ImageJ | 你的科研图像比例尺都加对了吗？
文摘
科学
2024-07-13 01:12
上海
![]()
ImageJ 的默认长度单位是 Pixels（像素），所以如果想要测量实际的长度等信息，就必须重新设置长度单位。而这一步骤往往需要参考图像自带的标尺，进行 比例尺校准 。
比例尺校准的本质，其实就是要知道图像的一个 pixel，实际长度是多少。实际拍照过程中，拍照软件可以根据不同的成像条件，直接在图形上印入标尺。但这些加标尺的方法可能会掩盖部分的图像信号，所以并不推荐 ：
比例尺校准完全可以用一张已经加过比例尺，且同样放大率的图片来进行比例尺校准。这一篇文章会详细地介绍怎样利用 ImageJ 进行：下面以 ImageJ 自带的Sample为例，介绍一下怎么进行比例尺校准：(File -> Open Samples -> Embryos)这里可以从图像的左上角看出：图像的单位为像素（pixels）。4、设置比例尺（Analyze -> Set Scale）
- Distance in pixels：直线的长度为472 pixels，这里会直接读取直线的长度
- Global：对于所有打开的图像都应用这一比例尺。
这时候Measure这条直线，可见长度为100μm：
在 Properties 中可以看到校准后的比例尺信息（Image -> Properties）：如果是相同拍照设备、同一物镜倍数拍出的照片，已知一个 pixel 的具体长度，可以直接 Analyze -> Set Scale 进行比例尺校准：（Analyze -> Tools -> Scale Bar）标尺可以横向 (Width) 和 纵向(Height) 加，大多数情况只需要加横向的标尺，所以调整 Width in μm。其他的选择是设置比例尺的外观、字体、颜色等，可以自己选择。注意：如果想要标尺直接印在图形上，用其他软件打开图形也能看到，就不要勾选 Overlay。Optional：如果图像本身的像素很少，加上比例尺很糊怎么办？
![]()
例如想截取出图像中的一小块加标尺。如果这一块图像的像素数比较少，能给标尺的像素也就少了，所以标尺文字会失真：
这种可以通过 线性放大图像，重新比例尺校准，再加标尺，步骤如下：
① 线性放大图像 (Image -> Adjust -> Size)图像原本是 140*140，这里线性放大5倍成 700*700。注意：Interpolation 我选择的是None，如果选择进行插值，图像的细节可能会有些变化。② 按照放大比例重新校准比例尺 (Analyze -> Set Scale)在线性放大之前，图像的 1 个 pixel 代表 0.2118644 μm。线性放大 5 倍之后，相当于图像 5 个 pixel 才代表 0.2118644 μm。校准后可以看到，线性放大前后，图像的实际大小其实没有变。线性放大、重新校准后，再添加标尺就可以看到标尺变得更清晰了：（File -> Import -> Image Sequence）添加比例尺时，勾选Label all slices：1、宏记录器记录标尺添加命令 (Plugins -> Macros -> Record)先处理一张照片，利用宏记录器 (Macro Recorder)，生成宏代码2、批处理 (Process -> Batch -> Macro)点击Process即可在output文件夹，得到添加完标尺的图像今天的分享就到这里了，感谢大家的关注和支持~~
公众号回复“下载”即可获取 Fiji 安装包的网盘链接~
小伙伴们如果对于 ImageJ 使用有疑问，可以私信我哦~
我们下期见~![]()
作者 | Treasure琛
排版 | 小乐喵喵
![]()
