这次可不是只学单细胞,基本上从基础到多组学、空间、机器学习一条龙全打通了

文摘   2024-11-23 07:03   北京  

最近一个月一直在跟华哥沟通课程安排,不断的精简课程,想尽量覆盖的多一些,把一些最新的文章内容也纳入进去。我们还考虑到大部分报名的都是学生,资金有限,但生信系列课程又是现在的热点,对自己的论文或科研帮助很大,又十分想学习。所以为了减轻大家资金上的负担,这次价格直接降低了一半多

在这里统一解答一下很多小伙伴后台咨询的生信学习问题——生信该怎么学,要不要报班?

其实如果时间充裕的话,比如几个月的空窗期、还没开始正式的科研、没那么赶,确实也没必要报,网上资料那么多,慢慢啃嘛,也就是学起来吃力些,但肯定能学会,而且学的也不会差。报班的话,主要是有人指导,华哥这边是实在实包教包会,有什么不懂的,直接问就行,肯定你的问题都能够解决,这也是报班的好处,这期学不会,那跟着下期学,让你无限制学习能减少学习周期,毕竟研究生最大的目标就是尽快多发文章。所以还是要看个人的情况和需求。

为什么要和华哥合作?因为我个人认为他是生信,单细胞,空间组学教学上做的top系统和细致的班,学习周期是1个月,很扎实。(当时我刚学生信的时候,就心动想报。但奈何我老师就是做生信的,我也就忍住了)

目前我与华哥生信教学团队达成了深度合作,为大家争取了最大的优hui,通过“生信钱同学”报名(微信:sx_qtx01),报名成功后我这边会给大家一些大额🧧福利和一些学习资料哈


这次的课程安排也算是一个全面的技能普及了。

技能普及目标

1.带领生命科学领域的科研工作者从零基础学会代码编程,能够个性化分析多组学数据

2.系统学习多组学分析包括机器学习(临床预后模型)、转录组(RNAseq)、单细胞测序、表观遗传(Chipseq、ATACseq)、时空测序,一次学到位

3.将CNS文章数据分析内容全部学懂理解)、学会(会敲代码分析)、学透彻(课题顶层设计和思路挖掘)、学以致用(用到标书申请和文章发表中)

4.掌握生命科学领域多组学分析,在大数据分析技术的加持下做出更有价值的科研成果!

每次都能看到学员报喜,确实都能学以致用,这点我比较佩服

五年来华哥培训班的学员发表Cell、Nature、Science主刊文章7篇,子刊及一区文章累计超过90篇!部分学员成果展示如下:

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数据分析技能普及计划特色

1.一个月时间掌握基本的CNS文章数据分析
2.排除价格顾虑!费用为3880可开会务费 、培训费、数据分析费、测试费、测序技术服务费等发票

3.授课方式采用线上线下相结合,同步进行。线上腾讯会议直播课互动答疑线下在南京,现场教学更踏实

4.我经常分享的CNS源代码你看不懂?没事,我们这边又个特色就是按照CNS文章源代码讲解,以文章的fig为例进行代码演示和复现学习,个性化分析

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 下面是具体的内容,无论是报班

 还是自学,其实按照这套体系去

 学,你绝对能够应付你所有组 

 学数据处理的问题。

第一节:编程基础学习--R语言 

1.R和Rstudio的安装、环境配置

2.R语言简单语法及常见命令

3.以Cell文章方法描述学习R包的安装及使用

4.以Nature文章源代码学习重点函数基础代码

第二节:编程基础知识---数据结构

1.向量、矩阵、数据框和列表的创建和索引

2.多种数据结构的合并【Cell】

3.自定义Function函数构建

4.for循环、字符型数据的处理【Cell】

第三节:以Nature文章源代码学习转录组数据表达矩阵处理基本处理

1.重复基因和缺失值的删除

2.不同分组样本的批量归类【Nature】

3.多个样本的表达矩阵合并

4.芯片探针基因名字的转换【Nature】

第四节:以Cell文章源代码学习生存曲线

1.临床预后信息的批量整理

2.创建生存对象、拟合曲线【Cell】

3.特定基因的筛选构建预后分组

4.combat算法不同数据集的批次处理

第五节:差异分析 RNAseq数据分析

1.芯片数据上游分析【Cancer Discovery】

2.多个样本的数据归一化处理

3.分组矩阵系统讲解【Nature】

4.Deseq2分析流程【Science】

5.EdgeR差异分析系统讲解

第六节:以多篇CNS文章源代码学习画图

1.ggplot体系画图包括热图 

2.火山图 箱线图 小提琴图【Nature】

3.多分组显著性p值添加方法【Nat Med】

4.三维pca图展示差异特征【Science】

5.层次聚类算法区分不同样本特征

第七节:基因集富集分析 

1.over representation

2.GSEA 富集 【Cancer Cell】

3.包括自定义基因集的富集分析

4.富集通路网络图【Nat Genet】

5.蛋白互作网络构建【Nature】

第八节:以Nature文章为例系统讲解单细胞转录组基本分析

1.单细胞在CNS文章思路解析及常见图形解读

2.数据质控、数据放缩、PCA降维、聚类

3.三维tSNE、UMAP可视化【Science】

4.单细胞多组学分析思路和方法【Nature】

第九节 :单细胞转录组拟时序分析

1.monocle拟时序分析 【Nature】

2.细胞排序,构造一棵生成树

3.基因随轨迹分析变化热图【Cell】

4.BEAM轨迹分支分析【Nature】

5.自测和挖掘单细胞项目思路归纳总结

第十节:空间转录组理论及分析内容

1.空间转录组技术发展历程和原理介绍

2.空间转录组CNS文章思路解析及常见图解读

3.10x Visium 基本分析流程【Cancer Cell】

4.空间数据与单细胞整合分析思路

第十一节课:高分辨空间转录组分析(空间技术现在非常热,能用到自己的课题会提不少分

1.Xenium 空转数据分析【Nature】

2.Visium HD空转数据分析【Cell】

3.Stereo-seq “亚细胞级分辨率”测序介绍

4.空间测序多截面3D邻域重建【Nature】

第十二节课:机器学习基础理论(这次专门加的内容,之前的很多学员反馈想学习这个

1.随机森林和支持向量机(SVM)

2.弹性网络回归算法Enet【Cell】

3.广义提升回归模型(GBM)

第十三节课:表观遗传研究

1.ChIP-seq、ATAC-seq在CNS文章中应用

2.ChIP-seq数据分析峰值可视化【Nature】

3.ATAC-seq数据peak注释【Cancer Cell】

4.峰值在外显子、内含子、启动子的分布计算

第十四节:加权基因共表达网络分析 (WGCNA)算法系统讲解以nature文章为例 

1.构建邻接矩阵和拓扑重叠矩阵

2.无尺度网络模型【Nature】

3.共表达调控网络【Cell】

第十五节:免疫浸润计算

1.CIBERSORT反卷积算法,以TCGA数据为例

2.非监督共识聚类算法【Science】

3.转录因子富集【Cell Stem Cell】

4.Mfuzz、 BioNet调控网络构建

第十六节:大数据分析在基金申请中应用

第十七节:实践课(课程总结,带领学员使用自测数据完成整体分析流程

主讲老师


主讲老师华哥:中山大学博士,师从加州大学终身教授,一直钻研于单细胞多组学数据分析和机器学习算法研究,发表过多篇CNS子刊,参与过多项国自然重点、国家重大专项、孔雀计划等项目申报,在国内多家著名医院担任国自然标书指导老师,与多位院士团队和国外top实验室合作,指导过多篇CNS文章生信分析。

技能普及计划安排

会议时间:
11月24日-- 12月25日一个月时间彻底掌握CNS文章基本数据分析

周六下午2:30--5:30、周日上午9:00--12:00、

周日晚上7:00--9:00  

每周三节课,每节课三小时(时间全部在六日,不耽误工作日正常上班
授课方式线上线下结合,同步进行

线上:腾讯会议线上直播

线下:在南京举办线下(南京市江宁区融汇时代中心)
人数限制
为了保证技能普及计划质量和一对一指导服务,每一批只招五十人!
主办单位
华哥科研平台
承办单位
广州百奥信息科技有限公司
广州华哥信息科技有限公司
可以添加我的vx了解课程情况,生信钱同学”(微信:sx_qtx01),有时候加的人太多会加不上,到时候后台发消息就行

生信钱同学
北京大学在读博士生,记录自己的学习日常🌞分享生信知识:如单细胞和空间测序、多组学分析、宏基因组、病理组学、影像组学等生物信息学、机器学习和深度学习内容🌬
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