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文章标题：Clonal associations between lymphocyte subsets and functional states in rheumatoid arthritis synovium
中文标题：类风湿关节炎滑膜淋巴细胞亚群与功能状态之间的克隆关联
发表期刊：Nature Communications
发表时间：2024年6月
影响因子：14.7/Q1
类风湿性关节炎 （RA） 是一种涉及抗原特异性 T 细胞和 B 细胞的自身免疫性疾病。在这里，我们对 12 名血清阳性 RA 患者的配对滑膜组织和血液样本进行单细胞 RNA 和组库测序。
研究方法
我们通过 RA 和 SLE 的加速药物合作 （AMP） 网络招募患者，对患者血液样本分选B细胞和T细胞，使用 Chromium NextGEM Chip G （10X Genomics） 将从细胞分选收集的细胞封装到油滴中，使用 count 函数完成与参考基因组 （GRCh38） 的比对和计数，以生成每个样品的表达矩阵。再通过对单细胞进行BCR受体分析、混合效应建模等方法进行实验，揭示浸润 RA 患者滑膜的功能不同的淋巴细胞群之间的克隆关系。
结果分析
1. 滑膜组织和外周血淋巴细胞的单细胞分析
我们从 RA 个体收集滑膜组织 （n = 12） 和匹配的外周血 （n = 10），滑膜组织样本酶解为单细胞悬浮液，分离出CD45+ CD3+ T细胞和CD45+ CD19+ B细胞，进行单细胞测序。通过基因表达和蛋白质检测的平行检查，我们鉴定了几个表达 CD3E 和 IL7R 等标志物的 T 细胞群，以及一个包含表达 CD79A 和 MS4A1 （CD20） 的 B 细胞和浆细胞的簇。
2. 滑膜组织和血液中CD4+T细胞群的丰度差异
从滑膜组织和血液样本中获得的 35,301 个 CD4 + T 细胞的亚聚类确定了 14 个 CD4 + T 细胞亚群。与其他 CD4+ 簇相比，纯 Tph 亚群产生了更高的 TCR 信号传导和 T 细胞活化基因评分，表明该簇中的细胞被激活。
3. 跨组织类型的扩增 CD8 + T 细胞克隆因 GZMK 和 GZMB 表达模式而异
分离并亚聚集了滑膜组织和血液样本中存在的 CD8 + T 细胞，这揭示了在样本中可以找到的 9 个 CD8 + T 细胞群。通过 GZMK 和 GZMB 的表达模式进行区分，所有这些群体都与最近一项滑膜组织研究中发现的簇具有很强的对应性。
4. 滑膜中T细胞和B细胞通讯模式改变
鉴于 BCR 信号传导、B 细胞活化和对细胞因子的反应与滑膜分析中富集和克隆扩增的 B 细胞的关联，我们接下来试图系统地研究潜在的 T 细胞-B 细胞相互作用。我们使用CellChat工具构建了细胞间通信网络，分析了滑膜组织和血液样本中CD4+ T细胞亚群与B细胞之间的相互作用。
文章小结
T 细胞和 B 细胞的这些发现突出了细胞状态组成和克隆特征的改变，它们可能共同作用以维持 RA 中的炎症。我们的研究利用了一个横断面队列，该队列在高疾病活动度方面是一致的，但在治疗史、疾病持续时间和细胞型丰度表型 （CTAP） 方面存在异质性。有必要对更大的患者队列进行进一步研究，以将克隆特征（例如此处确定的特征）与患者分层联系起来，这可能有助于增加我们对疾病固有的细胞和分子异质性的了解。
