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对科研图像进行处理时，我们通常会 提取某个特定的区域，对这个特定的区域进行进一步分析以及可视化。
例如，对提取神经元的一部分树突，对树突棘（Dendritic spine）进行分析 ：
如果是要提取水平或者垂直的区域，可以直接通过矩形工具框选，然后Image -> Duplicate：
但对于倾斜的区域，这种方法截取出的区域依然是倾斜的：
这篇文章会介绍三种方法来提取倾斜的区域，提取出来的区域可以被拉直，方便后续分析和展示。
一、Rotated Rectangle
在矩形工具那里点击右键，可以选择 Rotated Rectangle：
在图像上建立一个倾斜的矩形选取区，然后 Image -> Duplicate，即可得到拉直的图片：
二、旋转图片
另一种方法是 旋转图片（Image -> Transform -> Rotate），让你想提取的区域处于水平状态：
然后直接用矩形工具框选，然后 Image -> Duplicate，即可得到拉直的图片：
三、提取自定义ROI中的区域
另一种情况会稍微复杂一点，例如脑片和标准脑图谱配准后，我们需要按照脑区的划分，提取出特定脑区进行分析：
脑片配准可以参考这篇文章的方法：
这种情况下，我们需要提取一个倾斜的 ROI 中的区域，且这个 ROI 不能定义成一个 Rotated Rectangle，例如：
提取黄色的选取区
（1）把这个区域先提取出来（Image -> Duplicate）
（2）把这个ROI变成一个二值化的Mask（Edit -> Selection -> Create Mask）
（3）将图像和Mask旋转同样的角度（Image -> Transform -> Rotate）
（4）把旋转后的Mask转换为ROI
用魔法棒工具点选后，Analyze -> Tools -> ROI Manager，加入到 ROI Manager 中：
（5）将这个 ROI 应用在旋转后的图像上，把 ROI 中的图像截取出来（Image -> Crop）
如果不需要 ROI 以外的信号，可以通过 Edit -> Clear Outside 进行去除：
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