【网药标准分析流程】
1.中药活性成分鉴定
基于口服生物利用度大于或等于30%，药物相似度大于或等于0.18等药代动力学特征，从TCMSP数据库（https://old.tcmsp-e.com/）中检索中药的活性化合物。
靶点收集来自Swiss target prediction（http://www.swisstargetprediction.ch/），设置筛选值Probability*＞0。
3.获取疾病靶点
与疾病相关的基因来自GeneCards数据库(https://www.genecards.org/)和OMIM数据库(https://www.omim.org/)。
通过基因Jvenn（https://jvenn.toulouse.inrae）工具绘制了化合物假定靶点和疾病靶点的交集（OGEs）。
所有OGEs导入STRING数据库(https://string-db.org)，构建蛋白质相互作用(protein-protein interaction，PPI)网络。
PPI网络导入Cytoscape软件使其可视化，然后利用CytoNCA插件分析初步的网络拓扑参数：Degree、紧密度(Closeness centrality，CC)和介度(Betweenness centrality，BC) 3个参数值。
GO的功能富集(包括生物过程(BP)、分子功能(MF)和细胞成分(CC))和KEGG途径的富集。检索结果的过滤阈值为p<0.05，计数按降序排列。
从PubChem（https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/）网站下载化合物的2D结构式。在PDB（https://www.Rcsb.org/）数据库中下载核心蛋白的蛋白结构，选择分辨率较高且复合原配体的结晶结构的PDB格式文件，并且PyMol软件去除水分子来优化受体蛋白的结构。采用AutoDock软件进行分子对接，导出结果使用PyMol软件得到对接结果的可视化，构建相互作用的模式。
