时光荏苒，2024年已落下帷幕。在这一年中，我们与众多合作伙伴共同努力，取得了显著的成果，合作客户的文章累计影响因子突破1000+。我们不仅在王牌产品——表观产品上取得了持续的突破，而且在单细胞、测序类以及其他产品领域也实现了全面的发展。本期，让我们一起回顾2024年的部分精选文章，并期待在2025年再创佳绩，续写辉煌篇章（点击案例标题，可跳转详细解读哦~）。![]()
研究物种：水稻
发表期刊：Science
合作单位：中国农科院作科所
爱基提供技术：ChIP-seq，RNA-seq
该研究报道了复粒稻多粒簇形成的机制，揭示了BRs在通过精确的分生组织过渡来协调穗分枝和粒数方面的开创性作用。其中，研究找到BR分解代谢基因油菜素内酯缺乏的DWARF3(BRD3)，还发现了一种支持这一功能的组织特异性BR通路，涉及BR信号抑制剂激酶GSK2，它可以磷酸化并稳定转录因子OsMADS1。随后，研究利用ChIP-seq和RNA-seq找到了OsMADS1的下游靶基因RCN2；进而确定了组织特异性的BR通路(BRD3-BR-GSK2-0sMADS1-RCN2)。
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该研究主要探讨了IRF1（干扰素调节因子1）在结构细胞中对基因毒性应激的响应机制，以及如何通过抑制IRF1来减轻辐射引起的炎症和细胞死亡。研究发现，IRF1在结构细胞中的表达高于免疫细胞，且其激活是由线粒体DNA（mtDNA）通过cGAS/STING信号通路触发的。此外，SSBP1作为IRF1的伴侣蛋白，抑制IRF1的修饰和核转运，从而影响辐射响应。文章还首次识别了两种小分子抑制剂，它们通过靶向IRF1的DNA结合域（DBD）有效减轻了辐射诱导的炎症和细胞死亡。这些发现揭示了IRF1在辐射诱导的炎症中的关键作用，并提出了通过抑制IRF1来治疗免疫紊乱，包括辐射损伤和感染性疾病的新策略。![]()
本研究首先是对Fe/P单独与共缺乏培养条件下蓝藻的生长及生理相关指标进行检测，提出问题：P缺乏对于Fe缺乏的条件下蓝藻的抑制生长有一定的恢复，但是机制不明。接下来检测到细胞内ROS发现，发现-Fe-P细胞的ROS含量比-Fe+P细胞低，进一步考虑验证是对O2-的抵抗，锁定sodB（Fe作为其蛋白结构因子）为关键调节因子。酵母单杂Y1H筛选sodB启动子互作相关蛋白为OmpR家族转录因子PhoB，进一步EMSA和ChIP-seq实验验证PhoB对sodB启动子结合和调控，且PhoB还调节参与铁选择性孔蛋白slr1908表达，以及趋化性和外毒素分泌的基因，从而构建Fe/P共限制情况下调控网络模型。
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本文揭示了在真菌中，特别是Fusarium graminearum中，A-to-I mRNA编辑机制及其调控和演化。研究发现，真菌特异性的异源二聚体脱氨酶FgTad2-FgTad3负责A-to-I mRNA编辑，并且这种编辑能力依赖于FgTad3与一个性阶段特异性蛋白Ame1的相互作用。该研究还鉴定了调控FgTad2-FgTad3表达和活性的替代启动子、替代翻译起始以及翻译后修饰，并证明了FgTad2-FgTad3-Ame1复合体能在酵母、细菌和人类细胞中高效编辑mRNA，对治疗和农业中碱基编辑器的发展具有重要意义。总体而言，这项研究揭示了真菌中RNA编辑的机制、调控和演化，强调了蛋白-蛋白相互作用在调节脱氨酶功能中的作用。项目文章 | 独脚金内酯通过抑制亚麻酸生物合成的DWARF53促进棉花纤维细胞伸长![]()
研究物种：棉花
发表期刊：Developmental Cell
合作单位：陕西师范大学
爱基提供技术：DAP-seq
