在股权收购中，涉及的税务处理包括股权转让方（被收购方）和收购方的税务处理。被收购方的法人股权和个人股权适用不同的税收政策，收购方使用不同支付工具也会导致适用不同的税务处理。这些情况各自存在不同的难点和分歧。
一、股权收购的个人所得税分歧
对于个人股权，上市公司通常以非公开发行股份及部分支付现金方式收购，实务中产生诸多难点和分歧。
（一）收购方以股权支付时是否代扣代缴个人所得税？
《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》（国家税务总局公告2014 年第 67 号）（国家税务总局公告2014年第67号）第五条“个人股权转让所得个人所得税，以股权转让方为纳税人，以受让方为扣缴义务人。”是对个人股权转让扣缴义务的一般性规定。而根据《国家税务总局关于个人非货币性资产投资有关个人所得税征管问题的公告》（国家税务总局公告2015年第20号）第二条规定“非货币性资产个人所得税由纳税人向主管税务机关自行申报缴纳。”明确了非货币性资产个人所得税无须代扣代缴而由纳税人自行申报缴纳，这是因为在大多数非货币性资产投资业务中，个人并未取得现金支付，支付股权的一方无法代扣代缴。
（二）个人是否可以适用并购重组特殊税务处理？
从整个并购重组政策来看，均未将个人主体纳入其中。现行法规将个人以股权换取上市公司股份定性为非货币性资产投资，已无疑义。对2011年1月4日前非货币性资产投资历经暂不征收个所得税（见《关于房地产等非货币性资产评估增值征收个人所得税问题的批复》（国税函〔2005〕319号，于2011年1月4日废止）到现行《财政部 国家税务总局关于个人非货币资产投资有关个人所得税政策的通知》（财税〔2015〕41号）规定个人以非货币性资产投资属于个人转让非货币性资产和投资同时发生，对个人转让非货币资产的所得应按照“财产转让所得”项目计算缴纳个人所得税，同时《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》（国家税务总局公告2014 年第 67 号）亦规定“股权转让”包括“发行人首次公开发行新股时，被投资企业股东将其持有的股份以公开发行方式一并向投资者发售”和“以股权对外投资或进行其他非货币性交易”等情形，据此，个人以股权取得上市公司股份，属于个人的非货币性资产投资，应按财产转让所得缴纳个人所得税。
（三）个人是否可以在转让股票取得收入时再计算缴纳个人所得税？
个人转让股权时仅得到上市公司的股票支付而未得到现金支付或现金支付不足的情况下，如何缴纳税款？财税〔2015〕41号规定了个人于取得被投资公司股权时，确认非货币性资产转让收入的实现，个人应在次月15日内向主管税务机关申报纳税；一次性缴税有困难的，可合理确定分期缴纳计划，在不超过5个公历年度内分期缴纳个人所得税。对于个人取得现金补价的，现金部分应优先用于缴税，现金不足缴纳的部分，可分期缴纳。也即现金部分足够缴纳的，则不能分期缴纳。因此，个人所得税法对于个人股权转让实行按次征税，并给予了分期缴纳优惠政策，而不能等到出售股票时再计算缴纳前次交易的税收。
（四）五年分期内出售股票的收入无法覆盖税收如何办？
我国个人所得税法对财产转让所得实行按次征税，从取得股票之日个人所得税款即已计算确定，除可以对税金进行递延外，今后股票是否出售或出售收入多少，与本次交易税金无关，不得以投资损失而不纳税。若纳税人在五年分期内出售全部股票的收入无法覆盖税金，纳税人将面临巨额欠税。类似问题在上市并购重组实践中较为突出，上市公司收购时亦应关注而给予个人足够的现金补价使其得以缴纳税收。
（五）限售股转让经核定征收后税务机关可否要求重新申报缴纳？
根据《财政部 国家税务总局 证监会关于个人转让上市公司限售股所得征收个人所得税有关问题的通知》（财税〔2009〕167号）第三条“如果纳税人未能提供完整、真实的限售股原值凭证的，不能准确计算限售股原值的，主管税务机关一律按限售股转让收入的15%核定限售股原值及合理税费。”为快速推进限售股转让，很多转让方未向证券机构提供原值凭证而据此核定后扣缴。实践中有税务机关之后发现限售股原值远低于转让收入的15%，认为当初核定不符合征管法规定，从而要求纳税人按实际买入价重新申报缴纳个人所得税，进而发生重大争议。
我们认为，在已核定征收并缴纳税款情况下，税务机关不宜改变原征收方式：（1）税收公平原则。《财政部 国家税务总局关于证券机构技术和制度准备完成后个人转让上市公司限售股有关个人所得税问题的通知》（财税〔2011〕108号）第四条规定，新上市公司在申请办理股份初始登记时，确实无法提供有关成本原值资料和鉴证报告的，证券登记结算公司在完成股份初始登记后，将不再接受新上市公司申报有关成本原值资料和鉴证报告，并按规定以实际转让收入的15%核定限售股成本原值和合理税费。据此，核定后纳税人不能再申报有关成本原值资料，相应税务机关亦不能再要求纳税人重新申报有关成本原值资料。（2）行政效率原则。当纳税人未尽协力义务时，税务机关得以在证据相对不足的状态下运用核定征收方式，可相应减轻查明事实的义务，此时税收核定虽与实质课税产生落差，这是法理和法规所允许的，是税收法定原则对税收效率原则的妥协和让位。（3）信赖利益保护原则。核定征收为特殊方式，需经税务机关实质性审核批准，一经作出即具有公定力和拘束力。
