水刊无罪，OA有理，达到要求就是好刊！难得的纯生信友好1区期刊，单基因+单细胞巧妙组合，快速拯救需要论文的你。

学术 2024-10-09 10:00 上海

最近，小云在进行网上冲浪的时候注意到，有些人仍然将OA（Open Access）期刊和一些交了钱就能发表的低质量期刊画上等号。不可否认，前些年，大量掠夺性期刊以OA的名义大量发刊谋取巨额利益，导致OA类期刊的名声普遍下降，导致OA期刊成为垃圾期刊的代名词。但是，小云要强调的是，近些年，学术界对上述掠夺性期刊的打击下，OA期刊逐渐摆脱低质量期刊的帽子。此外，OA期刊由于阅读免费，相较于非OA期刊具有更高的浏览量和引用量，目前各大期刊社都在逐渐向OA期刊的模式转移，并伴随着出现了很多优秀的OA期刊，iScience期刊正是其中之一。

iScience 是Cell Press出版集团旗下的OA综合性科学期刊，影响因子4.8分，涵盖多个领域的跨学科研究，Cell Press一直致力于将其打造成成交叉科学的典范，因此，其投稿过程中的同行评审和审稿流程异常严格（有Cell Press坐镇，期刊质量是绝对有保证的）。有些人会觉得iScience是 “水刊”，因为它发文量确实大，据小云查到的资料，预计2024年发文量达到3500篇。此外，iScience期刊允许“一稿多投”，可以大幅缩短文章从投稿到发表的时间。总之，这本期刊质量高、发文量大、录用快三大优势，很适合硕博生毕业或急需论文的小伙伴去投稿。

今天，小云给大家带来的正是发表在该期刊上的一篇关于医学公共数据挖掘的文章。这篇文章思路简单清晰，从单细胞转录组入手，实现0成本发文。接下来，小塔带着大家一起来看这篇文章。小云提醒大家，不一定死磕经典期刊，换个期刊投稿，让文章的性价比更高，能更好地帮助大家顺利毕业或升职！如果有小伙伴时间紧，任务重，在数据挖掘和分析方面需要帮手，请尽管来找小云，轻松帮你省时省力，科研路漫漫，小云永同行！

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题目：探索 KIR3DL2 对肝细胞癌 NK 细胞的作用及其潜在的预后影响

杂志：iScience

影响因子：IF=4.6

发表时间：2024年8月

文章背景

肝细胞癌（HCC）具有极高复发率，肿瘤组织内的自然杀伤细胞（NK 细胞）是一种能够识别和杀死肿瘤细胞的免疫细胞，HCC复发与NK细胞在肿瘤微环境中的功能减弱密切相关。KIR3DL2是主要在 NK 细胞上表达的抑制性受体，它调控NK细胞活性，但其在HCC中的具体功能有待验证，尤其是其与HCC复发的关系仍是未知。

数据来源

数据集/队列	数据库	数据类型	详细信息
CNP0000650	CNGVdb	单细胞测序数据	包含从肝组织中提取的总共 16,498 个细胞的单细胞测序信息。
TCGA	TCGA	RNA-seq 数据	包含371 名 HCC 患者临床信息、随访结果和组织 RNA-seq 测序数据。
GSE144269 和 GSE45267	GEO	RNA-seq 数据	HCC 组织和匹配的邻近非肿瘤组织的 RNA-seq 结果。
ICGC	ICGC 数据库	RNA-seq 数据	215 例 HCC 患者的临床信息、随访结果和组织 RNA-seq 测序数据。

文章思路

本研究通过对HCC复发患者和未复发患者的HCC组织样本的单细胞转录组数据分析，比较不同患者的NK细胞基因表达模式及其在肝癌微环境中的功能，并探究KIR3DL2在NK细胞抗肿瘤功能中的调控作用，及其作为预后标志物的潜力。

主要结果

1.KIR3DL2在HCC患者肿瘤组织中显著下调

通过对原发性和复发性HCC患者的单细胞测序结果分析显示，两组之间的NK 细胞的比例还和数量没有显著差异（图1A、2B），进一步分析两组间NK 细胞中差异基因的表达，显示KIR3DL2在HCC复发患者肿瘤组织中的NK细胞表达显著降低（图1F）。这表明 KIR3DL2 表达下降与HCC复发风险增加密切相关。

图1 原发性和复发性 HCC 患者肿瘤微环境的单细胞测序数据

2. KIR3DL2 高表达 NK 细胞处于静息状态

进一步伪时间序列分析显示，KIR3DL2 高表达的 NK 细胞大多处于肿瘤组织内浸润 NK 细胞的早期分化阶段，且不具备典型活化 NK 细胞的功能（缺乏活化和功能标志物，如 IFNG 和 TNF），作者将其描述为“静息”或“储备”状态（图 2D，E），因此其抗肿瘤能力受限。

图2 KIR3DL2 高表达 NK 细胞的伪时间序列分析和NK 细胞分化阶段中不同标志物的示意图

3. SOX11与肿瘤免疫浸润和铁死亡的潜在关系

使用CellChat工具研究高表达 KIR3DL2 的 NK 细胞与组织微环境中其他免疫或肿瘤细胞的相互作用（图3）。KIR3DL2 高表达和低表达的 NK 细胞在细胞通信中表现出明显的差异，特别在 NCAM1 和 CX3C 信号通路中。低 KIR3DL2 表达的 NK 细胞与其他免疫细胞（如巨噬细胞和 T 细胞）间的通信显著增强，这可能与肿瘤微环境中的免疫调节有关（图 3）。

图3 KIR3DL2 高表达和低表达的 NK 细胞之间信号通路和细胞通讯的差异

4.KIR3DL2 低表达与HCC预后不良相关

TCGA 和ICGC数据库分析表明，KIR3DL2 表达水平低的 HCC 患者预后较差，复发率更高，复发生存率较低（图 4D）。KIR3DL2 在外周血 NK 细胞中的表达与肿瘤组织中的表达具有显著相关性，提示外周血中的 KIR3DL2 表达可能作为肿瘤复发的潜在预测标志物。

图4 .KIR3DL2 在 HCC 中的表达及其在决定 HCC 患者预后的临床意义

5. KIR3DL2 在 HCC 中的功能见解和免疫调节作用

通过相关性分析，确定 TCGA 和 ICGC 数据库中与 KIR3DL2 显著相关的基因，并对这些基因进行GO分析和KEGG分析，结果显示出与KIR3DL2 相关的生物过程（BP）都与 NK 细胞的功能密切相关。

文章小结

一直以来，转录组都是生信分析文章的“流量担当”，尤其是单细胞转录组和空间转录组这一对老搭档频繁出现在各种高分文章中。这篇文章以单细胞转录组为主，简单分析和预后就轻松拿下一区，不让其他小伙伴羡慕都难！在大数据面前，生信分析是打地基，为后续的实验验证指引方向，如果生信分析有问题，后续的实验验证可能跑偏，就会白白辜负苦干实验的自己，所以，正确生信分析才可以让你事半功倍！生信分析有瓶颈或不知道从何下手，请找小云，小云专注生信十余年，专业的事交给专业的人干！

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代码合集（点击查看）

文章索引：

Exploring the role of KIR3DL2 on NK cells in hepatocellular carcinoma and its potential prognostic implications（2024）

https://doi.org/10.1016/j.isci.2024.110637

http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAwNjE0MDY3MQ==&mid=2650806947&idx=2&sn=a279ad09b274269f3b877d1aa6091af8

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