ImageJ | 3D Stack Reslice 三维切片

文摘   科学   2024-09-20 11:11   上海  

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在对3D图像进行处理时,我们通常需要 从不同角度对 3D Stack 进行切片,然后进行观察和分析。


例如 Image -> Stacks -> Orthogonal Views:




以 T1-head 为例,我们拍摄到的图像是矢状面:




如果我们想要从 冠状面和水平面 对这个 Stack 进行切片,应该怎么做呢?


Fiji/ImageJ 中自带可以对 Stack 进行不同方向(上下左右)切片以及任意方向切片的插件。




一、上下左右切片


打开 3D Stack,后 Image -> Stacks -> Reslice跳出界面:



Reslice 可以从 Top、Bottom、Left、Right 四个方向进行,具体在这个例子中:




从左侧和顶端切片得到的结果:




二、任意角度 2D 切片


如果想要得到某一个 2D 平面的切片,可以用 Fiji 自带的 Dynamic Reslice 这个插件:


打开 3D stack 后,利用直线工具画一条线,也可以用 Segmented Line 或者 Freehand Line




Image -> Stacks -> Dynamic Reslice,即可得到这条线定义的二维切面:




这一工具同样可以用于时间序列的图像,沿着轨迹用 Segmented Line 画线,然后就可以得到 kymograph:




三、任意角度 3D 切片


如果从三个角度都不能很好地观察到 3D stack 中的某些细节,这时候就需要用一个自定义的角度,对 3D stack 进行切片:



Fiji 自带 Interactive Stack Rotation,可以通过鼠标拖动对整个 Stack 进行旋转,从而实现不同角度的切片:


打开3D Stack后,Plugins -> Transform -> Interactive Stack Rotation


按 F1 弹出帮助:




左键拖动鼠标,或者用键盘的左右可以对 Stack 进行拖动(旋转),旋转到合适角度后,键盘按 Enter 获取切片后的 Stack:




按 Enter 之前,可以按 可以导出 Transformation matrix




也可以按 T,自定义 Transformation matrix






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作者 | Treasure琛
排版 | 小乐喵喵   

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