二、股权收购的增值税分歧
非上市公司的股权转让不属于增值税征税范围。在并购重组中，常常涉及上市公司以定向增发股份的方式对其他公司进行股权收购，根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）关于金融商品转让的规定，被收购方取得的股票应纳增值税。
以新发行股份方式收购股权时，股权转让方的增值税计税基础为股权的卖出价和股票的买入价之间的增值。卖出价为股权作价，买入价为股票市场的收盘价。根据《国家税务总局关于营改增试点若干征管问题的公告》(国家税务总局2016年第53号公告)，买入价以上市公司因重大资产重组股票停牌前一交易日的收盘价为买人价；《国家税务总局关于国内旅客运输服务进项税抵扣等增值税征管问题的公告》(国家税务总局公告2019年第31号)规定，“股票停牌”是指中国证监会就上市公司重大资产重组申请作出予以核准决定前的最后一次停牌。当卖出价低于买入价时会形成金融商品转让负差不需要缴纳增值税，该负差在本纳税年度内可以冲减其他金融商品转让的正差。
三、股权收购的企业所得税分歧
当上市公司以定向增发股票的方式收购其他公司股权时，适用非货币性资产投资的政策还是特殊性税务处理政策？对被收购方来说，根据《财政部国家税务总局关于非货币性资产投资企业所得税政策问题的通知》(财税〔2014〕116号)第一条 “居民企业(以下简称企业)以非货币性资产对外投资确认的非货币性资产转让所得，可在不超过5年期限内分期均匀计入相应年度的应纳税所得额，按规定计算缴纳企业所得税。”和第五条“本通知所称非货币性资产投资，限于以非货币性资产出资设立新的居民企业，或将非货币性资产注入现存的居民企业。”的规定个人，被收购方以股权对上市公司增资并认购其新发行的股份，属于以非货币性资产对外投资行为，确认股权转让的非货币性资产转让所得，可以在不超过5年期限内，分期均匀计入相应年度的应纳税所得额，按规定计算缴纳企业所得税。对收购方来说，系以新增发的股票为支付工具进行的股权收购行为，可以选择适用股权收购的特殊性税务处理政策。财税〔2014〕116号第六条规定：”企业发生非货币性资产投资，符合《财政部 国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕59号）等文件规定的特殊性税务处理条件的，也可选择按特殊性税务处理规定执行。”根据一致性原则，双方的税务处理应保持一致，且一经选择双方均不得改变。
四、股权收购的土地增值税分歧
股权转让本不属于土地增值税的征税范围。但如果转让方的主要资产甚至唯一资产为房地产时，实践中存在少数税务机关将其定性为以股权转让名义转让房地产的税企分歧。
根据某上市公司公告所知，通过股权收购方式取得某公司100%股权从而拥有了该公司国有建设用地使用权和开发权，税务机关要求补缴土地增值税200余万元。另有深交所和上交所专门就以股权转让方式实际控制土地使用权的两家发行人提出了是否需要缴纳土地增值税的问询函。
以转让股权名义转让房地产行为征收土地增值税的税务处理最早来自于《国家税务总局关于以转让股权名义转让房地产行为征收土地增值税问题的批复》（国税函〔2000〕687号）“鉴于深圳市能源集团有限公司和深圳能源投资股份有限公司一次性共同转让深圳能源(钦州)实业有限公司100%的股权，且这些以股权形式表现的资产主要是土地使用权、地上建筑物及附着物，经研究，对此应按土地增值税的规定征税。”其后又有《国家税务总局关于土地增值税相关政策问题的批复》(国税函〔2009〕387号)和《国家税务总局关于天津泰达恒生转让土地使用权土地增值税征缴问题的批复》(国税函〔2011〕415号) 作出了类似的处理。
最高人民法院在相关判决中认为，不论上市公司购买全部股权的目的是为了土地使用权进行房地产开发或其他目的，对股权转让行为和房地产交易行为应分别课以不同的税收，当事人如何缴纳税款亦应由税务部门根据实际发生的行为作出相应认定，与合同效力无关。
我们认为，前述税务总局的批复系对特殊个案的批复，非普遍适用的规范性文件，税务机关不能以此作为征管依据。股权转让与房地产转让各成税种体系，有各自的政策和征管方式，股权转让并不会消除今后房地产转移将产生的土地增值税。根据税收法定原则，不能依据逻辑和推论来裁量适用现行税收法律、行政法规。
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