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之前也介绍过很多篇类似的，也就是各种干预之后的样本，特别是连续取样的样本，数据比较珍贵，也不需要冲量，发文章也容易一些。但是操作的时候确实麻烦些，治疗前、治疗后取组织，单细胞测序很多时候又要求新鲜组织，活细胞，大部分都是依托临床实验开展的，要不然失访率会高一些。
近日，来自中国医学科学院肿瘤医院的研究团队发表了一项重要研究，揭示了单细胞RNA测序如何揭示食管鳞状细胞癌（ESCC）新辅助免疫化疗（nICT）治疗反应的免疫特征。该研究利用单细胞RNA测序和T细胞受体测序技术，深入分析了接受nICT治疗的食管鳞状细胞癌患者的肿瘤微环境，为优化个性化新辅助治疗策略提供了宝贵的见解。
研究背景
食管癌是全球第七大常见恶性肿瘤，且因其高度侵袭性和晚期确诊率，导致患者的五年生存率不足20%。在东亚地区，食管鳞状细胞癌占据了食管癌病例的绝大多数。对于可切除的局部晚期患者，新辅助免疫化疗已经成为一种新兴的治疗策略。然而，当前对nICT疗效的机制理解有限，这阻碍了其广泛应用。
研究内容
本研究团队对接受nICT治疗的18名食管鳞状细胞癌患者进行了单细胞RNA测序和T细胞受体测序分析，揭示了肿瘤微环境中不同免疫细胞亚群的动态变化。研究发现，治疗前的肿瘤中富含CXCL13+CD8+耗竭性T细胞（Tex），并且这些细胞在治疗反应良好的患者中表现出较强的始祖性耗竭特征。相比之下，治疗后未响应患者的肿瘤中，CXCL13+CD8+ Tex细胞表现出更明显的终末期耗竭特征，且伴随有免疫抑制性T调节细胞（Tregs）的显著扩增。
关键发现
CXCL13+CD8+ Tex细胞的作用：研究首次证实CXCL13+CD8+ Tex细胞可以作为nICT疗效的预测因子。这些细胞在响应良好的患者中大量浸润，且在治疗后表现出强烈的始祖性耗竭特征。实验表明，CXCL13可以增强抗PD-1疗法的疗效，并有助于改善食管鳞状细胞癌患者的预后。
治疗抵抗的免疫特征：对于未响应nICT治疗的患者，研究发现肿瘤中富含CXCL13+CD8+ Tex细胞和TNFRSF4+CD4+ Tregs细胞，后者在治疗后表现出更强的免疫抑制功能。此外，研究还识别出一批与治疗抵抗相关的重要标志物，包括LRRC15+成纤维细胞和SPP1+巨噬细胞。这些细胞可能通过招募Tregs形成免疫抑制的微环境，从而削弱治疗效果。
免疫抑制性Tregs的扩增：研究表明，未响应患者的肿瘤中，Tregs细胞的克隆扩增显著增强，而效应性CD8+ T细胞的扩增则明显减少。Tregs细胞的增加进一步增强了肿瘤的免疫逃逸能力。
关键抗性细胞标志物：除了免疫细胞，研究还识别出LRRC15+成纤维细胞和SPP1+巨噬细胞作为nICT治疗抵抗的重要标志物。尤其是在治疗后未响应患者的肿瘤中，这些细胞表现出明显的免疫抑制功能，并可能通过多种细胞间信号通路抑制T细胞活性。
临床意义
该研究揭示了食管鳞状细胞癌中nICT疗效的免疫特征，提出CXCL13+CD8+ Tex细胞可以作为潜在的疗效预测因子。研究还建议，通过靶向免疫抑制性细胞，特别是LRRC15+成纤维细胞和SPP1+巨噬细胞，可能有助于提高免疫化疗的疗效。这些发现为未来的临床研究提供了新的方向，尤其是在开发新的治疗策略以克服免疫治疗的耐药性方面具有重要意义。
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关键词：单细胞测序，生信分析，生物信息学，公共数据挖掘，
引文，原文：Yang, Z., Tian, H., Chen, X. et al. Single-cell sequencing reveals immune features of treatment response to neoadjuvant immunochemotherapy in esophageal squamous cell carcinoma. Nat Commun 15, 9097 (2024).
