当下主流绘制森林图的方式还是R语言,其他也有使用GraphPad Prism或者excel,但就R语言而言,一行行的代码参数着实让人头大,不仅需要一定的代码基础,想要画出好看的森林图,参数也要调上好久,效率着实是低了一些......
# 定义一个简单的主题,大家可以随意发挥自己的审美!
tm <- forest_theme(base_size = 10, # 设置基础字体大小
refline_col = "red4", # 设置参考线颜色为红色
arrow_type = "closed", # 设置箭头类型为闭合箭头
footnote_col = "blue4") # 设置脚注文字颜色为蓝色
# 绘制森林图
p <- forest(result2[,c(1, 2, 9, 6)], # 选择要在森林图中使用的数据列,这里包括变量名列、患者数量列、绘图要用的空白列和HR(95%CI)列
est = result2$HR, # 效应值,也就是HR列
lower = result2$lower.95, # 置信区间下限
upper = result2$upper.95, # 置信区间上限
sizes = result2$se, # 黑框框的大小
ci_column = 3, # 在第3列(可信区间列)绘制森林图
ref_line = 1, # 添加参考线
arrow_lab = c("Low risk", "High Risk"), # 箭头标签,用来表示效应方向,如何设置取决于你的样本情况
xlim = c(-1, 10), # 设置x轴范围
ticks_at = c(-0.5, 1, 3, 5, 7), # 在指定位置添加刻度
theme = tm, # 添加自定义主题
footnote = "This is the demo data. Please feel free to change\nanything you want.") # 添加脚注信息
p
# 加列P值
p <- forest(result2[,c(1, 2, 9, 6, 7)], # 加了P值列哟!选择要在森林图中使用的数据列,这里包括变量名列、患者数量列、绘图要用的空白列和HR(95%CI)列
est = result2$HR, # 效应值,也就是HR列
lower = result2$lower.95, # 置信区间下限
upper = result2$upper.95, # 置信区间上限
sizes = result2$se, # 黑框框的大小
ci_column = 3, # 在第3列(可信区间列)绘制森林图
ref_line = 1, # 添加参考线
arrow_lab = c("Low risk", "High Risk"), # 箭头标签,用来表示效应方向,如何设置取决于你的样本情况
xlim = c(-1, 10), # 设置x轴范围
ticks_at = c(-0.5, 1, 3, 5, 7), # 在指定位置添加刻度
theme = tm, # 添加自定义主题
footnote = "This is the demo data. Please feel free to change\nanything you want.") # 添加脚注信息
p
因此,今天我们就来分享一个快速出图的小技巧——3步走,画出精美森林图!没有统计基础的科研小白也轻松画出发表级森林图!
NEJM:
数据导入
实操网址:www.medsta.cn
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森林图绘制
森林图细节美化
可以看出我们默认情况下直接给出的森林图还比较简单,不如发表级图片精美,因此平台还有许多个性化设置,可以对森林图各个细节进行优化。
下面我们以单因素森林图操作为例,给大家简单介绍一下平台的美化设置!
1.调整森林图两侧显示的变量
原始状态下,森林图左侧仅显示OR(95%CI),右侧仅显示P值。
通过自定义调整后,可以增加森林图显示的信息,以及改变左右侧展示的内容。
2.点估计与置信区间设置
我们的点估计提供了26种样式、置信区间提供了6种样式、参考线也有6种样式,均可以自由组合。
点估计 | 置信区间 | 参考线 | |
样式一 | |||
样式二 | |||
样式三 | |||
样式四 | |||
样式五 | ....... |
3.坐标轴与标签设置
转换前 | log10转换后 |
风暴统计
www.zstats.cn
我们致力于让忙碌的医务人员或科研人员不擅长统计,也能轻松绘制发表级图表!
告别编码统计,让分析更简单!
logistic回归影响因素森林图:https://www.zstats.cn/software2/log4/
COX回归影响因素森林图:https://www.zstats.cn/software2/cox/
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