这篇Nat Commun上的孟德尔随机化可一点都不水！PheWAS+MR+转录组解锁多疾病分析，重医附一院团队凭实力拿下14分+

学术 2024-10-06 19:00 安徽

前面小云提过，Nature Communications经常被戏谑为“顶刊中的水刊，水刊中的顶刊”，但并不是所有的文章都水，咱们可不能带着有色眼镜去看一篇文章，这样可能会遗漏掉一些高质量文章（ps：你认为做的比较好的文章也可以拿出来在我们的学术交流群中进行讨论学习，联系小云进群，多交流共进步~）

你看，这次遇上的就是一篇很不错的MR文章，作者在多维度研究科学问题，完全是凭实力拿下了NC，话说NC就该多收录一些这样的文章，质疑声音才会越来越少。唉~不说了，咱们投稿的作为乙方，只能尽力提高自己的文章质量，甲方爸爸的选择管不了啊，还是看文章吧：这篇文章由重庆医科大学附属第一医院陈爱军、胡金波团队发表，研究银屑病与部位特异性癌症的因果关系。

1. 选题新颖：文章选题为银屑病与89种癌症之间的关联，首先选题具有一定的临床意义，另外多疾病分析的研究热度较高，再加上是这么多种疾病的联合分析，选题非常新颖，创新性较高；

2. 联合分析，思路升级：文章包含PheWAS、多基因风险评分（PRS）分析、MR分析和基因注释，从观察性分析到遗传性分析的全面多维度设计，思路升级，创新加倍；

3. 大数据量加持：文章应用了GWAS 汇总数据、eQTL 分析数据、TCGA 数据和 GTEx 数据，数据量又大又全面。

这么多亮点的文章可真是凭自己的硬实力、高质量拿下的NC，不论是选题还是思路设计都非常值得大家学习参考，MR分析发展趋势肯定是做联合分析，这种思路可以先学起来了，你怎么看？有不同意见欢迎大家留言或来学术交流群里互动交流~想上车MR分析但自己没有创新性选题？小云在等你的召唤，咱有专业团队，实战经验丰富，精准推荐最适思路，争做您科研路上的助推器~

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题目：银屑病与恶性肿瘤风险之间关联的观察和遗传学研究

杂志：Nature Communications（IF=14.7）

发表日期：2024年9月

研究背景

银屑病是一种免疫系统介导的炎症性皮肤病，影响约 3% 的人口。据报道，癌症是银屑病患者的主要病因之一，但银屑病与部位特异性癌症风险之间的关联仍不清楚。

研究思路

该研究从UK Biobank中获取观察数据和遗传数据，从公共数据集中获得GWAS 汇总数据、eQTL 分析数据、TCGA 数据和 GTEx 数据。利用观察性PheWAS分析、PRS-PheWAS分析、单样本和双样本MR分析研究银屑病与部位特异性癌症的因果关系。对遗传分析中的SNP 进行基因注释，并对基因进行富集分析和表达分析以揭示潜在的分子相关性。

图1：研究设计图

主要结果

1. PheWAS分析

使用UKB数据库中的观察数据进行观察性 PheWAS分析，通过Cox 回归估计银屑病与新发部位特异性癌症之间关联。结果显示，银屑病与乳腺癌、NMSC、PMS、SLN 和间皮瘤的高风险显著相关（图 2A）。在男性中，银屑病与 NMSC 的相关性与总体人群保持一致，银屑病患者罹患肺癌、阴茎癌、肝癌、膀胱癌和口腔癌的风险明显更高（图 2B）。在女性患者中，乳腺癌的发病风险明显升高，银屑病患者罹患 OIDO、SLN 和肛管癌的风险更高（图 2C）。使用GWAS 汇总数据和UKB数据库的遗传数据进行PRS- PheWAS分析，通过 logistic 回归估计银屑病 PRS 与部位特异性癌症之间的关联。结果发现，银屑病 PRS 越高，患肺癌、乳腺癌、肾癌、SOS 和滤泡性非霍奇金淋巴瘤的风险越高（图 2D）。在男性中，银屑病 PRS 越高，患肺癌、肾癌和 SRD 的风险越高。在女性中，银屑病 PRS 越高，女性罹患乳腺癌的风险越高（图 2E、F）。

图2：PheWAS分析

2. 单样本MR分析

使用来自UKB数据库的基因型和表型数据进行单样本MR分析，利用Wald 比率方法来估计银屑病对部位特异性癌症的因果影响。结果发现，遗传预测的银屑病与肛管癌、肺癌、乳腺癌、肾癌、SOS和滤泡性非霍奇金淋巴瘤存在因果关系（表 3）。

表3：单样本MR 分析

3. 双样本MR分析

使用GWAS 汇总数据进行双样本MR分析，使用四种不同的方法（MR-Egger、加权中位数、IVW 和加权模式）来评估因果效应。结果发现，银屑病与乳腺癌和肺癌有因果关系（表 4）。多效性稳健方法（加权中位数和加权模式）显示的结果与IVW 方法的结果相似（表 4）。MR 多效性残差和和异常值（MR-PRESSO）方法未鉴定出异常值。

表4：双样本 MR分析

4. 银屑病与癌症之间关联分子的基因注释

使用gProfiler注释了PRS分析中包含的74个SNP并将其定位到50个基因上，对这50个基因进行GO和KEGG富集分析，GO富集分析显示，银屑病相关基因富集在“对 II 型干扰素的反应”、“免疫效应过程的调节”等途径（图3A）。KEGG分析显示，“IL-17 信号通路”、“NF-κ B 信号通路”等通路与银屑病有关（图3B）。顺式表达数量性状基因座（cis-eQTL）分析揭示了银屑病易感基因座与正常肺和乳腺组织中多个基因之间的关联，然后作者评估了这些 eQTL 相关基因在 TCGA 和 GTEx 中的基因表达。结果显示，与正常组织相比，肺癌中 ERAP1、ZFP57等基因的表达水平显著增加（图3C），乳腺癌中ERAP1、MICB等基因的表达水平显着升高（图3D）。

图3：银屑病相关遗传变异对肿瘤中基因生物学功能和表达模式的影响

小结

这篇高质量MR分析文章的选题和思路学会了吗？MR分析最重要的是选题，最好既能保证选题的创新性又从临床需求出发、贴近临床，再就是分析思路上升级，这个文章就是掌握这2点，所以就能凭硬实力发NC。MR分析只会越来越火，发文模式会越来越复杂，现在学会升级思路赶紧发一篇高分才是正解！想上车MR分析但不知如何分析？找不到创新选题？有需要随时call小云！专业团队为你保驾护航，1V1定制创新思路~

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