本研究揭示了芸苔素（Strigolactone, SL）通过解除DWARF53（GhD53）对亚麻酸（linolenic acid, C18:3）生物合成途径中关键基因GhFAD3的抑制作用，促进棉花纤维细胞伸长的新机制。研究发现，GhD53作为转录抑制因子，通过与GhSLRF相互作用抑制GhFAD3基因的转录，而SL信号的激活能够促使GhD53降解，从而解除对GhFAD3的抑制，增强亚麻酸生物合成，进而促进棉花纤维的伸长。这一发现不仅阐明了SL信号在棉花纤维发育中的调控作用，也为通过遗传改良提高棉花纤维品质提供了潜在的策略。![]()
研究物种：小鼠
发表期刊：Cell Reports
合作单位：华中科技大学同济医学院生殖健康研究所
爱基提供技术：scRNA-seq，RIP-seq
本研究探讨了核不均一核糖核蛋白hnRNPU在小鼠精原干细胞（SSC）池建立中的关键作用。研究发现，hnRNPU在生殖细胞发育过程中表达丰富，缺失hnRNPU会导致精原细胞向精子发生转变的失败，从而引发SCOS（唯支持细胞综合征）。通过单细胞RNA测序，研究显示hnRNPU缺失的小鼠在精原细胞向精子发生转变过程中出现了显著的转录异常，影响了细胞周期相关基因的选择性剪接。这项研究揭示了hnRNPU在精原干细胞发育和SSC池建立中的关键作用，为理解男性生殖细胞发育和治疗男性不育提供了新的见解。一种分泌的真菌漆酶以受体激酶OsSRF3为靶点，抑制OsBAK1–OsSRF3介导的水稻免疫
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本文揭示了稻曲病菌（Ustilaginoidea virens）分泌的漆酶UgsL通过靶向水稻中的受体激酶OsSRF3，抑制OsBAK1-OsSRF3介导的免疫途径，从而抑制水稻的免疫反应。研究发现，UgsL与OsSRF3相互作用，促进OsSRF3通过泛素-26S蛋白酶途径的降解，进而抑制水稻的PTI反应，增强稻曲病菌对水稻的致病性。同时，OsSRF3在水稻对多种病原体的抗性中起着关键作用，其过表达能增强水稻的抗病性，而不影响水稻的生长和产量。研究结果为理解植物与病原体相互作用的分子机制提供了新见解，并为培育抗稻曲病的水稻品种提供了潜在的基因资源。项目文章 | Adv Sci武汉大学研究团队发现靶向STAMBPL1/TRIM21/AXL轴可降低间充质表型，增强抗肿瘤疗效
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研究物种：人类肾细胞癌细胞系
发表期刊：Advanced Science
合作单位：武汉大学人民医院
爱基提供技术：RNA-seq
本文研究了肾脏透明细胞癌（KIRC）中STAMBPL1/TRIM21/AXL轴的作用，发现STAMBPL1通过减少TRIM21介导的AXL的K63链接泛素化和随后的溶酶体降解来增加AXL蛋白的稳定性和表面积累，进而增强间充质基因表达并抑制免疫相关基因，如CXCL9/10和HLA/B/C。此外，STAMBPL1还能通过促进p65的核易位增强PD-L1的转录，沉默STAMBPL1可以增强PD-1阻断的抗肿瘤效果。研究还发现，STAMBPL1的沉默和酪氨酸激酶抑制剂（TKI）sunitinib在抑制KIRC方面表现出协同效应。因此，靶向STAMBPL1/TRIM21/AXL轴可能减少KIRC的间充质表型并增强癌症治疗的抗肿瘤效果。项目文章|EMBO J(IF=9.4):16S+代谢组解析肠道菌群代谢物改善高脂饮食诱导的胰岛素抵抗机制
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研究物种：果蝇和小鼠的肠道微生物
发表期刊：The EMBO Journal
合作单位：同济大学
爱基提供技术：16S
研究内容：
