系统学习单细胞多组学、空间转录组和机器学习单细胞分析应用线上会议11月30日开始

文摘   2024-11-25 08:00   北京  

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发表Nature、Science等杂志七十多篇论文的中科院老师来授课

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本班特色

1,本课程设置从零基础开始一步一步递进,掌握各种组学(RNA-seqChIP-seqATAC-seq等)bulk及单细胞分析技能

2,从生信零基础开始到单细胞基础和高阶课程,最后到空间转录组和单细胞机器学习应用逐步提高,

3,系统学学习,一次学到位,

4,连续一个月紧凑学习,精细化讲解 将单细胞内容全部学懂、学会、学透彻、学以致用,

5,了解单细胞测序基本概念及原理、测序分析的常用软件、测序数据的下载方法和研究思路、学会用R代码进行单细胞转录组分析并作图、熟悉CNS杂志单细胞转录组文章思路、熟悉零成本的单细胞相关课题设计思路、获得全套全自动化分析单细胞数据的流程脚本

6,空间基础处理、多样本联合分析、单细胞空间联合分析、空间转录组通讯分析、轨迹分析、富集分析、高级绘图、空间转录组绘图、空间转录组细胞聚类、细胞共定位、细胞网络等

7,机器学习单细胞分析应用

8,一次报班不用东拼西凑反复报名各类生信单细胞培训班。



主讲老师:  来自中科院,长期从事单细胞多组学方面的项目研究,发表Nature、Science等杂志七十多篇论文,累计引用上万次,目前承担国家科技部、国家自然基金委和重点研发计划等多项课题。


课程安排

第一节课 单细胞测序技术与应用

1.单细胞组学研究简介

2.单细胞转录组测序技术发展及其原理

3.单细胞转录组样本处理、建库及测序

4.单细胞组学在肿瘤、发育、免疫等科研领域的应用及研究思路

5.单细胞测序常用图表解读

第二节课:R语言入门及图形绘制

1.R语言简介及安装,RStudio的安装及使用说明

2.多种来源R包的安装及使用

3.R语言简单语法及常见命令

4.R语言数据处理及统计应用

5.R语言绘图实操:小提琴图,箱型图,火山图,热图,网络图,GOKEGG富集图

第三节课:单细胞转录组数据分析模块及思路

1.单细胞经典文献串讲熟悉单细胞分析内容和重点

2.单细胞高分文章分析思路解析(细胞群鉴定、拟时序分析、差异表达、功能富集、转录因子、细胞通讯等)

