12月初的南京，笼罩在一片悲凉的气氛中，家住江宁镇的福建人郑慕岳一家也感受到了逐渐逼近的危险。在淞沪会战爆发之初的8、9月份，由于南京屡遭日机轰炸，便有几位同乡携家带口从南京城内逃至江宁，借住于郑家，尽管郑慕岳父亲做烟草生意小有积蓄，住着双层楼房，但40多人总归是太多了，大家挤在房院里，连过道都打了地铺。郑慕岳当时并未感到什么不好的预兆，反而觉得每天甚是热闹，不多久，这些同乡转道安徽、江西回到福建，家里又清静了。到了11月下旬，上海战事失利的消息已经传遍乡间，江宁镇内风声鹤唳，多数居民携家逃亡，郑家也不例外，12月1日，郑父雇得小木船一艘，带着全家八口迁往陆郎桥。
战前南京城的繁华地段
南京城内的公共防空壕
老百姓在逃离南京，南京国民政府也在赶着搬迁。10月29日，蒋介石召开国防最高会议并发表讲话，宣布，“为坚持长期抗战，国民政府将迁都重庆，以四川为抗敌大后方”。当然蒋介石并不是一时起意，8月初何应钦与刘湘已经分别向蒋提出迁都的设想，蒋也在私下里征询了一些国民党元老的意见，随着淞沪战局的急转直下，迁都一事随即被快速提上了日程。11月15日，国防最高会议决定迁都，11月16日国民政府下令各机关单位政府机构，以及国营工厂和大、中学校撤离南京，至11月26日国民政府主席林森率几个事务处的官员抵达重庆，算是完成了第一批迁都的工作。
国民党元老林森，1943年因事故去世
然而国民政府的搬迁过于匆忙，以至于各机关、工厂和学校都在这个过程中发生了不少损耗，更严重的是，这一举动加剧了南京城内及其周边地区的恐慌情绪，南京各大车站、码头人满为患，车船票甚至加价数倍都抢不到，而穷苦人家要么收拾细软向西跋涉，要么习如往常听天由命。而同时，每天又有大量从上海、苏州等地而来的难民涌入南京周边地区，直至11月末，情况才渐稳定，南京卫戍司令部参谋处课长谭道平则回忆称，“12月初，城内已异常寂静”。
没人能够预料到，即将到来的是怎样一番腥风血雨。
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守不守
正直迁都之际，应不应该守南京这个议题，又摆在了蒋介石面前。事实上，从军事上讲，这本不应该成为一个重要提议，因为至11月初在苏州河战败之后，中国军队在前方和后方均已没有富余的有生力量，守南京则必败无疑，徒增大量牺牲。自11月中旬，蒋介石多次在其官邸召开高级幕僚会议讨论此事，与会将领何应钦、白崇禧、徐永昌、刘斐等人均反对重兵固守南京而支持“象征性防守”，李宗仁、张群等人甚至提出划南京为“不设防城市”。而蒋介石对这些建议视而不见，好像在等待一个不一样的声音出现，此时唐生智适时的站出，力主死守南京，蒋也终于找到了内心的慰藉，在随后的一次会议上力挺唐的主张，并最终决定固守南京。
南京战役之后，对唐生智的批评纷至沓来，但从客观角度来说，决定守南京的始终是蒋介石，而唐生智只是蒋的一个传声筒。如果不是唐站出来，也许蒋还会在后续的会议再将主张死守的将领拉进来发表观点，所以从某种程度来说，尽管唐生智存有私心，他也是替蒋道出了内心的独白而已。
蒋所言之守南京，完全基于军事之外的考量，主要有对内及对外两点：
一、对内的考虑，与在战场上面对敌人的高级将领们不同，蒋介石面对的则是一干主和的文人团体。虽然淞沪抗战之初，主和之声被主战的意见压倒，但随着战局的不断恶化，与日本议和的建议又渐多起来，其中多有国民党元老的杂音，如汪精卫之流一直对抗战没有信心，而另一元老居正更是由主战派转为主和派，大谈求和签字一事，蒋对此深感不满，在日记中亦大骂“文人老朽”。此时如果弃守南京，无疑是对主和团体发出了一个“错误信号”。
二、对外的考虑，虽然国民政府在九国公约会议上一无所获，但蒋依然寄希望于苏联的态度，盖因11月初苏联曾传话于蒋，“在中国抗战到达生死关头之时，苏俄当出兵，绝不坐视”。然而到了12月5日，苏联方面的回电又称出兵与否要看九国公约签约国的态度，并在2个月后才会在会议上讨论，此时的蒋才感到自己的“一厢情愿”。但此时南京外围战事已经开始，蒋介石也只能硬着头皮向下属解释，“一个月之后，国际形势将大变”，并借以激励守军的决心。著名近代史研究者杨天石在其著作中提到，“对苏俄无望而又不能绝望，这正是蒋介石当时的无奈心理”。
