后台老是有小伙伴诉说，没有服务器，没办法处理单细胞数据，其实他们也在学习单细胞数据分析，但是单细胞的上游分析太吃服务器了，特别是现在单细胞也便宜了，很多时候一做都是10几个20个样本，再加上目前公共单细胞数据资源非常丰富，咱们自己研究的疾病或动物模型，很大概率已经被做了，也有现成的公共数据，其实也不需要花钱再测了，直接分析就行，但是很多公共数据集只上传了原始数据或者上传的数据咱们无法用。对于没有服务器和linux系统操作基础的同学确实又是一项挑战。
我们这篇帖子的初衷就是帮大家完成像Cellranger和RNA velocity速率分析等这种需要高性能计算的分析，其实任何需要高性能计算的我们也都能做，有什么建议，欢迎大家留言。目前我们的计算资源充足，能够完成超大样本量服务。同时我们也可完成后续的双细胞去除、RNA污染去除（这些衔接上游结果会更好）、细胞注释等内容，一步到位交付所有上有和下游指控结果。
像后续的降纬、聚类和细胞注释分析也帮大家都顺带做了，我们才有规范化，标准分析流程，确保数据分析的准确性。
单细胞和Bulk RNA-seq分析内容：
1、Cellranger定量：最新版v8.0.1，所用的人的参考基因组refdata-gex-GRCh38-2024-A，小鼠refdata-gex-GRCm39-2024-A。
2、双细胞去除、RNA污染去除(这两个一般测序公司不会做这两项内容，但其实对结果影响挺大的，我是都会做这两步，可以看看很多大文章，其实这两个基本上都会看，UMAP图和结果会好看很多):
Scrublet双细胞去除：
3、Decontx RNA背景污染去除（上次也发过一些代码，这个基于上游cellranger的raw_feature_bc_matrix做效果会好很多）
全代码干货奉上——多样本多方案去除单细胞环境RNA污染——这次把这个聊清楚
4、RNA velocity分析：提供loom文件，包含Spliced和Unspliced矩阵
5、CellTypist细胞注释，这是一个22年发在了Science上的方法，我自己用起来是非常准确。
6.公共数据下载服务：为了解决大家下载数据的困扰，我们也可帮大家下载指定数据集数据
7.Bulk RNA-seq定量分析：交付count、FPKM和TPM矩阵
8.其他分析内容待定
结果交付：
数据给交给我们，会返回一个合并所有样本的adata文件和rds文件，分别用于scanpy和seurat分析流程，文件中包含原始矩阵、污染矫正后的矩阵、Spliced和Unspliced矩阵（这个是进行RNA velocity分析的）、降纬和细胞注释，此外还包括双细胞预测、线粒体和核糖体基因计数等质控结果，基础信息一步到位，已全部封装在adata和rds文件里面，读进你的电脑就能直接用。当然其它基础的bam文件、loom文件、html质控报告、raw matrix等信息也都会一并返还，方便上游数据的从头复现和再分析。
为什么我不做后续的下游分析？
我个人认为单细胞测序分析有很多需要个人性的操作，基于不同的研究背景，甚至需要个人不断的进行生物学解释——调整优化，才能拿到一个好的结果。我们帮大家跑了降维和细胞注释，对于基本的结果查看是可以满足需求的。我非常鼓励大家去学一些单细胞处理的方法。
只要你会一些简单的单细胞测序数据分析（像seurat和scanpy这些已经封装的相当完善了），在我们替你解决了上面那些麻烦问题基础上，你其实能够很容易完成后续的操作，下游学一学也不难，边学边做，边进行结果的解释，也是比较有意思的，省去了上述的那些吃服务器分析之后，个人的笔记本有时候就能完成后续的分析（当然这个要看自己的样本量大小哈）。
需要数据分析的，可以添加我的vx：sx_qtx02
