Nat. Commun. | 错义变体半胱氨酸组的化学蛋白质基因组学分层
学术
2024-11-09 20:02
北京
大家好，今天分享一篇发表在Nature Communications上的文章，本文的通讯作者是来自UCLA化学与生物化学学院的Keriann M. Backus教授，她曾在Benjamin Cravatt教授实验室完成博后训练，目前她主要利用化学蛋白质组学方法开发探针用于操作人类免疫系统。在这篇文章中，作者研究了考虑错义突变的半胱氨酸组，进行了化学蛋白质组学、基因组学分析。人类基因组中约有500万个突变位点（占基因组0.1%），其中大多数已知的致病突变都存在于蛋白质编码序列。因此，研究突变是否被翻译、破译变异对蛋白质活性的影响是重要的。在本文中，作者主要研究了单氨基酸突变体，使用传统的化学蛋白质组学流程时，这些突变序列在搜库过程中存在挑战，因此，作者首先改进了MSFragger搜库的策略。简而言之，他们首先将数据进行正常的MSFragger搜库，剔除FDR<1%的结果。然后，使用计算机模拟产生的单氨基酸突变库进行搜库，得到含突变体信息的搜库结果。作者挖掘了体细胞突变数据库，找到了富含错义突变的细胞系，其中的典例是错配修复缺陷细胞系, 通过主要在 CpG 位点引起 C → T 突变。分析了11种细胞系的突变图谱，包括外显子和 RNA组。其中，半胱氨酸的功能获得突变是非常常见的。为了分析获得性半胱氨酸突变及半胱氨酸附近的突变，作者又更新了算法，即通过计算设计突变位点两侧30个氨基酸范围内所有单突变体组合，转化为FASTA库进行搜索，这种方法几乎囊括了所有蛋白质突变体，从而帮助获得高覆盖的半胱氨酸突变的化学蛋白质组学数据集。作者发现半胱氨酸附近存在较多的精氨酸缺失突变，这可能造成此前酶切产生的肽段过长或过短而导致鉴定失败。最后，作者选取了一些位点进行分析和验证。总之，这篇文章结合化学蛋白质组学、基因组学，对错义突变的半胱氨酸组进行了分析。原文链接：
https://www.nature.com/articles/s41467-024-53520-x文章引用：10.1038/s41467-024-53520-x