正是基于以上种种的考虑，蒋介石决意守南京，但他对结果也心知肚明，11月26日，蒋在中山陵发出了这样的叹息，“南京城不能守，然不能不守，对上、对下、对国、对民无以为怀矣”，其内心之矛盾显而易见。
不管怎样，领袖的意志无法违抗，守南京的事情就这样定了下来，唐生智也顺理成章的成为南京卫戍总司令。
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中方统帅部的作战部署
11月中旬之时，在南京作防务准备的仅有88师、36师、教导总队，这些部队从上海后撤到达南京后尚未补充完毕，到了当月下旬，又有从国防线转移而来的74军、66军、83军等部队先后抵达南京，各部老兵很少，新兵训练也严重不足。12月2日第2军团徐源泉部也从汉口出发，12月4日其中1个旅到达下关，随即向龙潭方向急行军，同时，从江阴撤下来的103师和112师的大部向镇江开进，卫戍司令部计划以这两个师的残部顶替在镇江守备的87师，并将87师调回南京防守主阵地。
德械师已经不复淞沪战场初期之勇，但依然成为南京保卫战的核心力量
就这样，至12月初，南京防线上总算凑出了十几个师的部队，还有2个重炮营和10台轻型战车，但总兵力争议很大，如谭道平在《南京卫戍战史话》中依据相关统计记录守军总数仅为8.1万人，这个数据相比部分战报和回忆偏低；而原江苏社科院研究员孙宅巍在《民国史论丛》中则根据现存档案和部分当事人回忆综合得出守军兵力不低于11万人，另有4个师的兵力不明；战史研究者“xyh”根据《调集南京附近补充各师之补充团营一览表》、战斗详报及往来密电推测87师、88师、36师、教导总队和74军（辖51师和58师）均在南京得到了相当的补充，参战兵力基本为满员，这批骨干部队（前述5个师及教导总队）的总兵力就达7.5万人左右。
谭道平提供的南京守军兵力记录，部分研究者认为守军兵力应当在12万人以上
卫戍司令部的作战计划，是以88师、教导总队、36师、宪兵部队围绕南京主城形成环形核心防御区，以其他各部队分梯队防守龙潭、句容、淳化、湖熟、秣陵关、江宁等外围要点以及南京外郭，另以一部兵力策应镇江方面的作战。
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日军的南京作战部署
11月24日大本营正式废除对华中方面军作战境地的限制，更是在12月1日直接下令，进攻中国首都南京。12月2日，华中方面军司令松井石根不再兼任上海派遣军司令官，而由皇族朝香宫鸠彦王中将继任。
针对南京，日军整体部署为5路攻击力量：
一、以第16师团自句容向西，攻击紫金山及南京东侧城垣；
二、以第9师团自淳化向西北，攻击南京城东南角；
三、以第114师团自溧水向北，攻击雨花台及南京南侧城墙；
四、以第6师团紧贴第114师团左翼，并行攻击雨花台及南京城西南角；
五、以国崎支队（第5师团步兵第41联队为基干）绕行至长江上游渡江，包抄浦口；
此外，抽调第13师团、第3师团各约1个步兵联队的兵力，辅助上述部队作战，日本海军也派出部分舰艇包抄下关。
在华中的其他方向（南京保卫战范围之外），以第13师团一部渡江攻击江北的中国军队阵地；以天谷支队（第11师团步兵第12联队和步兵第22联队为基干）进攻镇江并渡河攻击扬州；以第18师团主力向芜湖扫荡前进，控制长江上游航道，其后伺机攻击杭州。
日军在淞沪-南京作战中的进攻路线图
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作战过程
南京保卫战12月4日-12月6日的战局示意图
句容方向
由于中国军队在锡澄线的快速后撤，使得在苏州-句容-汤水一线出现了一个相当大的真空区，卫戍司令部不得已又令部分部队向东派出搜索队，尝试占领前进阵地。原守汤水以南山地的66军160师向句容派出2个团的前卫队，而刚到达南京的41师一部正向龙潭-孟塘一线急进，而原向该地区前进的83军则转向丹阳-镇江方向。
12月5日，第16师团一部占领句容，以主力部队向汤水方向前进并与160师之478旅接触。但160师调回南京后还未来得及补充，战斗兵员仅有3000人，此时478旅所配之2团兵力可能仅有1000人左右，其两翼战线随即遭日军包抄，至12月6日已不能坚持，遂于当夜向北突围，守军在栗子村战斗中击伤了步兵第33联队的中队长日比野中尉，该中尉被后送至野战医院最终于12月11日死亡。
