ImageJ | DeepImageJ 深度学习模型平台

文摘   科学   2024-08-25 17:31   上海  

科 / 研 / 图 / 像 / 处 / 理



传统的图像处理方法,往往无法应对相对复杂的图像处理任务。


基于深度学习模型的图像处理算法,在科研图像处理中都有着广泛的应用,例如 图像分割、去噪、图像超分辨 等等领域。


而对于没有编程基础、实验室缺乏 GPU 资源的科研人员来说,深度学习的门槛依旧很高。


DeepImageJ 这一插件为这一困境提供了解决方案:

https://deepimagej.github.io/


DeepImageJ 支持在 ImageJ/Fiji 中,使用预训练的深度学习模型 进行各种不同的图像分析 


DeepImageJ 的 workflow



对于一些常见的图像处理问题,例如 明场细胞的分割,DeepImageJ 提供已经训练好的深度学习模型,我们只需要下载训练好的模型,就可以将该模型运用在自己的图像处理任务中。


图像处理需求或者成像条件不同,都需要配套不同的深度学习模型。


DeepImageJ配套了深度学习模型库(BioImage Model Zoo)

https://bioimage.io/




根据自己数据选择相应的模型,不用写一行代码,就可以利用训练好的深度学习模型,完成许多常见的图像处理任务。Model Zoo中一部分模型:




这篇文章主要介绍 DeepImageJ 的基本安装和使用。










一、插件安装


1、打开更新页面(Help->Update...)


出现下面这个页面后,点击 Manage update sites:




2、点击Add update site




Name 填写 DeepImageJ,URL填写:https://sites.imagej.net/DeepImageJ/


勾选 DeepImageJ,然后点击 Close。


3、安装插件



点击 Apply changes。重启 ImageJ,即可在 Plugins -> DeepImageJ 里找到该插件:











二、插件使用


1、安装深度模型(Plugins -> DeepImageJ -> DeepImageJ Install Model)


DeepImageJ 插件本身没有预安装的深度模型,需要根据需求进行安装:




在 Select a compatible model 这里,可以选择相应的模型:




这里以宽场超分辨的深度模型为例,这一模型可以输入衍射极限的图像,预测出超分辨的图像,从而提高分辨率 




勾选注意事项后,点击 Install,安装界面:




2、运行 DeepImageJ(Plugins -> DeepImageJ -> DeepImageJ Run)


在 Model 处选择刚才下载的 Model,然后点击 OK:




运行界面:



效果对比,左边是原图,右边是模型计算后的超分辨图像:











创作不易,点个关注再走吧
如果有任何问题,欢迎在文章下方留言
 

作者 | Treasure琛
排版 | 小乐喵喵   

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