导师:一个森林图代码改1天,还发什么SCI?

文摘   2024-08-09 09:04   浙江  
森林图目前在相关文献中可以说是非常常见了,不只是亚组分析中,通的回归析结果也可以用森林图进行可视化展示,不仅可以帮助我们更好地理解不同变量间的一致性和差异性,新颖的图片还能为文章增色不少。

当下主流绘制森林图的方式还是R语言,其他也有使用GraphPad Prism或者excel,但就R语言而言,一行行的代码参数着实让人头大不仅需要一定的代码基础,想要画出好看的森林图,参数也要调上好久,效率着实是低了一些......


# 定义一个简单的主题,大家可以随意发挥自己的审美!tm <- forest_theme(base_size = 10,           # 设置基础字体大小                   refline_col = "red4",     # 设置参考线颜色为红色                   arrow_type = "closed",    # 设置箭头类型为闭合箭头                   footnote_col = "blue4")   # 设置脚注文字颜色为蓝色
# 绘制森林图p <- forest(result2[,c(1, 2, 9, 6)], # 选择要在森林图中使用的数据列,这里包括变量名列、患者数量列、绘图要用的空白列和HR(95%CI)列 est = result2$HR, # 效应值,也就是HR列 lower = result2$lower.95, # 置信区间下限 upper = result2$upper.95, # 置信区间上限 sizes = result2$se, # 黑框框的大小 ci_column = 3, # 在第3列(可信区间列)绘制森林图 ref_line = 1, # 添加参考线 arrow_lab = c("Low risk", "High Risk"), # 箭头标签,用来表示效应方向,如何设置取决于你的样本情况 xlim = c(-1, 10), # 设置x轴范围 ticks_at = c(-0.5, 1, 3, 5, 7), # 在指定位置添加刻度 theme = tm, # 添加自定义主题 footnote = "This is the demo data. Please feel free to change\nanything you want.") # 添加脚注信息p# 加列P值p <- forest(result2[,c(1, 2, 9, 6, 7)], # 加了P值列哟!选择要在森林图中使用的数据列,这里包括变量名列、患者数量列、绘图要用的空白列和HR(95%CI)列 est = result2$HR, # 效应值,也就是HR列 lower = result2$lower.95, # 置信区间下限 upper = result2$upper.95, # 置信区间上限 sizes = result2$se, # 黑框框的大小 ci_column = 3, # 在第3列(可信区间列)绘制森林图 ref_line = 1, # 添加参考线 arrow_lab = c("Low risk", "High Risk"), # 箭头标签,用来表示效应方向,如何设置取决于你的样本情况 xlim = c(-1, 10), # 设置x轴范围 ticks_at = c(-0.5, 1, 3, 5, 7), # 在指定位置添加刻度 theme = tm, # 添加自定义主题 footnote = "This is the demo data. Please feel free to change\nanything you want.") # 添加脚注信息p


因此,今天我们就来分享一个快速出图的小技巧——3步走,画出精美森林图!没有统计基础的科研小白也轻松画出发表级森林图!


NEJM:


01

数据导入

首先进入风暴统计平台,根据下方图片提示完成数据的整理与导入。(下面以logistic回归为例)

实操网址:www.medsta.cn

步骤1

1.进入风暴统计平台


风暴智能统计——logistic回归分析——logistic回归

步骤2

2.导入数据(这里使用示例数据)


数据导入——"打开我的数据"


数据集格式介绍

数据集格式介绍


请根据平台提示,进行数据整理,避免后续分析报错

左滑,查看更多内容


02

森林图绘制


单因素logistic回归森林图的绘制,只需要在下拉框中分别勾选回归类型因变量自变量


接着,结果框处就有我们的简易版单因素森林图啦!


如果需要多因素回归森林图,只需多操作一步,完成"模型自变量筛选设置"


03

森林图细节美化


可以看出我们默认情况下直接给出的森林图还比较简单,不如发表级图片精美,因此平台还有许多个性化设置,可以对森林图各个细节进行优化。


下面我们以单因素森林图操作为例,给大家简单介绍一下平台的美化设置!



1.调整森林图两侧显示的变量


原始状态下,森林图左侧仅显示OR(95%CI),右侧仅显示P值


通过自定义调整后,可以增加森林图显示的信息,以及改变左右侧展示的内容。




2.点估计与置信区间设置



我们的点估计提供了26种样式、置信区间提供了6种样式、参考线也有6种样式,均可以自由组合。



点估计置信区间参考线
样式一

样式二

样式三

样式四

样式五.......

3.坐标轴与标签设置


诸如坐标轴字号轴标签图宽图和文本间距x轴范围对齐方式是否显示底纹都比较好理解,这里着重和大家讲一下——x轴转换类型


如果我们的变量置信区间差别比较大,有的参考线非常长,有的非常短甚至看不出来,可以通过log转换,减小差异,使得图形的显示相对匀称美观,平台支持log转换,log2转换,log10转换。


转换前

log10转换后


以上就是logistic回归结果通过森林图进行可视化的基本教程啦!除此之外,目前线性回归、COX回归均已实现森林图功能!操作步骤都是一样的,快来试试吧~


风暴统计

www.zstats.cn


我们致力于让忙碌的医务人员或科研人员不擅长统计,也能轻松绘制发表级图表!

告别编码统计,让分析更简单!





logistic回归影响因素森林图:https://www.zstats.cn/software2/log4/
线性回归影响因素森林图:https://www.zstats.cn/software2/line1/

COX回归影响因素森林图:https://www.zstats.cn/software2/cox/



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我们是全国最大的线上医学统计平台,专注于医学生、医护工作者学术研究统计支持,让我们成为你们的统计助理!

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