在扩增子研究（amplicon study）中，相对丰度和绝对丰度是两种常见的数据表示方式，它们在微生物群落分析、生态学研究等领域都有广泛应用。它们的应用场景和区别如下：
1. 相对丰度（Relative Abundance）
定义：相对丰度指的是某一物种或类别在总样本中所占的比例，通常以百分比或比例的形式表示。具体计算方法是该物种的序列数或丰度除以总序列数或总丰度。
应用场景：
2. 绝对丰度（Absolute Abundance）
定义：绝对丰度指的是某一物种或类别在样本中的真实数量，通常是某个物种的细胞数、DNA拷贝数或其他定量指标的实际值。
应用场景：
3. 相对丰度与绝对丰度的区别
4. otu表格的绝对丰度转换为相对丰度
otu表格的格式是每行是一个微生物，每列是一个样本，如下截图
相对丰度就是在这个样本中微生物的绝对丰度除以这个样本中所有微生物绝对丰度的和
用R语言的tidyverse包来实现，代码如下：
# 加载R包
library(tidyverse)# 读取绝对丰度表格（制表符分隔）
df <- read.table("EXAMPLE_otutab.txt",header = T,check.names = F,sep = "\t")head(df)
# 将第一列列名设置为"otuID"
names(df)[1] <- "otuID"# 将绝对丰度转换为相对丰度
new.df<-df %>%pivot_longer(!otuID) %>%group_by(name) %>%mutate(total=sum(value)) %>%mutate(relative_abun=value/total) %>%pivot_wider(id_cols=c("otuID"),names_from = name,values_from = relative_abun)head(new.df)
# 导出转换结果为制表符文件
write.table(new.df,"relative.txt",row.names = F,sep = "\t")扫描下方二维码或根据链接获取课程
链接：https://college.mimazi.net/course/article-71.html
