ImageJ | 2024年你一定要学的四个自动化插件

文摘   2024-11-10 19:58   上海  

如今,要想拿顶刊,关键在于数据量大、结果出色和有效运用人工智能。而科研上的竞争已经不紧紧是卷时间,卷仪器,还在卷效率,卷算法。有的课题组阳性细胞还在拿手数,而有的课题组,多组实验多通道层扫图像时间序列(4D)都分析出来了。

在科研图像处理领域,掌握自动化与 AI 就是你的制胜法宝。以下是 2024 年必学的四款核心工具,搭载前沿 AI 技术,并可无缝结合开源软件 ImageJ,助你倍增效率,技能库紧跟时代步伐!

1. Trainable Weka Segmentation (TWS):万能分割框架,高效处理复杂图像

TWS用于对图像进行区域分割,比如细胞,颗粒,气泡,纤维,都值得用它试一试。使用极其简单,直接画几笔,图像分割就解决了,再也不用繁琐地一步步预处理后处理调参数,真香!

这插件背后是随机森林(机器学习的一种)驱动,专治阈值法处理不了的困难图像,很多更专业的 plugin 也是基于这个,比如分析肌肉细胞 Myosoft。


 2. Cellpose:细胞分割领域的明星工具,轻松实现批量分割,省时省力

细胞分割在 2020 年以后迎来了 GPT 时刻,就是因为 Cellpose 的发表。这是一个专注于各种细胞分割的神级模型,多次登上顶刊(e.g. Nature Methods)。

它就像是细胞分割界的苹果,使用体验非常丝滑,这个领域后来的模型都拿 Cellpose 分割能力做对比,虽然四年来有其它模型在特定领域能赢过它,但在易用性和文档的完整性上,Cellpose 无疑还是老大哥,完全不需要编程经验,即装即用。结果还能存成 ImageJ 中的 ROI,实在太贴心!


3. TrackMate:追踪利器,集分割与可视化于一体

如果你有一组时间序列图像需要追踪特定物体,那么你可能听说过 ImageJ 中的 TrackMate 插件。这款插件集成了图像分割、物体追踪和数据可视化三大核心功能,全面满足你的分析需求。

更可喜的是,它的图像分割是与时俱进的,它与机器学习的结合,比如 trackmate-weka,trackmate-starDist,trackmate-cellpose 这些强强联合的衍生插件,让物体追踪的精度和适应性达到了前所未有的高度。


4. Segment Anything(SAM):万能分割模型,高效处理复杂图像

META(前 Facebook)在图像分割上的大模型,仅仅1年时间,已经被超过 6000篇科研论文引用。可以说,在一个传统领域,用 SAM 实现一个新颖的自动化解决一个曾经繁琐的问题,就足以发一篇不错的论文。它的易用性和强大的分割直出能力颠覆了很多行业,而今年新出的 SAM2 更是把分割效率推向新的高潮,视频分割也不在话下。

 

在科研领域,SAM 也形成了自己的生态,基于 SAM 的微调模型也很有影响力,比如医学领域的 MedSAM,成为了医生图像分析神器,Github 半年狂揽 3k stars。

 

看到这里说明你是一个非常好学的人!如果我告诉你可以 三天 快速掌握以上所有内容,让科研能力跃升一个新高度,你心动吗?

很荣幸在这里引起了你的关注,我是 Bilibili图像处理区知名up主,思语视觉 的创始人阿图。2024 年即将结束,我为你准备了一个难得的机会:

为期三天的 AI 图像处理训练营为 2024 画上完美的句号!

这是上百个硕博和青年导师找我咨询下来多年积累的经验,最高客单价 5 位数,有的已经发论文顶刊 。我把这些内容提炼出来精华中的精华,放到这个训练营,希望也能够帮到你。



非编程AI图像处理训练营

课程大纲:

第一天:

  •  数字图像处理的初衷

  •  AI 图像处理的发展

  •  随机森林和 TWS 原理

  •  TWS 实操与预处理

  • 多张图像的训练方法

  • 自动化:预处理+TWS 分割+后处理

  • 项目实战:自动化分析多张复杂图像

  • Bonus 1: TWS API 更快更好地自动化

  • Bonus 2: TWS-trackmate 应对目标追踪


第二天:

  • 细胞分割的挑战

  • Cellpose 系列论文浅读与原理介绍

  • Cellpose 安装与实操

  • Cellpose 自动化分析多张图像

  • 项目实战:Cellpose 批量分析运动细胞

  • Bonus : Cellpose + TWS 结合的自动化方案

第三天:

  • Segment Anything Model 与 SAMJ

  • MedSAM 在 3D 分割中的应用

  • SAM2 视频分析简介

  • 总复习与展望

  • 交流答疑



课程能够带给你的能力

拿到成堆需要处理的图片后,你将学会:

  • 快速找到最实用的工具:简单易学,方便安装,轻松上手。

  • 掌握清晰的处理步骤:遇到难题时,知道如何逐步尝试不同的方法,直至成功。

  • 轻松掌握自动化技巧:熟练操作每个自动化处理工具,让批量分析变得快捷高效。




课程适合的人群:

  • 科研行业的职场一族,想要 更新技能,领军项目,升职加薪!
  • 熬夜处理图像的高校学生,正在 毕业赶 due,想要 提高效率,发表论文
  • 对图像处理饶有兴趣的朋友,闲暇时间想 学点技巧,赚点外快!


过往咨询客户对阿图好评如潮(部分截图):

 

以下是课程信息







讲师介绍







Bilibili 图像处理区知名 up 主

思语视觉创始人 - 阿图老师 https://space.bilibili.com/386533292






开营时间







12月6日- 8日;12月13日-15日;12月20日-22日

可选择适合自己的时间参加。无法参加的同学无需担心,课后会发送课程视频观看。




适用范围







细胞数量与形态分析,荧光分析,荧光点分析,晶体分割,粒径分析,各种其它图像实例分割与数据分析物体,细胞追踪




课程价格







价值 1688 的训练营 + 价值 998 的精品课视频 + 价值 149 的付费群

名额有限,11月11日前报名,以上所有只要 688(总价 2835 元)!不满意全额退款!

可开发票方便报销。发票种类:会议费,技术咨询,技术服务,计算机及系统销售、计算机视觉硬件及辅助设备销售、办公自动化设备租赁,软件开发等。
让 AI 赋能你的科研,只需三天,马上开启你的高效之旅!

本文为广告,服务由《思语视觉》提供。

科研图像处理
科研图像处理一站式解决方案,原知乎《ImageJ实用教程》
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