Inhibitors,
suppressors, and enhancers
Inhibitors, suppressors, and enhancers可以用I、Su和En作为前缀，如果它们是隐性的，则用i、su和en作为前缀，后跟受影响等位基因的符号。例如， Ph1位点被Aegilops speltoides的3S和7S染色体上的基因抑制，抑制等位基因分别被命名为Su1-Ph1和Su2-Ph1。
基因组的连锁群和共线区域
在小麦及其近缘种中，连锁群和相应的染色体用阿拉伯数字(1-7)表示，基因组用大写罗马字母表示，例如，对于含有A、B和D亚基因组的六倍体小麦，1A-7D。这个系统取代了原来使用罗马数字的名称，即I-XXI。中国春具有标准的染色体排列。染色体臂基于染色体内的相对臂长度分为S(短)或L(长)，。在臂长相等的情况下，根据其与同源群的其他染色体的短臂或长臂的同源性来指定S或L。当小麦染色体在图表中垂直表示时，惯例是短臂在上，长臂在下。
遗传公式
遗传公式可以写成分数的形式，母体等位基因在前面。每个分数对应一个单一的连锁基团。例如，与母本基因型杂交AA×aa衍生的杂合子的Aa或A/a首先写入。同样，由Vrn-A1和vrn-A1杂交而成的杂合植株可以写成Vrn-A1/vrn-A1。位点的连锁可以用下划线表示，即显性等位基因偶联时为AB/ ab，交换时为Ab/aB。
染色体畸变
染色体畸变应该用以下缩写来表示:Df(缺陷)、Dp(重复)、Inv(倒位)、T(易位)和Tp(转位)。在小麦中，有许多基因通过渐渗从亲缘种中衍生出来。一旦出现在能够与小麦染色体配对的染色体中，这些基因将被指定为小麦基因，这些基因在不同的情况下可能存在于不同的位置;一个位置可以作为标准，而其他位置可以认为是相对于指定的标准的转位，例如，当一个基因不在其标准染色体位置上时，新的染色体名称可以在基因名称后面的括号中给出;HP(Tp6D)可以指在染色体6D上携带渗入的“毛颈”(毛梗)基因的品系，而不是作为标准的染色体4B。或者，所涉及的染色体可以称为易位。
额外的-染色体单位
染色体外单位(线粒体、质体、叶绿体)的基因符号应该在基因名称前加上一个明显的定义符号，如Mt、Pt或Cp。
小麦及相关品种生化分子位点命名指南
生化命名应符合国际生化命名联合委员会(JCBN)的规则。由JCBN推荐的命名法定期发表在主要的国际生物化学期刊上，如《生物化学杂志》和《欧洲生物化学杂志》。此外，对于酶，可以参考酶命名法。酶和其他大分子既有正式名称，也有俗名。在出版物中首次提到大分子时，应给出正式名称，随后可以使用小名或缩写名。
克隆基因的基因命名
一个基因的基本符号应该由酶、蛋白质或其他受影响的大分子的普通名称的两个、三个或四个字母的缩写组成。名称应简要描述与基因产物的生化功能相关的主要特征。一个基因的所有字母都应该大写并斜体，如果是显性等位基因，那么等位基因的首字母应该是大写，如果是隐性等位基因，那么等位基因的首字母应该是小写。用基因座名称来指代克隆的基因是可以接受的。对应于等位基因蛋白质可以用大写非斜体表示(SR9a, AP1-A1a)。基因名称可以包括属和种前缀，当第一次引入或需要区分同一(同源)基因从多个物种(TaAP1-A1来自T. aestivum和TtAP1-A1来自T. turgidum)，但不需要继续引用同一基因。基因模型和转录异构体均应以斜体书写。已经根据植物/分子表型或序列变异命名的基因中的序列变异将分别称为等位基因或单倍型(参见“单倍型”和“等位基因”部分)（图1，表1）。
图1 一个已知表型的基因(VRN-A1)的例子，后来克隆(TaAP-A1)
表1 VRN-A1位点的基因命名法示例
与其他植物同源性鉴定的基因
同源性鉴定的基因(基于共享序列相似性/系统发育分析)，在小麦中没有已知的相关表型，应该采用来自原始物种的基因符号(图2)。小麦种名的两个字母前缀可以用来区分它与先前描述的来自其他物种的同源基因，但不是正式基因名称的一部分;名称可以在第一次引入时包含前缀，但不需要连续引用该基因。同样，我们建议，在可能的情况下，保留与原物种相同的基因数量，例如，拟南芥SEPALLATA1 (SEP1)基因的普通小麦(Triticum aestivum)同源物应指定为SEP1-1, SEP1-2等，而A, B和D基因组同源物应指定为SEP1- A1, SEP1- B1和SEP1- D1。当所使用的基因名称以数字结尾时(如SEP1)，并且该基因在小麦中有多个类似物时，则应将类似物号与基因名称用虚线隔开，例如SEP1-1和SEP1-2是拟南芥中SEP1的小麦同源物。在涉及来自多个物种的同一基因的出版物中，该基因可以引用其属和种前缀。这种基于同源性的分配应基于全面的分子系统发育，其中至少应包括相关序列的所有相关小麦和水稻基因。
图2 基于序列同源性的基因命名的例子
