文章标题：Single-cell resolution of longitudinal blood transcriptome profiles in rheumatoid arthritis, systemic lupus erythematosus and healthy control pregnancies
中文标题：类风湿性关节炎、系统性红斑狼疮和健康对照妊娠纵向血液转录组谱的单细胞分辨率
发表期刊：Annals of The Rheumatic Diseases
发表时间：2024年2月
影响因子：20.3/Q1
风湿性关节炎 （RA） 和系统性红斑狼疮 （SLE） 是自身免疫性疾病，女性比男性更常见，常见于育龄期。尽管它们的临床表现不同，但 RA 和 SLE 在遗传上与主要风湿病关系最密切。
研究方法
总共分析了来自怀孕前、每个三个月、产后 6 周、6 个月和 12 个月的 84 例 RA、SLE 和健康对照的 335 份全血样本。我们结合了大量和单细胞 RNA 分析进行细胞类型估计，并通过流式细胞术验证，然后将其结合到细胞类型调整分析中，以提高与 RA 和 SLE 妊娠相关的未识别基因表达变化的分辨率。
结果分析
1. WB mRNA 分析揭示了三个不同的特征
我们从335 个 WB 样本中对总 RNA （RNA-seq） 进行了测序，结果显示超过 7800 个显著的 DEGs（BH 调整 p<0.05）。基因表达差异不能归因于药物或疾病活动差异的影响。
2. SLE 的表达水平
RA 和健康在总体上和任何给定时间点的评分相似 （p>0.05，Tukey 范围检验），而 SLE 在总体上和每个时间点都与其他两组不同 （p<0.05，Tukey 范围检验）。
3. 单细胞RNA测序和细胞丰富度分析
量化 RA 和 SLE 样本的每种细胞类型的细胞数量表明，RA 样本具有更多的 T 细胞，SLE 具有更多的髓系细胞，并且差异在怀孕期间增强。RA 具有高水平的经典单核细胞 （SC-M1） 和代谢活跃的幼稚辅助性 T 细胞 （SC-T1），这些细胞类型在怀孕期间和怀孕后 RA 和 SLE 之间也显示出相反的趋势。结合 scRNA-seq 和 WB mRNA-seq 数据可以估计所有 WB 样品中的细胞型丰度，WB 估计与相应样本中的 scRNA-seq 结果明显相关。
4. 细胞类型调整的差异表达基因
Adj-DEGs 分为六个单独的簇 （AdjG1-AdjG6），其表达模式与时间、疾病状态和妊娠相关。
文章小结
我们发现了不同的 RA 、 SLE 和妊娠特征，并且没有表达模式可归因于药物或疾病活动。RA 中的基因表达模式比 SLE 更接近健康对照，并且主要在细胞类型调整后变得明显。调整细胞丰度揭示了与细胞组成变化相关性较小的基因表达特征，并突出显示了与特殊细胞群变化相关的表达谱的基因。