而第16师团之另一部则进入句容北方九华山谷地，而恰巧41师尚未赶到此处防线，给了日军可乘之机。在这一方向上参与攻击的步兵第9联队第2中队长赤尾大尉记述道，“即使中国军的兵力众多，也无法在这跨越数十里的战线上毫无漏洞的配置部队，于是日本军就力求在中国军布防的空隙迂回渗透。。。行军道路的两边耸立着小山丘，半山腰到处都有水泥构成的碉堡，但看不到中国军队。大概是日本军的进军速度太快，中国军还来不及调配到这些好不容易才构筑完成的阵地上吧”。至12月6日，该路日军大摇大摆的侵入孟塘-大胡山一线，已严重威胁汤水侧后，160师不得已拼凑出2个连的部队前往珠山-大胡山进行堵截。
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淳化镇方向
51师在11月末即到达淳化镇一线部署阵地，但该师发现淳化附近的国防工事各处之间距离过远，且机枪掩体大多隐蔽性较差，射击口过宽，因此改造阵地需工耗时极大，虽然日夜赶工，至12月初依然没有达到预期。而该师历经数月苦斗，精锐尽失，虽有数次补充，但新兵均自田间征集，战斗力很成问题。
第9师团主力自天王寺出发，经索墅镇向淳化方向攻击前进，12月5日其前锋步兵第36联队开始进攻淳化以东的阵地。尽管51师新兵很多，但均以极大的牺牲精神誓死守卫阵地，日军记录，“因敌军火力猛烈，我军伤亡不断，直到天黑仍难以前进”。至12月6日夜，步兵第36联队在付出了伤亡约100人的代价后才勉强攻入了守军的第一道防线。
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溧水方向
12月4日第114师团占领溧水，但其右翼步兵第128旅团在12月6日经湖熟镇向淳化以西的方山附近前进时，51师的1个警戒连借助地形与日军进行混战，导致该路日军前卫的1个步兵大队与主力失去了联系。随后步兵第128旅团主力在方山附近遭遇51师少量守军零星射击时，又因担心黑夜中与东侧的第9师团发生误伤而停止了前进。51师的迟滞部队趁夜色突围，全连大部伤亡，仅余20多人返回。
而114师团左翼步兵第127旅团则自溧水经曹村向秣陵关方向前进，在曹村附近，58师的警戒部队发现了一支日军的侦察队，正是步兵第102联队的中队长木村谨三所带领的军官斥候队。正当木村拿着双筒望远镜观察地形之时，中国狙击兵的一发子弹准确的击穿了他的颈部，这个日军中队长在还没有望见南京城的时候就一命呜呼了。
第6师团在接到进攻南京的指令后，随即以步兵第36旅团为基干编成牛岛支队，自广德经郎溪向溧水急行军，并于12月6日晚到达溧水。
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其他方向战斗（南京之外）
镇江
12月6日，天谷支队开始与镇江守军87师交战。
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太湖以西
第18师团开始自广德附近向宁国、芜湖方向攻击前进，3天内受到川军各部的奋力阻击，死伤约100人。
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自12月4日至12月6日，华中战场日军战死123人（含伤死36人），其中：
12月4日27人：第3师团战死3；第11师团战死4；第9师团战死2；第13师团战死2；第6师团战死6；第16师团战死1；第18师团战死4；第114师团战死1；国崎支队战死2；陆军其他部队战死1；海军战死1（江中）；
12月5日39人：第3师团战死1；第11师团战死2；第9师团战死1；第13师团战死1；第6师团战死3；第16师团战死2；第18师团战死20；第114师团战死1；陆军其他部队战死8；
12月6日57人：第3师团战死2；第11师团战死4；第101师团战死1；第9师团战死28（淳化镇）；第13师团战死1；第6师团战死1；第16师团战死5；第18师团战死6；第114师团战死1；国崎支队战死4；陆军其他部队战死4；
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截止12月6日，华中日军阵亡总计达到21157人。
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