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这篇文章是为了解决一位同学私信的问题：怎样利用 ImageJ 进行细胞追踪？
通常当我们可以对细胞进行 延时摄影，以一定时间间隔拍摄多张照片后，将图片组合成为图片堆栈（Stacks），即可得到细胞的运动动画。
虽然能够通过肉眼观察出细胞的运动状态，但怎么较为准确、方便地 定量描述细胞的运动轨迹，可能会难住很多的同学。
ImageJ 自带了一个为细胞追踪而设计的插件——Manual Tracking
官方说明：
https://imagej.net/ij/plugins/track/track.html
官方说明文档，可以后台回复‘Manual Tracking’获取：
https://imagej.net/ij/plugins/track/Manual%20Tracking%20plugin.pdf
这篇文章主要介绍怎样利用 Manual Tracking，对 2D 图片进行手动追踪。
ImageJ 自带有 2D 细胞追踪的范例：
File -> Open Samples -> Tracks for TrackMate (807K)
1、打开图片，这里以自带范例为例（File -> Open Samples -> Tracks for TrackMate (807K)）
2、打开手动追踪插件（Plugins -> Tracking -> Manual Tracking）
界面如下，可以分为五部分：
Tracking（添加路径）
Centring Correction（中心校准）
Directionality（方向性）
Drawing（结果绘图）
Parameters（设置参数）
3、进行初始化，设置参数
Time Interval：导入的 Stack 代表多长时间；
x/y/z calibration：进行比例尺校准，如果是2D照片，z轴校准为0；
Search square size for centring：中心校准的搜索范围大小；
Dot size、Line width、Font size：设置追踪点的大小、路线的宽度。
4、进行手动追踪
参数设置好之后，点击 Add track。然后点击图像中需要追踪的物体。每点击一次，图像就会自动下移一帧，并且出现点的坐标、距离和速度等信息。
注意：如果想要更加准确地追踪，可以勾选 Using centring correction。
5、追踪结束，保存数据及路径
该路径追踪结束后，点击 End track，即可结束该路径的追踪。
点击 Drawing 中的各个选项，即可生成不同路径的显示路径。
Manual Tracking 提供了6种路径显示样式：
将 Result 窗口中的数据另存为 Excel，即可得到该运动的位置、距离以及速度等信息：
注意：第一个点的运动距离和速度，默认为-1。
其实手动细胞追踪也可以使用 TrackMate 等插件来进行：
TrackMate 的功能十分强大，可以 对2D、3D物体进行自动，半自动和手动跟踪。同时 TrackMate 也提供了多种可视化和分析工具。
https://imagej.net/plugins/trackmate/
后面我会介绍 利用 TrackMate 进行自动细胞追踪。
END
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