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哈喽大家好，小云又来了！随着国自然热点的新鲜出炉，作为经典方法的单细胞也被频繁提及！今天小云就在单细胞模块认真学习时，被一篇一区9分+的文章深深吸引，定睛一看，竟然只用时60天就录用发表，而且还0实验，果然是高分主流啊！这也让小云好奇，它到底使用什么招数征服的审稿人呢~
这篇文章是北京协和医学院团队发表的研究论文，该研究通过测序单细胞RNA-seq包括广泛的原发性和转移性病灶样本，以破译不同的转移异质性肿瘤微环境（TME），解码胰腺转移的缺氧和炎性TME，从而为肾细胞癌（RCC）患者胰腺转移的治疗提供了证据。
创新点来了，宝子们快抓紧记下来！
1. 本研究采用单细胞测序、机器学习等多种技术方法，对原发性RCC和mRCC中的TME组成和功能进行了全面分析，为临床研究提供了重要见解。这篇文章单细胞的挖掘思路及流程，新颖且细腻，堪称是“保姆级攻略”，能发表9分+也算是实至名归！宝子们只要学会此篇思路，再换个疾病模型，不就又复现一篇SCI嘛~
2. 本研究对酪氨酸激酶抑制剂（TKI）疗效的研究结果发现与临床结果一致，间接支持了该研究结果的可靠性。
PS：单细胞作为经典生信分析方法，2024依旧热度不减，这篇文章就是很好的例证！有想要单细胞测序并短期想发表SCI的小伙伴，可以滴滴小云，一起来头脑风暴！只要思路正确，高分文章定指日可待~
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题目：单细胞RNA-seq揭示了转移性肾细胞癌的异质性以及抗血管生成治疗对胰腺转移病灶的影响透明细胞肾细胞癌（ccRCC）是肾细胞癌（RCC）最常见的亚型，主要治疗方法依靠根治性肾切除术，但常常会出现患者预后不良等情况。而肾细胞癌胰腺转移（RCCpm）患者的预后相对较好，但其异质性肿瘤微环境（TME）机制不明。因此本研究旨在为转移TME的异质性提供线索支持。
本研究通过对RCCpm样本的单细胞RNA-seq结果分析RCCpmTME。然后结合其他原代RCC和RCC骨转移（RCCbm）样本，剖析mRCC TME的景观。并将基于机器学习的生成模型与癌症基因组图谱（TCGA）数据库和实验细胞系敏感性数据结合使用，预测RCCpm样本的药物反应。
本研究从北京协和医院（PUMCH）收集3份未进行术前治疗的患者RCCpm标本。该研究使用了STARsolo（版本2.7.10a）和人类基因组GRCh38，并使用Seurat'R 软件包（v4.3.0）进行合并分析。1. 原发性和转移性RCC样本分析：TME成分和功能的变化本研究通过监督方法对细胞群进行聚类并采用经典基因标记，鉴定出8种类型的细胞。结果显示T细胞和髓样细胞的比例较高，而上皮细胞和B细胞捕获少，这就也提示瘤内免疫环境活跃。此外在UMAP还原中单独分析样品并表现出相当大的异质性（图1D和E）。随后研究了mRCC是否具有不同的表达模式或细胞成分，结果显示与原代RCC相比，在RCCpm中发现了未融合的细胞簇，并且在RCCbm中也发现了另一个细胞簇。同时RCCbm样品中的细胞也少于来自其他位置的样品（图1E)。2. RCCpm TME 经历代谢重编程和生物合成变化为了分析RCCpm TME的细胞成分，作者首先据标记基因（图2A），在RCCpm样本中未发现胰腺星状细胞和内分泌细胞，这表明RCCpm TME与原发性胰腺癌相比表现出很大的异质性。并通过计算每种细胞类型的比例，发现上皮细胞最丰富，T细胞和巨噬细胞较多，但成纤维细胞很少。随后作者又进一步研究了RCCpm TME中细胞的核型，结果发现与原发性RCC、RCCbm和原发性胰腺癌相比，RCCpm TME 表现出明显的特征，包括氧相关代谢重编程、细胞粘附改变和活性蛋白合成。3. PAX8-myc信号在上皮细胞中上调，并导致缺氧和炎症TME为明确RCCpm肿瘤细胞中的分子机制并找到潜在的靶点策略，随后作者专注于研究TME中的上皮细胞和肿瘤细胞。结果发现RCC的标记基因NDUFA4L2在肿瘤细胞中被广泛表达，而几乎没有上皮细胞表达CFTR。因此确定RCCpm病变不同于胰腺组织和原发性胰腺癌。随后通过生物学功能或特定基因来鉴定上皮细胞簇，还分析了每个上皮簇中的DEGs，并证实肾癌中的myc信号通过CCND1、HNF1B和HIF2A通过关键介质PAX8相互作用和调节。此外还发现部分RCC细胞存在共表达PAX8和MYC。间接证明了PAX8-MYC通路在RCCpm中起关键作用。图3. RCCpm TME中上皮细胞和肿瘤细胞的异质性4. RCCpm TME显示主动免疫反应，内皮细胞是核心作者鉴定了免疫细胞的6种细胞类型（图4A和B），发现巨噬细胞等髓系细胞表达IL1B、CXCL2和CXCL12等高细胞因子，不仅激活先天免疫，还诱导T细胞活化。随后分析细胞间相互作用，发现内皮细胞被推断为TME中最活跃的成分，而CD8 T细胞和成纤维细胞分别是最活跃的进入和传出成分。 接下来该研究对这三个细胞簇进行分析，并鉴定出如巨噬细胞的APP-CD74信号等。这些结果表明了内皮细胞在RCCpm TME中起到关键作用。总之RCCpm TME展示出主动免疫反应，内皮细胞是主动与巨噬细胞和CD8 T细胞沟通的核心作用。图4. 分析RCCpm TME的活性细胞-细胞相互作用本研究使用基于机器学习的生成模型来生成具有相似表达模式的RCCpm批量RNA-seq数据。结果显示大多数酪氨酸激酶抑制剂对RCCpm样本有效，包括Sunitinib，上述指南推荐将其作为可选择的一线靶向治疗（图5)。这些结果都为内皮细胞在RCCpm TME中的关键作用提供了证据，并证实了异质性转移性RCC TME 导致不同的生物学特征、治疗反应。本研究为mRCC，尤其是RCCpm提供了重要的临床见解，并为肾细胞癌患者胰腺转移的治疗提供了证据，也为临床医生积极治疗这些罕见但有希望的疾病提供了证据。读完此篇，才发现依靠经典方法纯分析也能发表9分+，证明选题思路+分析方法依然是SCI的发文利器！因此苦于没有分析思路或者对单细胞创新分析了解不深入的宝子，可以随时抓紧来滴滴小云吧，这里绝对有你想要的~
