教程 | 如何参与诺奖级的研究

学术   2024-10-30 20:01   北京  
——副标题:如何蹭一波热度

2024年诺贝尔化学奖授予蛋白质折叠与蛋白质设计的计算工作,如果你有兴趣利用自己有限的计算机资源体验一下诺奖级别的工作,请看下去。
Rosetta是David Baker实验室以及Rosetta社区多年来积累开发的专门进行蛋白建模的工具,可以折蛋白、写序列、做对接、做模拟、小分子、DNA、卤猪、卤鸭、酱鸡、腊肉……功能很强大,但是学习成本比较高,新东方不教。好在社区有人把它包装成了python包,还提供非常易用的教学文档(https://www.youtube.com/playlist?list=PLFavr8uo6kSqDB1cbXUDFZSooNk537teC)。
假如你有自己想算的东西,但没有足够的计算资源,也可以尝试Robetta服务,这是基于分布式科学计算平台Boinc的专做蛋白折叠任务的工具,现在也支持更新的RoseTTAFold。在上面提交蛋白序列和模板(如果有的话),就可以很快得到蛋白结构预测。
https://robetta.bakerlab.org/

假如你就是想看看别人在算啥,可以装一个Rosetta@Home。
https://boinc.bakerlab.org/rosetta/

它看起来就是个屏保,在你电脑闲置的时候,会帮助Robetta上或者BakerLab提任务的人做一次计算,收获一些功德的同时,可以看到模拟进行的过程。

假如你看着看着觉得若有所获甚至跃跃欲试,想亲手指点一下,就可以尝试Foldit。

https://fold.it/

它会提供教程给你讲解简单的物理规则,由你亲手操作鼠标让蛋白卷起来,当然你也可以参考别人的秘籍,目标是看谁最能卷。

最后来点真家伙,ColabFold是以最新的AlphaFold2为引擎的在线工具,可以直接帮助科学研究,见往期推送教程 | 结构预测新工具如何帮助研究

王初课题组
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