国自然最佳拍档？必是又牛又水的“Apoptosis”期刊-6分+纯生信友好！还能蹭国自然热点，性价比直接拉满了!

学术 2024-10-03 19:00 安徽

走过路过不要错过,小云顺应各位小伙伴的要求,为大家推荐一些“又牛又水”的SCI期刊!

今天介绍的这个杂志大有来头,虽然算不上什么顶刊，但是6分+对毕业/评职称/报国科金也是够用了，毕竟该杂志生信友好,IF涨势喜人,接收纯生信、0实验的数据分析文章!简直是为生信人量身定制的一本期刊，还要什么自行车了。

《Apoptosis》是一本国际同行评议杂志，致力于快速发表创新的基础和临床导向的细胞程序性死亡研究, 目的是促进基于细胞凋亡机制的研究，以及它在各种人类疾病过程中的作用，包括癌症、自体免疫性疾病、病毒感染、艾滋病、心血管疾病、神经退行性疾病、骨质疏松症和衰老等多种疾病。

小云再提一下，细胞程序性死亡和国自然热点非常契合, 相关选题占据TOP级榜单。所以, 学学生信数据分析, 蹭蹭国自然热点, 再发一篇一篇6分+的纯生信文章，这研究基础和研究方向，不就信手拈来嘛~

1.量大:本文聚焦多个公开易获取的在线数据库,数据量大,数据公开免费,节约了经济成本;

2.方法多:经典组学分析手段,结合机器学习,药物敏感性及分子对接等生信分析方法,多方验证,证实了结果的可靠性;

3.临床意义强:本文的研究结果为YWHAE作为幽门螺杆菌感染和铁死亡相关基因在胃癌中的作用提供了新的见解，并扩展了对胃癌发生机制的理解。

ps：选题、分析、成稿、投稿甚至修回,每一步都能劝退无数的医学工作者,但是,别担心,你有了小云这个SCI达人之后,只要后台滴滴一声,小云马上闪现,为你提供最全最新的SCI信息~

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题目：通过多组学整合、分子对接和机器学习对幽门螺杆菌相关的铁死亡基因YWHAE在胃癌中的功能进行全面分析

杂志：Apoptosis

影响因子：IF=6.1

发表时间：2024年4月

研究背景

胃癌因其高发生率、高死亡率的特征已成为全球最常见的癌症相关死亡的常见疾病之一,预计到2040年，全球胃癌负担将增加62%。幽门螺杆菌 (H. pylori) 感染是胃癌的重要促成因素，约90%的胃癌病例可归因于这种细菌感染。尽管幽门螺杆菌的致癌作用已得到广泛认可，但其与胃癌相关的分子机制尚未完全阐明。

数据来源

数据库	数据类型
TIMER2.0 database	expression of YWHAE across 23 tumor tissues
GEO数据库	GSE134520
STRING database	protein–protein interactions (PPI)
GSCA web server	the genomic alterations of YWHAE in cancer
GDSC database	Drug sensitivity
PubChem database	molecular docking

研究思路

首先,对胃炎、幽门螺杆菌及铁死亡相关基因进行重叠,寻找共同基因,并分析了候选基因的差异表达;其次,对YWHAE基因从不同角度进行了泛癌分析,还利用外部数据进一步评估;此外,分析了YWHAE基因的药物敏感性及分子化合物的对接;最后,利用机器学习构建相关预后模型并进行验证。

图1 流程图

主要结果

1.YWHAE基因的鉴定

将幽门螺杆菌及胃炎的差异基因与铁死亡基因重叠以获得YWHAE基因（图2A）,并在胃炎和胃癌中进行了差异表达分析（图2B-C）。以上结果表明,YWHAE基因在胃癌中的表达高于正常组织。

图2 YWHAE基因的鉴定

2.YWHAE基因的泛癌分析

对YWHAE基因的mRNA表达、对生存的影响、甲基化、SNV和CNV进行了进一步分析（图3A-F）。综上结果表明,YWHAE基因在多种肿瘤中的表达。

图3 YWHAE基因的泛癌分析

3.YWHAE基因的单细胞RNA测序分析

随后,利用外部单细胞数据分析了YWHAE基因在不同细胞类型中的表达情况（图4A-D）。

这些发现表明，YWHAE基因在多种细胞类型中表达，其表达水平可能受到恶性程度和幽门螺杆菌感染等因素的影响。

图4 YWHAE的单细胞数据分析

4.YWHAE相关基因的功能富集分析

此外,识别出与YWHAE最密切相关的基因进行PPI可视化（图5A）,并探索了生物功能（图5B）。根据YWHAE在STAD中的中位表达水平将样本分为高低表达组,并寻找两组之间的差异表达基因进行了功能富集（图5C-E）及YWHAE基因与铁死亡之间的相关性分析（图5F）。以上结果表明,YWHAE基因高低表达与不同的信号通路相关联。

图5 YWHAE相关基因的功能分析

5.药物敏感性和分子对接

此外,评估了在高低表达组之间常用化疗药物的差异疗效（图6A-F）,并对临床相关药物与YWHAE进行了分子对接（图6G-K）。总之,以上结果表明,YWHAE相关基因对多种药物具有敏感性。

图6 药物敏感性及分子对接实验

文章小结

目前,国内外数据库如繁花似锦般涌现,关于如何获取相关资源,如何进行分析,在本篇文章中都有涉及!本文基于多个公开免费的组学数据库,利用时下最流行的组学分析手段及临床预后模型,结合TOP级国自然热点“铁死亡”,可谓是数据与创新两面开花!更重要的是,本文纯分析,0实验,且思路简单易复现,适合新手小白快速入门！如果你有选题困难、分析困难、成稿困难甚至期刊选择困难等问题,都可以后台滴滴小云,毕竟众人拾材火焰高,更何况在发表SCI这一块小云可是专业的呢~

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