| 前言 | 转录因子（TF）在基因表达调控和表型形成中起着重要作用。为了预测每个转录因子的调控靶标，研究人员采用了多种方法构建基因调控网络 gene-regulatory networks（GRN），例如酵母单杂交（Y1H）筛选和基因共表达网络（GCN）分析。 |
Ellison et al 在玉米中鉴定潜在的转录因子靶标，并利用反向遗传学方法测试了多个 GRN 的预测结果。
研究人员分离了 22 个玉米转录因子的功能缺失突变体。这些突变体没有表现出明显的形态学表型。然而，转录组分析发现每个突变体基因型中存在差异表达基因，靶向代谢谱分析表明某些突变体中酚类物质积累不同。
基于 Y1H 筛选预测的靶基因表达水平分析发现，一小部分预测靶标的表达水平发生改变。基于 GCN 的方法预测的靶标分析发现，某些转录因子的预测集存在显著富集，但大多数预测靶标的表达没有改变。这可能是由于 GCN 预测的假阳性结果、转录因子具有次要调控作用导致基因调控影响较小或其他转录因子对基因的冗余调控。
总的来说，这些发现表明，单个未表征转录因子的功能缺失可能对表型影响有限，但可以揭示出表达改变的 GRN 预测靶标子集。
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