咱们做拟时序分析的时候总要先选择起始细胞，这个细胞群的选择一般是根据样本发育时间（有取样时间啥的），要么就是根据先验知识，一些 marker去确定。大部分都是选用一个 cluster作为起始细胞群。
今天看到这篇文章是根据表达某个基因最高的一个细胞，作为根细胞。可以学习下
这篇文章重点探讨了在肿瘤进展中的上皮-间充质转化过程对肿瘤细胞塑性和肿瘤异质性的重要性。研究结合了细胞系、胚胎神经嵴和小鼠模型，揭示了两种不同的EMT路径：一种类似胚胎发育中的侵袭路径，另一种类似成人组织中的炎症路径。
通过对乳腺癌细胞系和小鼠肾纤维化模型的研究，作者发现，这两种EMT程序具有可塑性和相互依赖性。具体而言，SNAIL1作为先导因子，驱动了两条EMT路径的激活；而PRRX1则推动了侵袭性EMT的进展。研究发现，当PRRX1被删除时，肿瘤细胞的转移能力大幅减弱，同时炎症反应增强，招募了更多抗肿瘤巨噬细胞。这一发现为肿瘤内部异质性提供了新见解，表明EMT不仅在推动肿瘤细胞的侵袭和转移中发挥作用，还在控制炎症过程中起着关键作用。
该研究为未来开发靶向EMT特定通路的抗肿瘤疗法提供了新的视角。例如，通过特异性抑制侵袭性EMT，可以避免肿瘤转移的发生，同时增强肿瘤的免疫反应。这一策略可能为抗肿瘤免疫疗法带来突破。
关键词：单细胞测序，生信分析，生物信息学
原文，引文
Youssef, K.K., Narwade, N., Arcas, A. et al. Two distinct epithelial-to-mesenchymal transition programs control invasion and inflammation in segregated tumor cell populations. Nat Cancer (2024).
