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传统的图像处理方法,往往无法应对相对复杂的图像处理任务。
基于深度学习模型的图像处理算法,在科研图像处理中都有着广泛的应用,例如 图像分割、去噪、图像超分辨 等等领域。
而对于没有编程基础、实验室缺乏 GPU 资源的科研人员来说,深度学习的门槛依旧很高。
DeepImageJ 这一插件为这一困境提供了解决方案:
https://deepimagej.github.io/
DeepImageJ 支持在 ImageJ/Fiji 中,使用预训练的深度学习模型 进行各种不同的图像分析 。
DeepImageJ 的 workflow
对于一些常见的图像处理问题,例如 明场细胞的分割,DeepImageJ 提供已经训练好的深度学习模型,我们只需要下载训练好的模型,就可以将该模型运用在自己的图像处理任务中。
图像处理需求或者成像条件不同,都需要配套不同的深度学习模型。
DeepImageJ配套了深度学习模型库(BioImage Model Zoo):
https://bioimage.io/
根据自己数据选择相应的模型,不用写一行代码,就可以利用训练好的深度学习模型,完成许多常见的图像处理任务。Model Zoo中一部分模型:
这篇文章主要介绍 DeepImageJ 的基本安装和使用。
一、插件安装
1、打开更新页面(Help->Update...)
出现下面这个页面后,点击 Manage update sites:
2、点击Add update site
Name 填写 DeepImageJ,URL填写:https://sites.imagej.net/DeepImageJ/
勾选 DeepImageJ,然后点击 Close。
3、安装插件
点击 Apply changes。重启 ImageJ,即可在 Plugins -> DeepImageJ 里找到该插件:
二、插件使用
1、安装深度模型(Plugins -> DeepImageJ -> DeepImageJ Install Model)
DeepImageJ 插件本身没有预安装的深度模型,需要根据需求进行安装:
在 Select a compatible model 这里,可以选择相应的模型:
这里以宽场超分辨的深度模型为例,这一模型可以输入衍射极限的图像,预测出超分辨的图像,从而提高分辨率 :
勾选注意事项后,点击 Install,安装界面:
2、运行 DeepImageJ(Plugins -> DeepImageJ -> DeepImageJ Run):
在 Model 处选择刚才下载的 Model,然后点击 OK:
运行界面:
效果对比,左边是原图,右边是模型计算后的超分辨图像:
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