3.单细胞10大分析模块总结

4.单细胞组学分析常用数据库介绍及使用

5.自测和挖掘单细胞项目思路归纳总结

第四节课:Linux服务器使用及常规多分析实战

1.Linux命令入门讲解及实操训练

2.常规bulk分析软件及流程介绍

3.RNA-seq上游质控比对基因表达定量

4.ChIP-seq数据分析、peak calling及图形可视化

5.ATAC-seq数据分析及peak calling

第五节课:单细胞转录组数据分析实操

1.10X官方单细胞软件Cellranger讲解及实操

2.从基因表达矩阵开始到marker基因筛选全过程讲解及实操

3.通过Seurat质控基因和细胞

4.Seurat归一化处理、PCA降维、聚类、tSNEUMAP可视化

5.多种方法定义细胞类型

第六节课:单细胞转录组多样本整合及分析

1.DoubletFinder进行双细胞去除

2.重要参数个性化调整讲解

3.细胞亚分群分析

4.单细胞组间差异分析

5.通过Seurat harmony合并多样本及消除样本异质性

第七节课:多种功能富集及基因集打分方法实操

1.功能富集分析介绍及常用图形解析

2.通过R包进行GOKEGG功能富集

3.通过DAVIDmetascape等网站进行富集分析

4.GSEA软件及R包完成GSEA分析

5.通过GSVAAddModuleScoreAUCell等计算基因集得分

第八节课:多种拟时序分析方法介绍及实操

1.monocle拟时序分析细胞及基因选择、降维及细胞排序

2.monocle拟时序各种常用图形绘制

3.monocle拟时序差异表达基因鉴定及功能富集

4.RNA速率方法介绍及流程讲解

5.CytoTRACE进行拟时间分析

第九节课:细胞通讯及细胞代谢分析介绍及实操

1.Cellphonedb细胞通讯分析图形可视化

2.CellChat多数据集分析

3.CellChat各种图形可视化

4.NicheNet分析配体对下游基因调控

5.scMetabolism单细胞代谢分析



第十节课:转录调控网络及拷贝数变异分析

1.SCENIC转录因子分析方法介绍

2.SCENIC共表达网络推断motif分析

3.SCENIC细胞调控网络活性得分和可视化

4.hdWGCNA单细胞共表达网络分析

5.inferCNV推断染色体拷贝数变异


第十一节课:单细胞多组学分析思路和方法

1.单细胞各种组学技术介绍

2.单细胞常用联合组学解析

3.单细胞多组学整合分析方法

4.转录组+蛋白组联合分析

5.转录组+ATAC联合分析

第十二节课:空间转录组理论及分析内容

1.空间转录组技术发展历程和原理介绍

2.空间转录组技术在科研领域的应用

3.空间转录组CNS文章思路解析常见图解读

4.空间转录组技术在癌症、发育及神经科学等领域的研究内容及思路

5.空间转录组学分析模块及与单细胞数据整合分析思路

第十三节课:空间转录组分析及与单细胞联合分析实操

1.10x Visium官方分析软件Space Ranger讲解及实操

2.Space Ranger输出结果解读

3.通过Seurat软件进行降维、聚类和可视化

4.通过Seurat进行基因表达可视化空间变量特征识别

5.与单细胞数据关联分析(空间细胞类型定义)

第十四节课:空间转录组细胞通讯、轨迹、共定位及共表达分析

1.空间转录组细胞通讯分析

2.空间转录组打分及可视化

3.空间转录组空间轨迹分析

4.空间转录组共定位分析

5.空间转录组共表达分析


第十五节课: 机器学习基础理论及单细胞应用介绍

1.机器学习基本概念介绍

2.常用机器学习模型介绍

3.单细胞分析中的常见机器学习方法

4.降维聚类的机器学习算法

5.分群注释的机器学习算法

第十六节课:机器学习方法应用及单细胞空间多组学思路总结

1.机器学习方法进行细胞类型注释

2.机器学习方法Tangram预测空间转录组的基因表达

3.机器学习方法cell2location预测空间转录组的细胞类型

4.归纳总结零成本单细胞和空间转录组数据挖掘思路

5.单细胞及空间多组学基金申请思路、准备内容及注意事项等



学习相关问题

会议时间

11月30日开始 一个月时间

每个周六或 周日 全天

上午8:30-11:30

下午2:00-5:00


授课方式

腾讯会议线上直播


主办单位

玮瑜科研平台


承办单位

上海玮瑜生物科技有限公司

上海玮瑜信息科技有限公司


会议费用:

课程费用:单独报名6600/人

可开会务 、注册 技术服务 数据分析等发票


汇款账号

A:对公汇款:
户     名:上海玮瑜信息科技有限公司 
账 户 号:97340078801000000164
开 户 行:上海浦东发展银行大华支行 
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序号

近期会议名称

1

单细胞多组学分析空间转录组和单细胞机器学习

2

★文献计量论文写作发表学习班

3

多学科,多数据库,多种技术交叉联合孟德尔随机化高分sci训练营

4

★利用R语言挖掘TCGA GEO等公共数据库发文章

5

★多模态脑影像数据的处理与分析零基础实操学习班

6

★大师兄手把手一对一辅导论文写作

7

★一对一医学毕业论文辅导写作

8

★全多组学 代谢组学+肠道菌群+转录组+蛋白质组生信分析

9

机器学习在临床数据挖掘中的应用学习班

10

★国自然基金写作学习班

11

SCI论文插图机制模式图专题学习班

12

线粒体和细胞死亡课题思路介绍及热点方向分析

13

Chat-GPT结合万用模版英文论文写作法

14

★全程辅导影像组学应用与SCI论文写作

15

★全程辅导学Meta分析和网状Meta分析

16

SPSS+R语言临床预测模型实战

17

RNA甲基化修饰(m6A)研究思路及国自然课题设计

18

★肿瘤微环境和免疫治疗课题思路介绍及热点方向

19

随访资料生存分析处理方法

20

中药复方结合分子对接技术发高分文章

21

统计分析和图表处理

22

MIMIC数据库学习班

23

CRISPR/Cas9基因编辑技术专题学习班

24

利用现有的R语言代码和数据教您快速发表SCI文章




            诚邀师资合作       

     不用担心您的资历,我们做事只看能力

       也别担心您的能力,好不好市场说了算

      兼职工作 招生函里不公布老师个人信息

       您的朋友如感兴趣麻烦您给我介绍  谢谢


  您可以在科研领域选择您的专长与我合作

    如有意,请与我联系,谢谢

    联系人:谢老师

    联系电话:13611825136

         (微信17317557680)

 

合作方式:线下或线上课程皆可

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生信钱同学
北京大学在读博士生,记录自己的学习日常🌞分享生信知识:如单细胞和空间测序、多组学分析、宏基因组、病理组学、影像组学等生物信息学、机器学习和深度学习内容🌬
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