最近一个月一直在跟华哥沟通课程安排,不断的精简课程,想尽量覆盖的多一些,把一些最新的文章内容也纳入进去。我们还考虑到大部分报名的都是学生,资金有限,但生信系列课程又是现在的热点,对自己的论文或科研帮助很大,又十分想学习。所以为了减轻大家资金上的负担,这次价格直接降低了一半多。
在这里统一解答一下很多小伙伴后台咨询的生信学习问题——生信该怎么学,要不要报班?
其实如果时间充裕的话,比如几个月的空窗期、还没开始正式的科研、没那么赶,确实也没必要报,网上资料那么多,慢慢啃嘛,也就是学起来吃力些,但肯定能学会,而且学的也不会差。报班的话,主要是有人指导,华哥这边是实在实包教包会,有什么不懂的,直接问就行,肯定你的问题都能够解决,这也是报班的好处,这期学不会,那跟着下期学,让你无限制学习,能减少学习周期,毕竟研究生最大的目标就是尽快多发文章。所以还是要看个人的情况和需求。
为什么要和华哥合作?因为我个人认为他是生信,单细胞,空间组学教学上做的top系统和细致的班,学习周期是1个月,很扎实。(当时我刚学生信的时候,就心动想报。但奈何我老师就是做生信的,我也就忍住了)
目前我与华哥生信教学团队达成了深度合作,为大家争取了最大的优hui,通过“生信钱同学”报名(微信:sx_qtx01),报名成功后我这边会给大家一些大额🧧福利和一些学习资料哈。
这次的课程安排也算是一个全面的技能普及了。
技能普及目标
2.系统学习多组学分析包括机器学习(临床预后模型)、转录组(RNAseq)、单细胞测序、表观遗传(Chipseq、ATACseq)、时空测序,一次学到位
3.将CNS文章数据分析内容全部学懂(理解)、学会(会敲代码分析)、学透彻(课题顶层设计和思路挖掘)、学以致用(用到标书申请和文章发表中)
每次都能看到学员报喜,确实都能学以致用,这点我比较佩服
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数据分析技能普及计划特色
3.授课方式采用线上线下相结合,同步进行。线上腾讯会议直播课,互动答疑。线下在南京,现场教学更踏实!
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下面是具体的内容,无论是报班
还是自学,其实按照这套体系去
学,你绝对能够应付你所有组
学数据处理的问题。
第一节:编程基础学习--R语言
1.R和Rstudio的安装、环境配置
2.R语言简单语法及常见命令
3.以Cell文章方法描述学习R包的安装及使用
第二节:编程基础知识---数据结构
1.向量、矩阵、数据框和列表的创建和索引
2.多种数据结构的合并【Cell】
3.自定义Function函数构建
第三节:以Nature文章源代码学习转录组数据表达矩阵处理基本处理
1.重复基因和缺失值的删除
2.不同分组样本的批量归类【Nature】
3.多个样本的表达矩阵合并
第四节:以Cell文章源代码学习生存曲线
1.临床预后信息的批量整理
2.创建生存对象、拟合曲线【Cell】
3.特定基因的筛选构建预后分组
第五节:差异分析 RNAseq数据分析
1.芯片数据上游分析【Cancer Discovery】
2.多个样本的数据归一化处理
3.分组矩阵系统讲解【Nature】
4.Deseq2分析流程【Science】
第六节:以多篇CNS文章源代码学习画图
1.ggplot体系画图包括热图
2.火山图 箱线图 小提琴图【Nature】
3.多分组显著性p值添加方法【Nat Med】
4.三维pca图展示差异特征【Science】
第七节:基因集富集分析
1.over representation
2.GSEA 富集 【Cancer Cell】
3.包括自定义基因集的富集分析
4.富集通路网络图【Nat Genet】
第八节:以Nature文章为例系统讲解单细胞转录组基本分析
1.单细胞在CNS文章思路解析及常见图形解读
2.数据质控、数据放缩、PCA降维、聚类
3.三维tSNE、UMAP可视化【Science】
第九节 :单细胞转录组拟时序分析
1.monocle拟时序分析 【Nature】
2.细胞排序,构造一棵生成树
3.基因随轨迹分析变化热图【Cell】
4.BEAM轨迹分支分析【Nature】
5.自测和挖掘单细胞项目思路归纳总结
第十节:空间转录组理论及分析内容
1.空间转录组技术发展历程和原理介绍
2.空间转录组CNS文章思路解析及常见图解读
3.10x Visium 基本分析流程【Cancer Cell】
第十一节课:高分辨空间转录组分析(空间技术现在非常热,能用到自己的课题会提不少分)
1.Xenium 空转数据分析【Nature】
2.Visium HD空转数据分析【Cell】
3.Stereo-seq “亚细胞级分辨率”测序介绍
4.空间测序多截面3D邻域重建【Nature】
第十二节课:机器学习基础理论(这次专门加的内容,之前的很多学员反馈想学习这个)
1.随机森林和支持向量机(SVM)
2.弹性网络回归算法Enet【Cell】
第十三节课:表观遗传研究
1.ChIP-seq、ATAC-seq在CNS文章中应用
2.ChIP-seq数据分析峰值可视化【Nature】
3.ATAC-seq数据peak注释【Cancer Cell】
第十四节:加权基因共表达网络分析 (WGCNA)算法系统讲解以nature文章为例
1.构建邻接矩阵和拓扑重叠矩阵
2.无尺度网络模型【Nature】
第十五节:免疫浸润计算
1.CIBERSORT反卷积算法,以TCGA数据为例
2.非监督共识聚类算法【Science】
3.转录因子富集【Cell Stem Cell】
第十六节:大数据分析在基金申请中应用
第十七节:实践课(课程总结,带领学员使用自测数据完成整体分析流程)
主讲老师
周六下午2:30--5:30、周日上午9:00--12:00、
周日晚上7:00--9:00
线上:腾讯会议线上直播