以根据需要选择通路，细胞颜色，字体等进行调整。
1.分组细胞互作网络图
不同组间细胞通讯网络可视化展示，相关的调整与单个组别网络图修改参数基本上一致，比较直观的将两组数据放在一起，方便比较。
2.相互作用比较可视化
该图片展示的是与对照组相比，处理组哪些细胞类型间的细胞通讯增加/减少，可以自由选择感兴趣的source/target细胞群，颜色，字体等。
3.细胞通讯角色比较
不同组别间细胞通讯角色热图，可以自由选择模式，颜色，通路等信息进行绘图调整。
4.配受体比较
配受体比较，可以自由设置感兴趣的source/target细胞群，筛选展示的配受体对，以及与对照组相比，处理组分别上调/下调的配受体对。
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