实用型绘图技巧分享——如何让热图的列聚类按照自己的想的顺序展示呢

library(pheatmap)library(ggplot2)roe <- readRDS("./roe.rds")# 1. 计算行间距（欧氏距离）row_distance = dist(roe, method = "euclidean")
# 2. 进行行聚类row_clustering = hclust(row_distance)
# 3. 自定义的列顺序（手动设定顺序）custom_col_order =c('Grade1','Grade2','Grade3','Grade4')  # 替换成你自己的列名
# 4. 转置数据表，用于列聚类roe_transposed = as.data.frame(t(roe))
# 5. 计算列间距（欧氏距离）col_distance = dist(roe_transposed)
# 6. 进行列聚类col_clustering = hclust(col_distance)
# 7. 使用自定义的列顺序调整列的显示顺序dendrogram = reorder(as.dendrogram(col_clustering), wts = order(match(custom_col_order, rownames(roe_transposed))))
# 8. 转换为层次聚类对象custom_col_cluster = as.hclust(dendrogram)
# 9. 绘制热图，使用自定义列聚类顺序p = pheatmap(roe,              display_numbers = TRUE,  # 显示单元格中的数值             number_color = "black",  # 设置数值的字体颜色为黑色             border_color = "white", # 设置单元格边框的颜色为白色             treeheight_row = 15,     # 设置行聚类树的高度（默认为50，设置为15使得树状图更紧凑）             treeheight_col = 15,     # 设置列聚类树的高度（默认为50，设置为15使得树状图更紧凑）             cluster_row = TRUE,      # 对行进行聚类，设置为TRUE启用行聚类             cellwidth = 25,          # 设置单元格的宽度（默认为30，调整为25使得图形更紧凑）             cellheight = 25,         # 设置单元格的高度（默认为30，调整为25使得图形更紧凑）             cluster_cols = col_cluster,  # 设置列的聚类结构，使用事先定义的col_cluster变量             # cluster_col = TRUE,    # 这行参数是注释掉的，因其与cluster_cols冲突。可以使用cluster_cols代替             color = colorRampPalette(c('#EEEEEE', 'lightblue', 'darkblue'))(50)  # 设置热图的颜色渐变范围)
pggsave("./Roe.pdf",p,width = 4,height = 7)

#install.packages('RColorBrewer')library(RColorBrewer)# 自定义颜色渐变color_palette <- colorRampPalette(c("#f8e7d3", "#fcaf72", "#cd782d", "firebrick3"))(3)  # 使用 `colorRampPalette` 定义一个从浅色 (#f8e7d3) 到红色调 (#fcaf72, #cd782d, firebrick3) 的颜色渐变# 参数 `3` 表示将此颜色渐变分为 3 个不同的颜色级别
# 初始化符号矩阵roe_symbols <- matrix("±", nrow = nrow(roe), ncol = ncol(roe))  # 设置所有单元格的符号为 "±"roe_symbols[roe > 1 & roe <= 1.5] <- "+"  # 对应条件：roe > 1 且 roe <= 1.5 时，设置为 "+"roe_symbols[roe > 1.5 & roe <= 3] <- "++"  # 对应条件：roe > 1.5 且 roe <= 3 时，设置为 "++"roe_symbols[roe > 3] <- "+++"  # 对应条件：roe > 3 时，设置为 "+++"
# 绘制热图，并显示自定义的数字或符号p = pheatmap(roe,             display_numbers = roe_symbols,  # 使用自定义符号显示数字。roe_symbols 为我们设置的符号矩阵             number_color = "black",         # 显示数字/符号的颜色为黑色             border_color = "#f8e7d3",       # 单元格的边框颜色             treeheight_row = 20,            # 行聚类树的高度设置为 20（使其更紧凑）             cellwidth = 25,                 # 设置单元格宽度为 25（根据需要调整）             cellheight = 25,                # 设置单元格高度为 25（根据需要调整）             cluster_row = TRUE,             # 对行进行聚类             cluster_cols = col_cluster,     # 使用事先定义的列聚类结构             color = color_palette,          # 使用自定义的颜色渐变（前面定义的 color_palette）             legend_breaks = c(0, 1, 1.5, 3, 4),  # 定义色阶的断点：0, 1, 1.5, 3, 4（颜色渐变对应的值）             legend_labels = c("0", "1", "1.5", "3", "4"),# 图例标签，显示这些值对应的符号或数值             fontsize_number = 10)           # 增大符号的字体大小（默认值为 10）p# 将热图保存为 PDF 文件，文件名为 "roe_new.pdf"ggsave("./Roe.pdf",p,width = 4,height = 7)