抗生素种类繁多，比较常用的有这么几类：β内酰胺类（常用的青霉素类、头孢类就属于这一类）；大环内酯类（比较常见的是红霉素、阿奇霉素等）；氨基糖苷类（链霉素、庆大霉素等）；喹诺酮类（诺氟沙星、左氧氟沙星等）。
抗生素的使用通常是依据感染的微生物种类来决定的，能否“镇压”微生物就取决于是否属于它的“管辖”范围，而这个抗菌谱与肠道菌群的失调直接相关。其中对革兰氏阴性杆菌作用较强的抗生素对菌群的影响较大。
抗生素对肠道菌群的扰乱程度还与使用的时间有关。实验证实，在不同的抗生素组中，使用抗生素7天时的5种益生菌数均低于使用3天时的数量，这说明长时间使用抗生素对肠道微生态的影响更大。而且每种抗生素引起肠道菌群紊乱后，菌群所需要的修复周期也各不相同。
抗生素对于肠道菌群的影响会因人群而异，那么不得不提的就是较为特殊的母婴人群。孕期或分娩期使用抗生素，会使其后代肠道菌群种类减少或改变。有研究表明，孕妇为预防产后B型链球菌感染服用抗生素，会对新生儿肠道菌群第一次定植产生影响，与正常新生儿相比，其双歧杆菌丰度明显减少，整体多样性下降。
对于儿童来说，由于肠道菌群尚未建立成熟，更容易出现肠道菌群紊乱，导致免疫力低下，影响生长发育。在生命早期使用抗生素，尤其是大环内酯类抗生素，会导致个体哮喘、肥胖以及代谢性疾病风险增加。
受抗生素的影响，肠道益生菌减少，以肠杆菌为代表的腐败菌出现代偿性增加。其中对双歧杆菌的影响最大，可能与抗生素对其形态产生影响有关，导致双歧杆菌生理功能的发挥，同时又因双歧杆菌是人体肠道菌群中数量最多、种类最多的一种菌群，因此双歧杆菌受抑制最为明显。
既然抗生素的使用无法避免，那么我们可以在使用抗生素尤其是口服抗生素时补充益生菌，助长有益菌“势力”，压制有害菌及中性菌的“气焰”，把对肠道菌群的伤害降到最低。