本文通过在果蝇和小鼠模型上的研究发现，高脂饮食引起的肠道菌群失调导致酪胺(TA)的产生增加，TA通过激活肠细胞中的cytoCa2+信号通路，进而激活CRTC-CREB转录复合体，这种信号级联不仅抑制了饮食脂质的消化和肠道脂肪生成，还促进了线粒体生物发生，最终减轻了HFD诱导的胰岛素抵抗。此外，研究还发现，TA的摄入能够改善小鼠的葡萄糖耐受性和胰岛素敏感性，表明TA可能成为治疗HFD相关代谢性疾病的潜在靶点。这些发现揭示了肠道微生物代谢产物与宿主代谢之间的复杂相互作用，并为开发新的代谢疾病治疗策略提供了科学依据。项目文章 | RNA-seq+WES-seq+机器学习，揭示DNAH5是结直肠癌的预后标志物
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研究物种：人
发表期刊：Biology Direct
合作单位：南昌大学第一附属医院
爱基提供技术：RNA-seq，WES-seq
本文提出了一种基于20个基因的机器学习模型，用于估算结直肠癌（CRC）患者的肿瘤突变负荷（TMB），并将其与患者的预后相关联。研究发现，这个模型不仅能够以高准确性预测TMB，而且与患者的无进展生存期（PFS）独立相关。特别是，DNAH5基因的突变与TMBhigh CRC患者的更有利预后相关，并与肿瘤新抗原水平和CD8+肿瘤浸润性淋巴细胞（TIL）密度强烈相关，表明这些患者可能有更强的免疫反应。该研究为CRC患者提供了一种成本效益高、精确的TMB估算方法，并有助于更精确的治疗规划。LUC项目文章|14-3-3蛋白BdGF14a增加了BdbZIP62的转录调控活性，从而在烟草中赋予了抗旱和抗盐能力
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研究物种：二穗短柄草
发表期刊：Plants
合作单位：河南科技学院
爱基提供技术：双荧光素酶检测（LUC）
该研究鉴定到一个二穗短柄草的BdGF14a基因，受到H2O2、盐和ABA的诱导；构建转基因烟草，发现其可以赋予烟草对干旱和盐碱的耐受性，表现为更高的存活率和更长的根系。然后，研究分析转基因烟草多个表型生理指标，并分析了ABA相关的基因表达情况。然后利用酵母单杂交确定了BdGF14a与NtABF2相互作用并调节与胁迫相关的基因表达。基于同源分析和前期研究，确定BdbZIP62为进一步研究对象，并构建其转基因烟草植株，分析其表型和生理指标。最后，研究利用Y1H和LUC实验，确定了BdGF14a能增强NtABF2和BdbZIP62的转录调控活性，通过结合ABRE顺式元件靶向NtNECD1。因此，BdGF14a通过与BdbZIP62相互作用，增强其通过ABA介导的信号传导途径的转录调控活性，从而赋予植物对干旱和盐碱的抗性。陆地棉和海岛棉对黄萎病感染响应的综合转录组学和代谢组学分析
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本文通过整合转录组和代谢组分析，研究了陆地棉（Gossypium hirsutum）和海岛棉（Gossypium barbadense）对黄萎病（Verticillium Wilt, VW）感染的响应。研究发现，与VW抗性相关的多个关键基因和代谢物，特别是谷胱甘肽代谢途径在棉花对VW感染的早期响应中可能起着重要作用。研究结果为筛选抗VW的关键基因和代谢物提供了丰富的信息，并为进一步研究植物防御VW感染的分子机制奠定了基础。展望2025年，爱基百客生物将继续在表观组学、单细胞时空组学及高通量测序领域深耕，以创新引领，拓展科研新疆界。愿新的一年，各位老师的研究如星辰璀璨，成果丰硕，共同开启生命科学的新篇章。
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