软件预测变异影响剪接该如何做功能验证?

科技   2024-10-31 07:14   上海  
您手中是否存有患者的基因突变但无法进行致病性评级,使您的诊断或研究暂停?
您是否考虑过该突变会影响基因mRNA的正常剪接,进而影响基因的功能?
您是否正在为无法或难于再次采集患者的样品进行RNA转录分析而苦恼?
您是否正在为突变基因在血液中无表达或表达过低而烦恼?
只需要患者基因突变信息minigene技术就能帮您解决上述问题!

一、minigene技术概述:

     mRNA前体的正确剪接是真核生物基因表达的关键步骤,剪接异常将会影响基因的表达量及其功能。minigene技术又称为mRNA异常剪接的体外验证实验,是针对突变位点是否影响mRNA剪接的细胞水平验证。

   通过克隆带有变异位点(适用于在剪切位点附近的内含子、外显子以及深度内含子中的点突变、插入及缺失等变异类型)的目标基因组片段,构建重组表达载体,转染细胞株,RNA抽提及cDNA反转,再利用电泳和测序技术验证该突变是否影响mRNA剪接(包括外显子缺失、内含子滞留等


几个数据:

·   15%~60%的突变都是通过影响mRNA剪接致病病人RNA检测和minigene实验结果的完全一致性达到88%.

·   minigene实验结果对于突变的致病性及是否影响剪接的提示作用几乎达到100%(Hellen M. 2015 Mol Genet Genomic Med)


二、项目优势及服务特点:

 由于此项实验确实存在阴性结果的可能性,即突变虽然预测影响mRNA剪接或位于经典剪切区域内,但确实没有影响该位点的剪切。

 因此我们:

(1)首先会根据突变的特点,结合多种生信预测的算法,帮助客户预测阳性结果(即突变会影响剪切)的可能性,并设计优化实验方案;

(2)会根据客户需求、疾病特点等因素,选取两种(或以上)不同的真核表达载体以及两种(或以上)不同组织来源的细胞系进行mRNA剪切验证,从而最大程度地保证实验结果的可靠性;

(3)全套自主研发的pcMINI-C/N系列载体,针对首/末内含子、超长内含子、超长外显子等各种复杂情况。


 三、minigene技术服务流程:

1针对基因结构和突变位置,进行生信分析,优化并制定实验方案

2取目的基因,构建minigene重组表达载体

(3细胞转染   

4RNA抽提及转录分析


 四、样品寄送要求:

 客户需提供:

1基因信息,突变信息或检测报告;

2含有突变位点的 gDNA样品(纯合、杂合均可,患者、携带者均可);

3正常 gDNA;低温寄送。


五、服务报告:

内容包括:

生物信息学预测报告,minigene构建策略示意图,重组载体鉴定结果,minigene剪接电泳图及测序结果,分析总结报告。

 

六、实验周期及收费:

 实验周期从收到DNA样本开始计算,一般5-8周左右完成。收费金额根据待检测minigene外显子和内含子的序列长度以及突变所在位置、载体数量和细胞种类数量等因素均有差异,具体价格请详询。


七、联系方式:

武汉百翼生物科技有限公司

湖北省武汉市高新大道666号光谷生物城B75

联系人:小秦  15527135357 微信同号


基因检测与解读
介绍基因检测新进展,探讨基因数据分析流程与方法,分享罕见病故事,科普基因知识,阴性报告重分析
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