不设置🌟有时会收不到公众号内容，code一段时间后会失效,下载数据的工具我已经帮大家下好了，在文末
之前跟大家介绍了，我们开启了数据分析项目，目前主要针对上游分析（没有服务器，单细胞数据搞不定？我们目前做好了这些pipeline，可以帮你做）。
目前工数据非常丰度，其中一个比较关键的点就是怎么下载数据，今天给大家实战介绍下，怎么获取一篇文章测序的原始数据，又怎么一行命令下载它。
咱们以实际应用场景为例，就下这篇文章的数据。
这是一篇单细胞数据，我想挖掘他的公共数据
下面是文章阐述的数据存放的位置 Data availability，其实大部分文章都是在这个位置专门说明的
第一步，打开网址，然后检索
https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject
第二步，点那个SRA Experiments
第三步，点那个Send results to Run selector
第四步，点那个下载临床信息和 SRR list都很重要
刚刚下载的Metadata张这样
下载的 SRR list
现在开始装SRA ToolKit 这个软件，这个最好用，就是直接用上面的这个 SRR编号，让他自动下载。不会下载的，可以用我给大家下的。
后苔↩️：241216
##解压我提供的文件，自己提前找好解压的文件夹路径
tar -zxvf sratoolkit.3.1.1-ubuntu64.tar.gz
刚刚解压的文件夹下其实有一个 bin文件夹
export PATH=替换成自己的 bin的路径/bin:$PATH
prefetch
测试一下，基本上能用了，只不过目前还是临时路径，
(base) qian@zs1:~$ export PATH=/mnt/data/singlecell/Qian/mydata/software/NCBI_download/sra_tools/sratoolkit_311/bin:$PATH(base) qian@zs1:~$ prefetchUsage:prefetch [options] <SRA accession> [...]Download SRA files and their dependenciesprefetch [options] --perm <JWT cart file> <SRA accession> [...]Download SRA files and their dependencies from JWT cartprefetch [options] --cart <kart file>Download cart fileprefetch [options] <URL> --output-file <FILE>Download URL to FILEprefetch [options] <URL> [...] --output-directory <DIRECTORY>Download URL or URL-s to DIRECTORYprefetch [options] <SRA file> [...]Check SRA file for missed dependencies and download them(base) qian@zs1:~$ prefetch --versionprefetch : 3.1.1
我还想并行下载，所以确保有这个软件
(base) qian@zs1:~$ parallel --versionGNU parallel 20210822Copyright (C) 2007-2021 Ole Tange, http://ole.tange.dk and Free SoftwareFoundation, Inc.License GPLv3+: GNU GPL version 3 or later <https://gnu.org/licenses/gpl.html>This is free software: you are free to change and redistribute it.GNU parallel comes with no warranty.Web site: https://www.gnu.org/software/parallelWhen using programs that use GNU Parallel to process data for publicationplease cite as described in the manpage.
没有的话就装一下，👇
sudo apt install parallel
下载好后，来到你想存储的位置，cd /mnt/data/singlecell/Qian/mydata/software/NCBI_download/PRJNA1096305/
###准备好刚刚的那个文件，设置好路径，就可以直接下载就行，我看速度还可以，我设置了 10 个并行，并行数修改下面的数字就行（上面的所有操作都在为这一行命令做准备的）
cat ../SRR_Acc_List.txt | parallel --jobs 10 "fastq-dump --split-files --origfmt --gzip {}"
ll -h #查看下下载情况，直接自动下载乘.gz了,非常方便
不会下的我己经帮大家下好了，后苔回复↩️数字即可：241216
